PubMed/Filtres (Cours de base: Module 5)

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1 PubMed/Filtres (Cours de base: Module 5)

2 Table des matières Filtres par date de publication Filtres par langage
Filtres par âge Filtres par type d’article Filtres par options de texte Etiquettes des champs de Filtres par affiliation Filtres par journal Filtres par auteur This module continues the mastering of the skills necessary to utilize the PubMed database as means to identify e-journals within HINARI. It will emphasize the use of limits while searching in PubMed. Again, this will build on searching skills you have learned in previous modules. Similarly to the other modules, you will need access to the Internet and be required to complete a series of exercises. You must login to HINARI and then go to ‘Search inside HINARI full-text using PubMed’ or you will not have access to the full-text articles

3 Avant de se connecter sur des sites d’éditeurs partenaires, nous nous connectons à HINARI en utilisant l’URL Before logging into the Partner Publisher services websites, we will Login to the HINARI site using the URL

4 Nous allons entrer notre nom d’utilisateur et notre mot de passe dans les champs appropriés, puis cliquer sur le bouton “Connexion”. Pour avoir accès au article en texte intégral, il faut s’enregistrer correctement. Depuis la migration sur un nouveau serveur d’authentification (jan 2014), nous recommandons vivement l’utilisation de Chrome ou de Mozilla. Si vous utilisez Internet Explorer, vous devrez vous identifier deux fois.

5 Si vous utilisez Internet Explorer, répetez le processus de connexion sur cette deuxième page et vous serez redirigé vers la page des contenus d’HINARI. Je n’arrive pas retrouver cette page pour prendre une capture d’écran en français. MP : 12 janvier 2017 12 janvier 2017

6 Une fois que vous êtes enregistrés sur la page contenu HINARI, accédez à PubMed en cliquant sur Chercher dans HINARI texte intégral. In the HINARI Portal you can access PubMed from the Content page. Click on Search inside HINARI full-text using PubMed.

7 Filtres PubMed We will examine the numerous Filtres options – which enable you to refine (or expand) a search as precisely or broadly as you would like. Depuis la page initiale (HINARI) de PubMed, nous allons lancer une recherche sur HIV and pregnancy et appliquer plusieurs filtres. 7

8 Après l’exécution d’une requête, les filtres par défaut sont affichés dans la colonne de gauche. Nous allons appliquer différents filtres sur les résultats obtenus avec la recherche HIV and pregnancy - un total de références. In many cases, you will need to click on More – to add other filtre options than the ones from the default listing.

9 D’abord, nous appliquerons le filtre Publication dates (dates de publication). Nous avons cliqué sur l’option 5 years (5 ans). Cela limite les résultats de la recherche à Remarquez la marque à côté de la section des dates de publication. Remarquez également l’icône clear (effacer). Il y a une option Clear all (tout effacer) en bas de la page. Si vous n’enlevez pas vos options, elles seront appliquées aux prochaines recherches. Remember – clear the filtres if you DO NOT want them on any subsequent searches. If you do not clear your filtres, future search could be significantly more limited.

10 Dans le filtre Custom Date Range (période personnalisée), nous avons entré la première date de 2014 et laissé la deuxième partie vide (2014/01/01 à vide) et cliqué sur l’icône Apply.

11 En utilisant le filtre de période personnalisée depuis le 01. 01
En utilisant le filtre de période personnalisée depuis le , nous obtenons 286 références pour la requête HIV AND pregnancy. Sous les résultats, il y a une ligne de filtres activés qui inclus l’option “Clear all” pour tout effacer. Les filtres activés sont marqués d’une coche. Nous allons cliquer sur l’option “clear” ou sur chaque filtre pour les retirer.

12 Nous avons effacé tous les filtres et le nombre de résultats pour la requête HIV and pregnancy est le même que le nombre initial: références.

13 Nous avons cliqué sur le lien “Show additional filters” afin d’ajouter des filtres supplémentaires. Nous cochons la case “Languages” et cliquons sur “Show” pour montrer les filtres de langue disponibles.

14 Cliquez sur Customize pour afficher le menu du filtre Languages
Cliquez sur Customize pour afficher le menu du filtre Languages. Remarquez que l’anglais est la langue par défaut, et que plusieurs langues peuvent être sélectrionnées. To add filters to the left-column list (and be able to apply them to a search), you will need to check the boxes and click on the show button. This is necessary for many of the filter options. 12 janvier 2017

15 Nous allons maintenant nous pencher sur le filtre Article types Les types d’articles par défaut sont affichés. En cliquant sur more…, d’autres options sont disponibles. Remember, by clicking on More, you can view and add the options you want, in this case more Article types sub-categories.

16 Nous avons cliqué sur l’option more… des types d’article et ouvert le menu. Nous allons ajouter les types Review et Practice Guidelines et cliquer Show pour montrer des revues de littérature et des recommandations. As previously noted, checking specific boxes and the show button results in the sub-filtres adds the filtres you want included with the broader term – in this case Article types.

17 Dans le filtre Article types, nous avons cliqué sur les options Practice Guidelines et Review. Les résultats pour la requête HIV and pregnancy est de 2348 références. N’oubliez pas de retirer ces filtres.

