Analyse Chromosomique sur Puce à ADN

Présentation au sujet: "Analyse Chromosomique sur Puce à ADN"— Transcription de la présentation:

1 Analyse Chromosomique sur Puce à ADN

2 1. Caryotype + - Analyse globale de l’ensemble du génome
Anomalies chr de nombre Anomalies chr de la structure (délétion, duplication, anneau, isochromosome, translocation, inversion) + Analyse globale de l’ensemble du génome - Résolution postnatale (5 Mb), prénatale (10 Mb)

3 2. Hybridation in situ fluorescente (FISH)
Duplication 15q11q13 Microdélétion 22q11.2 Tel 18p et Tel 18q Translocation réciproque équilibrée t(7p;18q) t(1q;18p) Microremaniements chromosomiques (délétion, duplication <5 Mb) Translocation, inversion + Résolution : kb Analyse ciblée -

4 3. Biologie moléculaire + - Résolution : analyse des gènes
Mutations par substitution par délétion/insertion d’une ou plusieurs pb par expansion + Résolution : analyse des gènes Analyse ciblée -

5 4. Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA)
analyse pangénomique + résolution des techniques ciblées Détection de microremaniements chromosomiques déséquilibrés non visibles sur le caryotype 50 kb A. Ferrarini

6 Hybridation compétitive
CGH array Comparative Genomic Hybridization array / Hybridation Génomique Comparative sur microréseau Hybridation compétitive 2 cibles : échantillons d’ADN d’un patient et d’ADN d’un témoin normal de même sexe marqués avec des fluorochromes différents une sonde : fragment d’ADN connu fixé sur le microréseau Capture de l’intensité de fluorescence par un scanner laser Calcul du ratio d’intensité de fluorescence Rouge/Vert par un logiciel Représentation graphique du ratio : perte ou gain de matériel chromosomique

7 Résultats Variation du nombre de copies (Copy Number Variation/variant = CNV) - normal : 2 copies - délétion : 1 copie (délétion hétérozygote) ou 0 copie (délétion homozygote) - amplification : 3 copies (duplication), 4 copies (triplication),… Bénin/polymorphique Signification incertaine Pathogène Les faire participer sur les critères de classification

8 Interprétation d’une ACPA
Database of Genomic Variant de Toronto (DGV): CNV polymorphique (CNP) Si CNV non connu dans DGV:  Validation du CNV chez le patient FISH PCR quantitative  Faire la preuve de son implication phénotypique : Etude parentale (FISH/qPCR) Critères de pathogénicité (Lee et al., 2007) : caractère de novo, grande taille, région riche en gènes, délétion

9  Difficultés d’interprétation
Limites de l’ACPA  Difficultés d’interprétation Détection de CNV de signification incertaine Détection de CNV sans rapport avec l’indication: gène de prédisposition au cancer (exemple: délétion BRCA1, p53,…) remaniements chromosomiques acquis dans le cadre d’hémopathies malignes (cytogénétique acquise!) maladies à révélation tardive (maladie de Charcot-Marie-Tooth,…) maladies autosomiques récessives Lee C, Iafrate J, 2007 Information claire et recueil d’un consentement spécifique +++

10  Limites techniques Ne détecte pas :
les remaniements de structure équilibrés les triploïdies les mosaïques faibles (<20%)

11 Indications de l’ACPA Postnatal : Pas d’indication en postnatal :
En remplacement du caryotype: Retard psychomoteur syndromique Déficience intellectuelle modérée à sévère isolée Déficience intellectuelle syndromique Autisme déficitaire modéré à sévère Épilepsie syndromique Syndrome malformatif (≥ 2 malformations congénitales) Après un caryotype: Préciser une anomalie chromosomique vue sur le caryotype Remaniement chromosomique apparemment équilibré de novo et phénotype anormal Pas d’indication en postnatal : Autisme déficitaire léger Autisme de haut niveau (sans déficience intellectuelle) Déficience intellectuelle légère isolée Retard de langage isolé Épilepsie isolée Hypotonie isolée =>Séquençage panel exome (Dr B. Gérard/ Dr A. Piton au laboratoire de Diagnostic Génétique)

12 Prénatal (après la réalisation d’un caryotype):
≥ 2 malformations congénitales Retard de croissance intra-utérin isolé Clarté nucale ≥ 3,5 mm Préciser une anomalie chromosomique vue sur le caryotype Remaniement chromosomique apparemment équilibré de novo et phénotype anormal

13 Quelle technique détecte quelle anomalie chr ?
Quelle analyse prescrire?

14   Suspicion de translocation, insertion, inversion
Caryotype FISH ACPA Anomalies chr équilibrées   FISH deuxième intention t(7p;18q) 46,XY,t(11q;22q) Suspicion de translocation, insertion, inversion (ex. bilan de FCS, infertilité)

15  Suspicion de trisomie, Σ Turner, Σ Klinefelter Caryotype FISH ACPA
Aneuploïdies  21 13 -% d’une mosaïque Sur noyaux non cultivés de LA Pas utiliser l’ACPA T21 47,XY,+21 T18 Suspicion de trisomie, Σ Turner, Σ Klinefelter

16  Caryotype FISH ACPA Anomalies chr déséquilibrées de grande taille
Délétion 5pter

17   FISH ACPA X Caryotype FISH ACPA
Microremaniements chr déséquilibrés (<5 Mb)   FISH ACPA Syndromes microdélétionnels bien connus Σ Wolf-Hirschhorn, Cri-du-Chat, Williams, Di-George, Prader-Willi/Angelman, Smith-Magenis X Absence d’orientation clinique

18   Caryotype FISH ACPA Biologie Moléculaire Mutations
(ex. mucoviscidose, X-fragile,…)   DUP hétérodisomie DUP isodisomie Normal

19 En pratique

20 Consultation (centre hospitalier)
Recueil consentement, information ++++ Prélèvement du patient sur EDTA (vacutainer violet) Consentement + fiche clinique + ordonnance Envoi au laboratoire de diagnostic génétique Acheminement automatique au laboratoire de cytogénétique ACPA Résultat normal CNV à contrôler Prélèvement des parents pour étude parentale Résultat pathogène/incertain/ sans lien avec l’indication Consultation conjointe avec un généticien possible CNV bénin résultat à considérer comme normal