Package R Markdown: Un outil pour générer des pages html avec R Studio

Présentation au sujet: "Package R Markdown: Un outil pour générer des pages html avec R Studio"— Transcription de la présentation:

1 Package R Markdown: Un outil pour générer des pages html avec R Studio
Réunion du Groupe Statistiques – CATI Bios4Biol Juin 2015 Sophie LAMARRE Equipe Biopuces Bionanotechnologies et Plateforme GeT-Biopuces (LISBP) à Toulouse

2 Plan Qu’est-ce que R Markdown? Cas d’utilisations Comment ca marche?
Plus de détails Vers une mise en page personnalisée Les autres formats Conclusion Annexes

3 1. Qu’est ce que R Markdown?
C’est un package de R qui combiné à R Studio, permet de créer de manière simplifiée des documents dynamiques. Le document peut avoir plusieurs formats: Pages web (à l’origine le package a été créé pour ca) Document pdf Document Word ou équivalent sous Linux

4 1. Qu’est ce que R Markdown?
Sur le document dynamique, on peut mettre: du code R le résultat de l‘exécution des graphiques des images des formules …

5 2. Cas d’utilisations Pour créer un cours que l’on veut publier en ligne (avec Rpubs) Pour réaliser un compte rendu avec affichage des résultats (issu des commandes tapées dans R), que l’on souhaite communiquer à d’autres personnes (sans avoir à s’initier au Latex pour écrire des rapports avec Sweave) …

6 3. Comment ca marche? Le package « markdown » fonctionne avec le package « knitr » (à télécharger sur le CRAN lors de la première utilisation) Ce dernier permet d’inclure et d’exécuter le code R qui génère des tableaux et/ou des graphiques (au lieu d’insérer les tableaux et/ou les graphiques exécutés préalablement) -> reproductibilité des documents

7 Démo pour transformer en format HTML
3. Comment ca marche? Démo pour transformer en format HTML

8 3. Comment ca marche? On ouvre R Studio On change le paramétrage

9 3. Comment ca marche? On créé un premier document

10 3. Comment ca marche? On enregistre le fichier que l’on vient de créer
On appuie sur « Knit HTML »

11 3. Comment ca marche? On obtient notre page html générée Note:
Dans la nouvelle version de markdown on n’est plus obligé d’enregistrer notre fichier .rmd pour qu’il génère la page.

12 3. Comment ca marche? Fichier contenant le contenu du document dynamique en format .rmd Fichier transformé dans le format souhaité: HTML PDF WORD

13 3. Comment ca marche? Si on souhaite publier en ligne notre page:
On clique sur « Publish » Attention, la page sera publique

14 4. Plus de détails Ajouter du code et voir le résultat:
Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html

15 4. Plus de détails Affichage d’un graphique généré avec R:
Le résultat de la page Html Le code sur le fichier .Rmd

16 4. Plus de détails Insérer un tableau: Le code sur le fichier .Rmd
Le résultat de la page Html

17 4. Plus de détails Insérer une équation: Le code sur le fichier .Rmd
Le résultat de la page Html

18 4. Plus de détails Insérer une image: Le code sur le fichier .Rmd
Le résultat de la page Html

19 4. Plus de détails Insérer un lien vers une page Internet:
Insérer une citation: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html

20 5. Vers une mise en page personnalisée
Par défaut, la mise en page est un peu sommaire: Pas de couleurs Tableaux sans bordures Texte non souligné …

21 5. Vers une mise en page personnalisée
On peut grâce à la feuille de style CSS modifier cette mise en page. La procédure à suivre est la suivante: copier la feuille de style CSS nommée “markdown.css” qui se trouve dans le répertoire du package “Markdown” (endroit où tous les packages sont stockés) la renommer Modifier la feuille de style avec la mise en page que l’on souhaite (exemple: couleurs aux titres, bordures aux tableaux …) la placer à l'endroit où on a stocké notre fichier .Rmd . Ensuite, dans notre fichier .Rmd, on écrit en haut: la ligne suivante entourée de “<” et “>”: link href=“my_custom.css” rel=“stylesheet”

22 5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme Avec mise en forme

23 Démo pour transformer en format PDF
6. Les autres formats Démo pour transformer en format PDF

24 6. Les autres formats … On peut transformer notre document à la base prévu pour être édité en format HTML pour qu’il soit transformé en PDF Pour que les images rentrent dans la page

25 6. Les autres formats … On peut transformer notre document à la base prévu pour être édité en format HTML pour qu’il soit transformé en PDF

26 Démo pour transformer en format WORD
6. Les autres formats Démo pour transformer en format WORD

27 6. Les autres formats … On peut transformer notre document à la base prévu pour être édité en format HTML pour qu’il soit transformé en WORD

28 6. Les autres formats … On peut transformer notre document à la base prévu pour être édité en format HTML pour qu’il soit transformé en WORD

29 7. Conclusion Package intéressant qui permet de créer des rapports reproductibles sous forme de pages Web, pdf ou Word, facilement sans avoir à connaître le langage Latex ni Html.

30 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation (pour format HTML avec CSS modifié)

31 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation

32 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation

33 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation

34 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation

35 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation

36 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation

37 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation

38 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation

39 Package genefilter: Un outil pour filtrer les données (à l’origine des issues de puces à ADN, mais fonctionne aussi avec des tableaux de type matrices) Réunion du Groupe Statistiques – CATI Bios4Biol Juin 2015 Sophie LAMARRE Equipe Biopuces Bionanotechnologies et Plateforme GeT-Biopuces (LISBP) à Toulouse

40 Courte introduction du filtrage
1. Installer le package 2. Charger le package 3. Générer une matrice de gènes et 2 conditions avec chacune 5 réplicats

41 Courte introduction du filtrage
Filtrage n°1: On ne retient pour la condition A que les gènes qui ont au moins 1 pour tous les réplicats de la condition A (c’est-à-dire pour les 5 réplicats)

42 Courte introduction du filtrage
Filtrage n°2: On ne retient pour la condition A que les gènes qui ont au moins 1 pour 75% des réplicats de la condition A (c’est-à-dire pour les 4 réplicats)