Laboratoire de recherches et de coordination sur les Trypanosomoses,

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1 Laboratoire de recherches et de coordination sur les Trypanosomoses,
Thierry de Meeûs Laboratoire de recherches et de coordination sur les Trypanosomoses, UMR177 IRD/CIRAD, TA A-17/G, Campus International de Baillarguet, 34398 Montpellier Cedex 5, France. Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI) UMR CNRS/IRD 2724, UR IRD 165

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3 Méthodes directes Méthodes indirectes

4 Phe-Pro-Leu-Ileu-Val Neutralité: une hypothèse assez forte
TYPES DE MARQUEURS Microsatellites Primer1 CTCTCTCT AGAGAGAG Primer2 mRNA Primer1 CTCTCTCTCT AGAGAGAGAG AUGCAGCCAUAGGCG Primer2 PCR Enzymes Phe-Pro-Leu-Ileu-Val + + - - Electrophorèse Neutralité: une hypothèse assez forte

5 Proportions de Hardy-Weinberg
f( ) = + = p f( ) = q f( ) = p² ; f( ) = 2pq ; f( ) = q²

6 Altérations des proportions de Hardy Weinberg
Déficits en hétérozygotes Taenia solium Nasonia vitripenis Endogamies Sous dominance Effet Wahlund Rh-Rh- Rh+Rh- Homogamie Causes techniques Allèles nuls Dominance des allèles courts

7 Altérations des proportions de Hardy Weinberg
Excès d'hétérozygotes Superdominance Hétérogamie Anémie falciforme et Plasmodium falciparum HLA Clonalité Candida albicans Trypanosoma brucei Biais de dispersion sexe spécifique Ixodes ricinus Hétérosis Schistosoma

8 Les F-Statistics de Wright
HObs=2p1(1-p1)-2p1(1-p1)FIS FST FIT FIS Estimations RAPPEL: Variance: s² = [1/n].Si[(xi-x)²] ; s² = [1/(n-1)].Si[(xi-x)²] Estimateurs f et θ de Weir & Cockerham F IS l

9 Structure d'une Population Taille des Unités de Reproduction
Migration

10 Génétique des populations d' Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse
B. burgdorferi B. valaisiana B. garinii B. afzelii B. Spielmanii

11 Déficits en hétérozygotes
0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 IR8 IR25 IR27 IR32 IR39 All f ( F is estimator) -1 -0.75 -0.5 -0.25 0.25 0.5 0.75 1 109 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131 Allele size F is (partials) 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131 Allele size F is pi's balanced pi's bell shaped pi's decreasing pi's increasing pi's randomised

12  Distribution sexe spécifique du polymorphisme
Biais de dispersion sexe spécifique des tiques  B. burgdorferi B. valaisiana B. garinii B. afzelii

13 Détection des Borrelia dans les tiques
Pour Borrelia burgdorferi P =0.012 ss 0.08 0.07 B. burgdorferi 0.06 0.05 0.04 Prévalence of 0.03 0.02 F M Sex of the tick

14 Détection des borrélies dans les tiques
Pour Borrelia afzelii Saines Infectées Saines Infectées 

15 Schistosoma mansoni et ses hôtes (rat et mollusque) en Guadeloupe
Vers adultes (couple) dans la veine mésenthérique. La femelle est contenue dans le canal gynécophore du mâle Œuf évacué avec les selles de l’hôte définitif Eclosion d’une larve aquatique: miracidium Reproduction sexuée Biomphalaria glabrata mollusque d’eau douce hôte intermédiaire Emission massive de cercaires clonales Reproduction asexuée Rattus rattus (rat noir) infecté lors d’un "bain" Zone de transmission Site de transmission (arrière mangrove) Région d’étude

16 Les F-Statistics de Wright
et Clones Fst Fit Fis F is l

17 Génétique des populations ou partiellement clonaux
des diploïdes clonaux ou partiellement clonaux Fis -1 Loci C=1, Nm small FST~0.5 Fis -1 Loci C=1, Nm not small Fst<<0.5 Fis -1 Loci C=[ ], Nm small Fst>>0.5 Fis -1 Loci C=[ ], Nm not small

18 Clones structurés en nombreux dèmes
Fst=-Fis/(1-Fis); Fit=0

19 Candida albicans à Abidjan (Côte d’Ivoire) Traitement anti-fungique
42 Patients AIDS FPatient≈0.5 (P<0.001) 19 patientes 23 patients J15 FSex≈0.08 (P<0.02) Rechute de 13 patients Traitement anti-fungique Fis=-0.66 Fis=-0.97 FD0-D15≈0.2 (P<0.001) 14 loci enzymatiques

20 Structuration de Candida albicans chez des patients HIV+ de Côte d'Ivoire