L'informatique au LBGI Raymond Ripp Juin 2016.

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1 L'informatique au LBGI Raymond Ripp Juin 2016

2 Serveurs Le LBGI dispose de sept serveurs DELL R720 sous Linux Ubuntu. Ils sont équipés de 48, 128, 256 ou 512 GO de mémoires vives et d’environ 250 TO de disques. Ces disques sont presque tous accessibles de toutes les machines par montage NFS. De plus les serveurs ayant tous les mêmes configurations, l’environnement est « identique » partout. Tout devrait fonctionner partout de la même manière. Nous disposons aussi de machines équipées de cartes graphiques performantes pour le calcul sur GPU (Studio et Guepeou) Nous avons également accès aux machines de la platefome bioinformatique de Strasbourg Bistro. Et aux grilles de calcul France Grille et EGI nous donnant accès à des millers de cœurs à travers le monde.

3 Nos serveurs ena 128 GO 96 TO milex 256 GO 46 TO studio (2 Titan)
esxi (VMware) 48 GO 7 TO ouioui 32 GO bipbip octave 8 GO 0 TO biplan 36 TO guepeou (2 Titan) bigboss 16 GO 1000 GO bob biclou 768 GO 12 TO

4 Esxi (ouioui sous Windows)
Les montages NFS /midi /ircad milex /syno /maison /gstock /commun /duplic /tempor /studisk studio ena /data bipbip Mon PC Esxi (ouioui sous Windows) /data octave /mystore

5 Cachons donc ces liens ... sur ena Sur octave (par exemple)
En vrai Une partition est montée sur /commun et exportée pour être montée par les autres. Sur octave (par exemple) /enadisk/commun est un montage nfs existe lien /commun → /enadisk/commun En pratique on utilise toujours /commun Idem pour maison, gstock, duplic, tempor

6 /home /maison /maison/toto c'est l'endroit physique …
/home/toto est mieux !!! Il existe des liens /home → /maison/homeLinks /maison/homeLinks/toto → /maison/toto Bref … il faut toujours écrire /home/toto … et oublier /maison

7 Utiliser toujours /biolo/chose
Contient les programmes de « biologie » En vrai /enadisk/commun/linux/biolo/chose /linux/biolo/chose Utiliser toujours /biolo/chose De même /tools au lieu de /linux/tools (= /commun/linux/tools) /usr/local pour /linux/local (= /commun/linux/local)

8 /commun En vrai Il faut utiliser /commun/db/catalog/blast
/commun/dbsql (pour les postgres et mysql) /commun/linux/biolo local tools Il faut utiliser /blast pour /db/catalog/blast /biolo au lieu de /linux/biolo (= /commun/linux/biolo) /tools au lieu de /linux/tools (= /commun/linux/tools) /usr/local pour /linux/local (= /commun/linux/local)

9 /genomics/link/bidule
/gstock Contient toutes les données de « génomique » Chaque projet est « rangé » quelque part /gstock/bidule ou /gstock/user/bidule ou etc… Utilisez toujours /genomics/link/bidule

10 /tempor /duplic pour vos grosses données temporaires
C’est vous qui gérez mais n’en faites pas un stockage à vie … nettoyez de temps en temps pour dupliquer ce que vous ne voulez pas perdre ;) Idem … nettoyez de temps en temps Stockages ou archivages plus sûrs ailleurs Voir Raymond ou Arnaud pour cela (on a enfin des disques dispos)

11 Réseau Osiris www.lbgi.fr ssh.lbgi.fr Firewall 24 ports 48 ports
courbet renoir noiro pikachu maurice ratafia ordiodile ordianne ordioli centhuit kookabura olo ulu centdouze mozart fire.lbgi.fr ssh.lbgi.fr studio milex studio ena redmine cafetier ena-con studio-con esxi-moby esxi-moby-con moby eyear bipbip1 bipbip1-con octave et DHCP après

12 Jouons avec les noms .lbgi.fr 130.79.98.120 www.lbgi.fr 130.79.98.120
fire.lbgi.fr ssh.lbgi.fr alvinella.lbgi.fr = bioinfo-bistro.lbgi.fr = bistro.lbgi.fr = ciliocode.lbgi.fr = fed.lbgi.fr = ftp.lbgi.fr = lbgi.fr genoret.lbgi.fr = gx.lbgi.fr = gxdb.lbgi.fr = parsec.lbgi.fr = Le site web est automatiquement redirigé en fonction du nom gx.lbgi.fr devient

13 Montages windows Sur vos pc sous Windows Connecter un lecteur réseau
O: \\ \votrelogin M: \\ \maison S: \\ \gstock K: \\ \commun U: \\ \duplic T: \\ \tempor M: permet de voir les copains ;)

14 Les bonnes pratiques Utiliser /home/toto Utiliser /biolo/machin
En faisant éventuellemnt le lien dans /biolo ln -s machin.2.3 machin Y créer un setmachin.com et le mettre dans /biolo/setbiolo.com Y rajouter un petit readme.txt Rajouter une ligne dans le wiki

15 Les bonnes pratiques (suite)
Dans les pages web ne jamais écrire explicitement mais /chose Mutualiser les .php ou .py Par exemple pour gx, fed, genoret, dbgs FedConfig::urlSite() rend /gx ou /fed et du coup j'écris $urlSite/truc/pro.php au lieu de Et ça marche sur toutes nos machines avec tous les sites

16 Faire connaître Créer des web services Des API
Les rendre accessibles à tous (/biolo, setbiolo) Créer un (des) fichier de configuration visible Wikili (public) Lbgiki (privé) Attention pas toujours à jour

17 Merci ?