Laboratoire I: Introduction & pré-traitements

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1 Laboratoire I: Introduction & pré-traitements
RAD6005 – Introduction à l’IRMf Laboratoire I: Introduction & pré-traitements Jean-Sébastien Provost, Ph.D Centre de Recherche, Institut Universitaire de Gériatrie de Montréal & Université de Montréal 1

2 Mes coordonnées Jean-Sébastien Provost Tél.: (514) 340-3540 poste 4030
Courriel: Tél.: (514) poste 4030

3 Laboratoires Laboratoire I: 27 février 2013
Laboratoire II: 13 mars 2013 Laboratoire III: 20 mars 2013 Laboratoire IV: 27 mars 2013 Laboratoire V: 3 avril 2013 Examen: Voir avec Oury

4 Laboratoires Cinq laboratoires Examen 30%
Laboratoire 1 – Introduction & prétraitements de données Laboratoire 2 – Le modèle linéaire général (GLM) Laboratoire 3 – Déconvolution/Analyse de groupe/normalisation Laboratoire 4 – Scripts et détection de pics Laboratoire 5 – Construction d’un protocole IRMf et analyse complète Examen 30%

5 Logistique Vous pouvez enregistrer tout ce que vous voulez ramener chez vous (apportez une clé USB) Sachez qu’à la fin de chaque cours, tout ce que vous avez fait va être effacé des ordinateurs Vous pouvez prendre des notes avec le logiciel “TextEdit” que vous trouverez dans “Applications” (je vais vous montrer où tout ce trouve dans quelques instants)

6 Logistique Logiciels pour analyse IRMf:
BrainVoyager, fmristat, SPM, neurolens, FSL… Pour les laboratoires, c’est FSL ! Et… C’est sur Mac !!! Si vous n’êtes pas familier avec l’environnement Mac, n’hésitez pas à me le dire

7 Sondage Combien d’entre vous ont déjà été participant à une étude IRMf ? Combien d’entre vous sont en train de se monter une étude IRMf ? Combien d’entre vous ont déjà fait une étude IRMf ? Combien d’entre vous ont déjà assisté à des ateliers/conférences sur l’IRMf ? Soyez honnête, avez-vous vraiment compris quelque chose ???

8 Analyse IRMf Ici, on va vous montrer les étapes d’une analyse typique
N’oubliez jamais de faire le lien entre les différentes étapes de traitement et vos images/expériences !!! On va découper un scan, l’optimiser, pour finalement le reconstruire en isolant nos périodes d’intérêt

9 Analyse IRMf Cinq étapes Prétraitements
Correction du mouvement Lissage spatial Le modèle linéaire général (GLM) Extraction de nos événements d’intérêt Normalisation Mettre les données dans un espace standardisé Analyse intra-sujet Compiler les données d’un même sujet Analyse inter-sujet Compiler les données de différents sujets

10 Analyse IRMf Lors d’une acquisition quelconque
Le cerveau est scanné au complet plusieurs fois On doit donc superposer les différentes images du cerveau ensemble On va acquérir en tranche (slice) pour former des volumes (frames) L’acquisition des tranches/volumes va dépendre de vos paramètres initiaux de vos acquisitions (on en reparle plus tard)

11 Logistique Avant de commencer, découvrons ensemble l’environnement Mac pour les néophytes