L3 Module Libre Année universitaire 2005-2006 Initiation à la Bioinformatique Jean-Michel RICHER.

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1 L3 Module Libre Année universitaire 2005-2006 Initiation à la Bioinformatique Jean-Michel RICHER

2 Mise en situation Problèmatique : Un biologiste doit réaliser régulièrement plusieurs alignements multiples –Les séquences à aligner sont récupérées sur un serveur (20 jeux de séquences) –Le programme dalignement utilisé est clustalw

3 Solutions ? Quelles solutions envisager ? –Manuelle : contraignante, source derreurs, perte de temps –Automatique : rapide et efficace, installation requiert temps + compétences

4 Indications supplémentaires Les séquences peuvent être récupérées en interrogeant un serveur qui stocke des séquences Requête http format GET http://www.../pub/../db_find_seq.php Le paramètre est nbcys et correspond au nombre de cystéines dans les séquences On obtient un fichier au format fasta

5 2 possibilités 1ère étape : récupération des séquences sur le serveur 2ème étape : réalisation des alignements multiples Faire appel à un serveurInstaller Clustal sur sa machine et lutiliser en local distantelocale

6 Comment automatiser ? Requêtes serveur Fichiers fasta Alignements multiples Etape 1 Etape 2

7 Récupérer les séquences (1) On écrit un script php pour appeler le serveur, récupérer les données et les enregistrer dans des fichiers : –Envoyer une requête –Lire les données et les enregistrer

8 Récupérer les séquence (2) <?php $serveur = www.info.univ-angers.fr ; $pagephp = /pub/richer/rec/bio/dbdb/db_find_seq.php; // boucle for ($i=1; $i <= 20; ++$i) { $nom_fichier = seq$i.txt; // ouverture du fichier $fichier = fopen($nom_fichier, w); // si ouverture impossible alors afficher un message // derreur et sortir du programme if (!$fichier) { echo Impossible douvrir le fichier; exit(1); }

9 Récupérer les séquence (3) // accès au serveur // ouverture de la page pour récupérer les données $url = fopen($serveur. $pagephp.?nbcys=$i,r); // si ouverture impossible alors afficher un message // derreur et sortir du programme if (!$url) { echo Impossible douvrir lurl $url; exit(1); }

10 Récupérer les séquence (4) // lire le résultat et lenregistrer while (!feof($url)) { // lire une ligne (terminée par un retour chariot) $line = fgets($url,1000); // lécrire dans le fichier des séquences fwrite($fichier, $line); } // fermeture de la connexion avec le serveur fclose($url); // fermeture du fichier fclose($fichier); } ?> Si le script fonctionne, on obtient alors les fichiers : seq1.txt, seq2.txt, …, seq20.txt

11 Clustal W Installation et utilisation

12 Récupérer clustal et linstaller Utiliser un navigateur et récupérer clustalw –Il faut récupérer une version unix/linux –Soit un exécutable, soit les sources du programme –Le fichier téléchargé possède lune des extensions suivantes :.zip sous windows.tar,.gz, ou.tgz pour unix/linux

13 Installer clustal Décompresser le fichier obtenu : –unzip clustal1.83.src.zip – gzip clustal1.83.src.tar.gz –tar –xvf clustal.1.83.src.tar afficher le contenu du répertoire en utilisant la commande ls Se rendre dans le répertoire : clustalw1.83

14 Installer clustal Lire le fichier README qui contient des informations sur le programme Éventuellement regarder le fichier INSTALL si il existe Taper : make pour compiler le programme

15 Réaliser les alignements (1) Trouver les paramètres que lon doit utiliser avec clustalw

16 Réaliser les alignements (2) <?php for ($i = 1; $i <= 20; ++$i) { $entree = "seq$i.txt"; $sortie = "aln$i.aln; $commande = clustalw1.83/clustalw –infile=$entree ; $commande.= –outfile=$sortie –output=gcg; $resultat = system( $commande ); echo $resultat; } ?>