Formation sur la publication des données de biodiversité dans le réseau GBIF et leur aptitude à être utilisées , édition 2011 Comment le DwC-A a changé.

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1 Formation sur la publication des données de biodiversité dans le réseau GBIF et leur aptitude à être utilisées , édition 2011 Comment le DwC-A a changé la manière de publier les données de biodiversité Michael IT Engineer GBIF France Buenos Aires (Argentina) 28 September 2011

2 Rappel : Standards d'échange
ABCD (TDWG Standard) > 1200 concepts XML Utilisé par BioCase, Tapir Darwin Core (pre-standard v. 1.2, 47 versions) 48 concepts, specimens Utilisé par DiGIR Darwin Core (pre-standard v. 1.4) 46 concepts (plus extensions), specimens Utilisé par Tapir Darwin Core (TDWG Standard) 172 concepts (156 dans Simple Darwin Core), données de biodiversité CSV, XML, RDF, JSON, … Utilisé par Tapir, Darwin Core Archive ou fichier texte - Reminder about the existing standards

3 Darwin Core Archive Données Primaires Données Taxonomiques Métadonnées

4 Darwin Core Archive Contenu de l'archive
Une archive correspond à un jeu de données Fichiers formatés par le standard Darwin Core Données d’occurrences ou taxonomiques Métadonnées sous format EML C'est le schméExplain the 3 components of an archive: Core data file + optionnal extensions files Metafile Descriptor file

5 Darwin Core Archive: Avantages
Format simple (fichiers texte) Processus de récolte efficace (fichier unique) Stockage efficace (archive compressée) Facilité d'accès (ne nécessite pas de logiciel spécifique) Extensible (fichiers liées dans une archive unique) Simpler data transfer:  what takes 500MB of data transfer in Tapir takes 3MB data transfer in DwC-A.  Extensible format: more flexible way to map data Format d'échange préferé pour la publication des données sur le réseau GBIF

6 Darwin Core Archive: Anatomie
Les archives ont toujours un fichier de métadonnées EML C'est le schméExplain the 3 components of an archive: Core data file + optionnal extensions files Metafile Descriptor file

7 Ecological Metadata Language (EML)
Décrit les jeux de données – même ceux qui ne sont pas publiés Titre et Description Citation and Attribution Contacts et Auteurs Couverture Géographique Méthode d'échantillonage Bibliographie Et plus...

8 Darwin Core Archive: Anatomie
Les archives ont toujours un fichier de données principal (Core Data File) C'est le schméExplain the 3 components of an archive: Core data file + optionnal extensions files Metafile Descriptor file

9 Types de fichier de données principal (Core data file)
Données taxonomiques – une espèce par ligne OU Données d'occurrences – une par ligne

10 Darwin Core Archive: Anatomie
Les archives ont toujours un fichier de données principal (Core Data File) C'est le schméExplain the 3 components of an archive: Core data file + optionnal extensions files Metafile Descriptor file

11 Darwin Core Archive: Anatomie
Le fichier principal a une colonne “ID_Principal” unique pour chaque enregistrement du fichier

12 Les colonnes sont mises en correspondance avec les concepts DarwinCore
Darwin Core Archive: Anatomie Les colonnes sont mises en correspondance avec les concepts DarwinCore

13 “Wingspan” n'est pas un concept
Darwin Core Archive: Anatomie Les colonnes ne correspondant pas à un concept DarwinCore peuvent être rajoutées, mais seront ignorées “Wingspan” n'est pas un concept Darwin Core

14 1) Renommer les colonnes dans le fichier
Darwin Core Archive: Anatomie Il y a deux manières de mettre en correspondance les colonnes avec les concepts DarwinCore 1) Renommer les colonnes dans le fichier

15 2) Faire la correspondance des champs dans le fichier meta.xml
Darwin Core Archive: Anatomie Il y a deux manières de mettre en correspondance les colonnes avec les concepts DarwinCore 2) Faire la correspondance des champs dans le fichier meta.xml

16 Darwin Core Archive: Anatomie
meta.xml décrit les colonnes du fichier de données principal (species.txt) Plus d'informations sur le meta.xml plus tard...

17 Les archives peuvent inclure des extensions
Darwin Core Archive: Anatomie Les archives peuvent inclure des extensions Species.txt Les extensions sont reliées au fichier principal par l'ID_Principal Common_names.txt Les extensions permettent de relier plusieurs enregistrements à un enregistrement principal

18 GBIF héberge les définitions des extensions

19 Plusieurs extensions peuvent être reliées au fichier principal
Darwin Core Archive: Anatomie Plusieurs extensions peuvent être reliées au fichier principal

20 Darwin Core Archive: Anatomie Tous les fichiers sont stockées
dans un seul dossier

21 Darwin Core Archive: Anatomie Le dossier est zippé
Ceci est une archive DarwinCore Fichiers de données Fichier de correspondance des colonnes (meta.xml) Fichier de métadonnées (eml.xml)

22 Darwin Core Archive: Publication
/my_data.zip Les archives sur un serveur web peuvent être accessible par une URL. Partagez cette URL pour publier vos données!

23 Options de Publication
Darwin Core Archive: Options de Publication

24 GBIF Spreadsheet Templates

25 Integrated Publishing Toolkit

26 Data Hosting Centers

27 Darwin Core Mapping Assistant
Metafile

28 Darwin Core Mapping Assistant

29 Options de publication
Darwin Core Archive: Options de publication GBIF Darwin Core Archive Spreadsheet Templates: Les données sont déja sous forme de tableur Création d'une simple archive IPT: Créer/gérer plusieurs archives venant de plusieurs jeux de données Gérer les archives provenant de plusieurs organisations Édition des métadonnées sous le GBIF Metadata Profile Création manuelle: Automatisation de la creation des archives Customisation Centre d'hébergement: Économie d'échelle Infrastructure et assistance Un peu de tout ça... Explain the 3 components of an archive: Core data file + optionnal extensions files Metafile Descriptor file

30 GB18 Training Session - Jour 1
Comment le DwC-A a changé la manière de publier les données de biodiversité Michael Akbaraly / Anne-Sophie Archambeau / Nicolas Noé GBIF France - BeBIF Global Biodiversity Information Facility (GBIF) 28/09/11