LMGE – Équipe « Microbiologie de l'Environnement et Bioinformatique »

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1 LMGE – Équipe « Microbiologie de l'Environnement et Bioinformatique »

2 Importance de la biodiversité microbienne
Milieux naturels Cycle du carbone, de l'azote... Climat Biotechnologies Agroalimentaire Médicaments Biocarburants Bioremédiation

3 Méthodes d'étude de la biodiversité microbienne
La microscopie Caractéristiques morphologiques spécifiques Repose sur l'expertise de taxonomistes L'approche moléculaire Étude de la diversité génétique des espèces Accès à la diversité des organismes non cultivés Les nouvelles technologies de séquençage (NGS) → Séquençage aléatoire ou ciblé de communautés microbiennes Evaluation of DNA extraction methods for freshwater eukaryotic microalgea Eland et al 2012 – Water research 46: La microscopie, permet de fournir une vue des groupes d'algues présents dans un écosystème n'est pas applicable dans le cadre de l'analyse d'un grand nombre d'échantillons Repose sur l'expertise de taxonomistes « très bien entrainés » (hors ces formations n'existent quasiment plus) Repose sur la présence de caractéristiques morphologiques spécifiques (ce qui n'est pas le cas pour ne nombreux microorganismes) Souvent ne permet pas une identification au niveau de l'espèce Sanger : < 1000 séq. NGS : 1,2 Millions séq. Forum photography (photos firebirdv)

4 Méthodes d'étude de la biodiversité microbienne
Séquençage aléatoire Séquençage ciblé Evaluation of DNA extraction methods for freshwater eukaryotic microalgea Eland et al 2012 – Water research 46: La microscopie, permet de fournir une vue des groupes d'algues présents dans un écosystème n'est pas applicable dans le cadre de l'analyse d'un grand nombre d'échantillons Repose sur l'expertise de taxonomistes « très bien entrainés » (hors ces formations n'existent quasiment plus) Repose sur la présence de caractéristiques morphologiques spécifiques (ce qui n'est pas le cas pour ne nombreux microorganismes) Souvent ne permet pas une identification au niveau de l'espèce Métagénomique Métagénétique Caractérisation de nouveaux métabolismes Détection des variants de faible abondance

5 LMGE : Métagénomique

6 LMGE : Métagénétique plosOne