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Approches génomiques - TD 2 L3 – BCP ALIGNEMENTS ET PHYLOGENIE
Lois Maignien MCf IUEM
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Enseignant Loïs Maignien MCf EcoGenomique – IUEM A223 Séquence a telecharger sur 1ped.fasta
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TD 2: phylogénie moléculaire
Télécharger SeaView Télécharger FigTree (version java) pour visualiser des arbres (optionnel) Télécharger le jeu de donnée MSA.zip (aussi disponible ici: Question 1: A quels gènes/protéines correspondent ces séquences?
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TP phylogénie moléculaire
Sur le site Phylogeny analysis|a la carte Alignement: MUSCLE Align. Curation: G. BLOCK Méthode arbre: PhyML => Grp 1 (paramtre default) TNT => Grp 2 BioNJ => Grp 3 (100 bootstraps) Upload le fasta 1ped.fasta et lancer l’analyse.
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TP alt. si le serveur phylogenie.fr sature…
1/ aligner vos séquences avec muscle sur ebi - muscle: (télécharger le résultat en format phylip) 2/ soumettez l’alignement au serveur PhyML 3/ visualiser l’arbre (tre) que vous avez reçu avec
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TP. Alt Si les serveurs / connexions sont trop lent effectué toute les operations sur seaview Même rapport!
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TP phylogénie moléculaire
Insérer l’alignement + l’arbre + méthodes et paramètres utilisés dans votre rapport de TP Que pouvez vous observer sur l’ « évolution » de ce gène? Est-ce que toutes les branches apparaissent robustes? Est-ce que les trois méthodes indique sont congruantes? Sinon decrivez rapidemment les differences
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TP phylogénie moléculaire
Il s’agit d’un gène codant pour une protéine. Suggérez une méthode plus approprié pour étudier les relations d’homologies entre ces séquences.
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TP phylogénie moléculaire
Dans seaview, sélectionnez toutes vos séquences, desalignez les (align|de-align selection), traduisez les séquences en proteines (Props|view as protein), save as… Et recommencer l’analyse phylogenetique Comparer les differents arbres nucleotide/proteines
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Resultat Muscle / PhyML
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Resultat Muscle / BioNJ
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