Comparative Genomic Hybridization (CGH)

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1 Comparative Genomic Hybridization (CGH)
CGH is a molecular cytogenetic method of screening a tumor for genetic changes. The alterations are classified as DNA gains and losses and reveal a characteristic pattern that includes mutations at chromosomal and subchromosomal levels.

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3 Small cell lung carcinoma
Anomalies cytogénétiques: délétions (vert) ou duplications (rouge) Méthode d’évaluation d’anomalies de plus petites tailles: CGH-array

4 PRINCIPE DE LA TECHNIQUE DE CGH-ARRAY
Mélange, blocage des séquences répétées et co-hybridation marquage marquage ADN test (maladie génétique, cellules cancéreuses) ADN de référence Scan Mesure des intensités de fluorescence Log 2 Cy5/Cy3 Cy5/Cy3 X Clone délétés dans l’ADN à tester 0,5 -1 Patients hétérozygotes Clone « normaux » dans l’ADN à tester 1 0.6 Clone amplifiés dans l’ADN à tester 1.5 Patients hétérozygotes Patients homozygotes 2.0 1

5 Gène CREBBP (16p13.3) responsable du syndrome de Rubinstein -Taybi
Exemple Gène CREBBP (16p13.3) responsable du syndrome de Rubinstein -Taybi Tel Cen 31 19 14 6 3 2 1 1a 2 3a 3 3b 4 5 6 7 8a 8b 8 8c 8d 9 10 11a 11 11b 12 13 14 15b 15a 15 15c 1 Cen Produits de PCR (1-1,5kb) Cosmides RT102 RT 203 RT 100 RT191 RT 166

6 Résultats patients # 34/cosmides
Tel Cen 31 19 14 6 3 2 1 RT102 RT 203 RT 100 RT191 RT 166 Cosmides

7 Résultats patients 34/produits PCR
Gène CREBBP (16p13.3) responsable du syndrome de Rubinstein -Taybi Tel Cen 31 19 14 6 3 2 1 15b 15a 15 15c 8a 8b 8 8c 11a 11 11b 3a 3 3b 12a 12b 14 13 10 9 8d 7 6 5 4 2 1a 1 Cen

8 Detection and mapping of single-copy intrachromosomal losses on chromosome 18q with CGH arrays
Barrett, Michael T. et al. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, Copyright ©2004 by the National Academy of Sciences

9 Remerciements Christophe Rothan, UMR Physiologie Biotechnologie Végétales, IBVI – INRA Bordeaux Anja Knoll-Gellida, UMR « Nuages », Université Bordeaux1 Marianne Stef, Laboratoire de Génétique Humaine, Développement et Cancer, UB2 Béatrice Turcq, Laboratoire Hématologie, UB2