L article fondateur: Nagalakshmi U, Wang Z, Waern K, Shou C, Raha D, Gerstein M, Snyder M. (2008) The transcriptional landscape of the yeast genome defined.

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2 L article fondateur: Nagalakshmi U, Wang Z, Waern K, Shou C, Raha D, Gerstein M, Snyder M. (2008) The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing. Science. 2008 320:1344-1349

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4 En un run, on générait en 2011 environ 15 million de séquences de 35 bp. En 2012, en un run, on génère 1.6 milliard de séquences de 100 bp. De plus on simplifie le protocole de réalisation des librairies.

5 Analyse des données: compter les gènes (transcrits)

6 RKPM: reads per kilobase of exon model per million mapped reads

7 ERANGE Le logiciel « maison » de Solexa écarte les « multireads » 20 kpb

8 Dautres logiciels existants: Bowtie (alignement) TopHat (calcul RKPM) Cufflink (calcul gene expression) HTSeq: Analysing high-throughput sequencing data with Python Une plateforme danalyse de ces données: Galaxy: http://main.g2.bx.psu.edu/ Un pipe danalyse « standard »:

9 TopHat is a fast splice junction mapper

10 Pour des méthodes plus sophistiquées de détection de transcrits, cf cours de Vincent Lacroix