METHODES DE DETECTION DES OGM DANS LES ALIMENTS

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1 METHODES DE DETECTION DES OGM DANS LES ALIMENTS
Par Djoulde Darman Roger (PhD) Univerité de Maroua

2 Introduction Les OGM se caractérisent par l’insertion d’un nouveau gène (ou d’un nouvel groupe de gènes) dans leur génome. Les nouveaux gènes sont ensuite transcrits et la nouvelle protéine est exprimée. La base de tout type de technologie de détection d’OGM consiste à exploiter la différence entre la variété non modifiée et celle modifiée. Ceci peut se faire en détectant la nouvelle séquence insérée ou la nouvelle protéine exprimée

3 Principes de bases de la détection des organismes génétiquement modifiés commerciaux
Deux approches scientifiques sont généralement utilisées aujourd’hui pour détecter la modification génétique. PCR (réaction de polymérisation en chaîne), basée sur la détection de séquences de contrôle qui accompagnent le gène nouvellement introduit, en l’occurrence le promoteur 35S et le terminateur nos ELISA (essai d’immunoabsorption enzymatique), basé sur les réactions antigène anticorps.

4 L’approche basée sur les protéines
La méthode de test basée sur les protéines utilise des anticorps spécifiques à la protéine d’intérêt. Le test ELISA détecte ou mesure la quantité de protéines d’intérêt présente dans un échantillon, lequel peut en contenir diverses autres. Le test ELISA utilise un anticorps unique pour établir la liaison avec la protéine spécifique, un second anticorps pour amplifier la détection (facultatif) et un anticorps conjugué à un enzyme dont le produit génère une réaction colorée facile à visualiser et à quantifier en le comparant à une courbe standard de la protéine d’intérêt.

5 ELISA ELISA (essai d’immunoabsorption enzymatique), implique la recherche de la présence de protéines spécifiques en exploitant la spécificité de liaison entre l’antigène exprimé et l’anticorps cible

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7 L’approche basée sur l’ADN
L’utilisation des méthodes analytiques basées sur la technologie PCR pour détecter des séquences d’ADN associées aux OGM est de plus en plus courante. La PCR permet d’amplifier sélectivement des fragments spécifiques d’ADN qui se trouvent en faible quantité dans un mélange complexe d’autres séquences d’ADN. Dans la PCR, les petits éléments d’ADN complémentaires sont appelés des amorces et s’utilisent en paires. Ces amorces sont conçues pour s’hybrider sur des sites de reconnaissance de séquence complémentaires situés sur le brin opposé du gène d’intérêt. Par le biais d’une série de cycles thermiques différentiels répétitifs, un enzyme de polymérase d’ADN aide à répliquer et à amplifier la séquence de manière exponentielle entre la paire d’amorces. Ces gènes amplifiés sont enfin soumis à une électrophorèse sur gel standard de manière à pouvoir en détecter la présence en se basant sur la détermination de leur taille.

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9 Les promoteurs : zones reconnues par les ARN polymérases
Les plus classiques: Promoteur du phage T5 pQE (Qiagen) Promoteur du phage T7 pET (Novagen) pALTER-ex (Promega) pGEMEX (Promega) Promoteur Ptac pMAL ( NEB) le terminateur sert de "signal" pour indiquer à la machinerie de transcription qu'elle est arrivée à la fin du gène et qu'elle doit s'arrêter

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11 TOUS les évènements crées dans les OGM Commerciaux sont connus
Les sondes et matrices d’hybridation sont disponibles Les sondes et matrices

12 PCR+Electrophorèse Methode au det+Nacl

13 PCR à temps réel

14 DIGITAL PCR pour les OGMs à plus d’un évènement!!
Bonne machine pour détecter les fraudes au% DIGITAL PCR pour les OGMs à plus d’un évènement!!

15 Development and Validation of A 48-Target Analytical Method for High-throughput Monitoring of Genetically Modified Organisms (Xiaofei Li et al, 2015)

16 Tableau 1 : synthèse comparative des méthodes ELISA et PCR

17 « Nouvelles » Techniques????
NGS (nouvelle génération des séquenceurs!!!) utiles si on a des bonnes compétences en bio informatique Avec amplification des échantillons : 454, Illumina, SOLiD, IonTorrent Séquençage direct sans amplification : PacificBiosciences

18 Mini Ion Cout probable: moins de 1000 USD
Capable de séquencer en 5h 150 millions de pairs de bases!!!!

19 conclusion