18 Nous avons cliqué sur Show additional filters et le menu a été affichés. Nous allons ajouter l’option Ages en cochant la case correspondante et en cliquant sur Show. This is a two step process. First, click on Show addtional filtres (to display Ages) and, within the Ages filtres, to choose the options you would like to use.

19 En cliquant sur more… dans le filtre Ages, toutes les options sont affichées. Pour la requête HIV and pregnancy , nous allons sélectionner les cases Adolescent: years et Young Adult:19-24 years et cliquer sur Show. Une fois affichées, nous allons à nouveau cliquer sur le filtre Ages.

20 Les deux filtres Ages sont sélectionnés et mis en évidence et les résultats et la requête HIV and pregnancy sont réduits à références. Sous les résultats, la ligne Filters activated comprend l’option Clear all pour retirer les filtres. Again – remember to clear the filtres or they will remain on for subsequent searches.

21 Nous allons maintenant considérer une dernier ensemble de filtres supplémentaires en cochant la case Search fields puis Show.

22 Le résultat de la recherche WHO affiliation est de 9953 références
Le résultat de la recherche WHO affiliation est de 9953 références. Dans l’affichage de l’Abstract, nous avons cliqué sur Author information pour connaitre l’affiliation des auteurs. Remarquez l’affiliation des auteurs à l’Organisation Mondiale de la Santé. 12 janvier 2017

23 Un nouveau menu est affichl
Un nouveau menu est affichl. Nous allons mettre en évidence l’option Affiliation et cliquer sur Apply. Après que le filtre soit activé, nous allons taper WHO dans la barre de recherche et cliquer sur Search. For all the Fields filtres, you will need to put a keyword search in the PubMed search box and click on Search. For this Affiliation search, we have added WHO, the acronym for the World Health Organization. Similarly, you can check Journals and type a journal title into the Search box or check the Author option and enter the name of an author in the Search box.

24 Les résultats pour une affiliation WHO est de 7571 références
Les résultats pour une affiliation WHO est de 7571 références. Dans l’option d’affichage Abstract, nous avons cliqué sur le lien Author information. Vous pouvez ainsi observer l’affiliation des auteurs à l’Organisation Mondiale de la Santé.

25 Nous allons maintenant activer la recherche par le champ journal, taper emerging infectious diseases dans le barre de recherche PubMed et cliquer sur Apply. This is a useful tool for identifying material from one journal. In this case, we have listed all the articles from Emerging Infectious Diseases, an open access e-journal from the Centers for Disease Control (USA). These options are discussed in the following slides. 12 janvier 2017

26 Nous allons maintenant activité le champ de recherche Journal, et inscrire emerging infectious diseases dans la barre de recherche de PubMed puis cliquer sur Apply. This is a useful tool for identifying material from one journal. In this case, we have listed all the articles from Emerging Infectious Diseases, an open access e-journal from the Centers for Disease Control (USA). These options are discussed in the following slides.

27 Les résultats de la recherche d’affiliation à la revue emerging infectious diseases sont références. Cette recherche retourne un nombre total d’article de cette revue en particulier, dans PubMed. N’oubliez pas de retirer le filtre Journal.

28 Nous allons maintenant activer la recherche sur l’auteur, grâce au filtre champ Author. Entrez ribeiro dans la barre de recherche PubMed et cliquez sur Apply.

29 Les résultats de la recherche auteur ribeiro sont de 11063 références
Les résultats de la recherche auteur ribeiro sont de références. Cette recherche retourne le nombre total d’article par tous les auteurs nommés ribeiro dans PubMed.

30 Pour affiner cette recherche, ajoutez les initiales de l’auteur
Pour affiner cette recherche, ajoutez les initiales de l’auteur. Les résultats pour la recherche auteur ribeiro e est de 484 références.

31 Nous affichons la recherche HIV and pregnancy originale
Nous affichons la recherche HIV and pregnancy originale. Nous allons passer en revue les filtres Text availability, pour concernant la disponibilité du texte intégral.

32 Dans cette exemple, le filtre Free full text available a été activé
Dans cette exemple, le filtre Free full text available a été activé. Les résultats sont de 3578 références. Ce nombre plus bas comprend les 2077 références HINARI mais cela ne représente que les références qui sont des articles HINARI Free Full Text. Nous ne recommandons donc pas l’utilisation de ces filtres.

33 Rappel: En travaillant avec les filtres, vous avez probablement remarqué la ligne Text availability qui comprend les options Abstract, Free full text et Full text available. En sélectionnant ces options, vous affineriez votre recherche pour qu’elle n’inclue que les articles avec abstracts, avec texte intégral ou texte intégral gratuit, selon les éditeurs. Note: Si vous cliquez sur Free full text et PAS sur Full text, votre onglet HINARI sera limité aux seuls articles qui sont à la fois disponibles en texte intégral ET HINARI– un nombre beaucoup plus petit.

34 C’est la fin du cours de base HINARI module 5
Il existe un manuel qui accompagne cette partie du module pour réaliser une session pratique sur les sujets traités dans ce module. Mis à jour