Recherche d'interactions entre gènes dans la littérature Franck Chantelot Alexandre Claude Vincent Zoonekynd DESS Bioinformatique Université de Clermont-Ferrrand.

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2 Recherche d'interactions entre gènes dans la littérature Franck Chantelot Alexandre Claude Vincent Zoonekynd DESS Bioinformatique Université de Clermont-Ferrrand Mars 2004

3 Plan de la présentation ● Introduction ● Choix technologiques ● Algorithmes ● Résultats et perspectives

4 Introduction ● Les informations sur les interactions entre gènes sont dans des articles de recherche : elles ne sont pas facilement accessibles.

5 Choix technologiques ● C ● Java (GATE) ● Cliquodromes (Weka) ● R ● Perl ● Python

6 Perl ● RAD (Rapid Application Development) ● Expressions régulières ● BioPerl, PDL, mod_perl, etc.

7 Python ● RAD ● BioPython, NumPy, Zope, NLTK, etc. ● Jython ● Langage pédagogique

8 Algorithme général

9 Classificateur ● Regarder les mots qui apparaissent souvent ou rarement dans les phrases qui décrivent ou ne décrivent pas d'interaction. ● Combiner ces fréquences pour obtenir une probabilité d'interaction pour chaque phrase

10 Résultats ● Taux de rappel : pourcentage de phrases trouvées parmi les phrases décrivant des interactions.

11 Résultats ● Taux de précision : pourcentage de phrases décrivant effectivement des interactions parmi les phrases trouvées

12 Résultats Précision Faux positifs Rappel Faux négatifs

13 Résultats ● Taux de rappel : 80% à 90% (10% à 20% de phrases oubliées) ● Taux de précision : 60% (40% de bruit, de résultats incorrects)

14 Perspectives ● Automatisations ● Découpage ou étiquetage ● Ambiguïtés ● Transformations linguistiques ● Recherche de motifs