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PROTEOMIQUE
2
PROBLEMATIQUE Objectif Identification des proteines
Echantillons HPLC/SM Suite acides aminés -> peptide Logiciel d’identification Commercial Open source Problématique Temps de traitement Taille des données
3
OMSSA Open source développé au NBCI Sans “user friendly interface”
Fichier de configuration en xml Adaptable au traitement parrallèle Intégration de la VO biomed
4
Adaptation à la GRILLE Préparation à l’environnement de la grille
Programmes pré traitement Vérification de la cohérence Création du fichier de description (jdl) Soumission des jobs Supervision des jobs Programmes de post traitement Fusion des fichiers atomiques Présentation des résultats pour l’utilisateur
5
BILAN + Utilisation optimum des resources + Gain de temps
Durée d’éxecution d’une unité + DELTA Delta: Temps de transfert (Aller Retour) Queue d’attente sur un CE Post traitement
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