Gérer sa bibliographie en général … avec EndNote en particulier

Présentation au sujet: "Gérer sa bibliographie en général … avec EndNote en particulier"— Transcription de la présentation:

1 Gérer sa bibliographie en général … avec EndNote en particulier
Patricia Volland-Nail INRA - Nouzilly

2 Ce que nous allons voir …
Généralités sur les logiciels de gestion de références bibliographiques Principes et fonctions Les principaux logiciels Gérer sa bibliographie avec EndNote Caractéristiques de EndNote Créer et gérer une base EndNote par import automatique et/ou saisie manuelle Insérer des références bibliographiques dans un document et éditer des listes Quelques fonctions « avancées » : gérer une liste de périodiques, modifier ou créer des styles PVN – 2008

3 Généralités sur les logiciels de gestion des références bibliographiques

4 Les logiciels de gestion de références Pour quoi faire ? (1)
Gérer ses références bibliographiques en créant sa base de données personnalisée : Créer, gérer, configurer, trier, modifier par lots une base de données Rechercher dans sa base et constituer des lots de références spécifiques, thématiques Intégrer des références à ses publications et éditer la bibliographie correspondante selon des normes définies, comme les consignes aux auteurs des périodiques PVN – 2008

5 Les logiciels de gestion de références Pour quoi faire ? (2)
Créer une base de données Par import automatique (fonction la plus utilisée) à partir de fichiers sauvegardés à partir de bases de données bibliographiques en ligne à l’aide de filtres d’import en interrogeant directement des bases de données bibliographiques sur Internet via EndNote à l’aide de filtres de connexion : plus pratique et plus rapide que la consultation classique de chaque base, mais moins performant en matière de recherche directement au cas par cas à partir de la consultation d’articles sur des périodiques électroniques Par saisie manuelle des références PVN – 2008

6 Les logiciels de gestion de références Pour quoi faire ? (3)
Gérer des fichiers « images » et, avec EndNote, insérer des figures dans un texte Gérer des fichiers PDF en lien avec leur référence dans la base Lier des références à des URLs (pages Web) Exporter des données vers une page Web, vers Excel ou vers d’autres bases de données gérées avec d’autres logiciels PVN – 2008

7 Les logiciels de gestion de références Pour quoi faire ? (4)
Editer des listes de références selon différents styles ou formats : Utiliser les styles des revues pré-enregistrés Créer de nouveaux styles Rédiger un article avec le logiciel documentaire et un logiciel de traitement de texte (Word, Wordperfect) : Fonction « Cite While You Write » : insérer des citations dans un texte et générer automatiquement la liste des références bibliographiques Utiliser des « Templates » de revues (modèles Word) pré-enregistrés pour l’écriture d’articles PVN – 2008

8 Gestion bibliographique
Plateformes éditoriales Autres ressources / web Archives ouvertes … Bases de données Portail Bases de données hors portail Périodiques électroniques Sources de références Alertes – Fichier sauvegardé Enregistrement& gestion de références Filtres d’import Texte intégral, images, autres objets … Fichier personnel Gestion de documents en texte intégral Stockage Fichiers .pdf Liens URL Liaison avec traitement de texte Styles Aide à la publication Edition de bibliographies selon les formats des journaux PVN – 2008

9 Principaux logiciels existants
Voir : Les outils de gestion des références bibliographiques F. Cohen-Adad - Rencontres FORMIST Juin 2006 Les logiciels personnels de gestion documentaire J.P. Lardy - URFIST Lyon (mise à jour mars 2007) Site REPERE : Les logiciels de gestion des références bibliographiques S. Royer-Devaux PVN – 2008

10 Quelques logiciels Logiciels clients gratuits Logiciels clients payants • BiblioExpress • Biblioscape 5 • Biblio-PC 10 • EndNote • Papyrus 7 • Reference Manager ou Procite Logiciels open source Logiciels en ligne • Wikindx • RefWorks • Refbase • HotReference (gratuit) • JabRef • WriteNote • Bibus • BibliOpera D’après : Les outils de gestion des références bibliographiques F. Cohen-Adad - Rencontres FORMIST Juin 2006 PVN – 2008

11 Gérer sa bibliographie avec EndNote

12 Adresses utiles et guides
Le site de EndNote : Site Université de Queensland (Australie) Guides, manuels et tutorials : Liste de discussion : PVN – 2008

13 Gérer sa bibliographie avec EndNote
Caractéristiques de EndNote Les différentes versions de EndNote Les caractéristiques techniques Les généralités et définitions de base Les menus et barres d’outils Travaux pratiques « Initiation » Prise en main Créer et gérer une base de données Travaux pratiques « Fonctions avancées » Utiliser la fonction « Cite While You Write » avec Word et éditer une liste de références bibliographiques La notion de « style » bibliographique PVN – 2008

14 Versions : EndNote 7 vs XI
Formation réalisée sur EndNote XI mais version 7 très répandue De EndNote 8 à EndNote XI en 2 ans (3 versions nouvelles en 1 an …) A partir de la version 8 : gestion du format unicode Bugs divers avec EndNote 8 … Depuis EndNote 9 : bugs corrigés … … mais problèmes d’incompatibilité avec versions antérieures à partir de la version 8 : pas d’échanges de données possibles avec des collaborateurs PVN – 2008

15 Caractéristiques techniques
Nbre de bases : illimité (contrainte : espace disque …) Nbre de références par base : avec la version 7, illimité à partir de EndNote 8, mais maxi conseillé Nbre de champs par références : 34 prédéfinis + 6 à la carte Nbre de caractères par référence : Nbre de caractères par champ : (environ 8 pages de texte) PVN – 2008

16 Répertoire EndNote Connections : fichiers de connexion vers des bases externes : .enz Filters : filtres d’importation : .enf Styles : styles pour l’édition des références: .ens Templates : modèles MS Word selon des normes de revues : .dot PVN – 2008

17 Répertoire EndNote (suite)
Les bases de données EndNote peuvent être dans un répertoire spécifique, n’importe où … (extension : .enl) Examples : bases de données de démonstration : .enl Term Lists : listes de termes : auteurs, mots-clés, journaux : .txt Spell : dictionnaires pour la fonction correction orthographique Palm : utilitaires pour liaison avec Palm Pilot PVN – 2008

18 Définitions de base (1) Base de données : « Library »
Unité de base de la base de données : « Reference » Chaque « reference » ou enregistrement est un ensemble unique d’informations spécifiques à un type de document (article de périodique, ouvrage, chapitre d’ouvrage, thèse, brevet, communication à un congrès …) Des formats d’enregistrement correspondent à chaque type de document : les « reference type ». Exemples : Journal Article, Book, Book Section, Poster, Thesis, Patent, etc… PVN – 2008

19 Définitions de base (2) Chaque enregistrement est constitué de « champs » ou « fields » Un « champ » est une portion d’enregistrement qui contient des informations du même type : nom des auteurs, titre de l’article, nom du journal, etc … La liste des champs diffère avec le type de document, certains champs étant nécessaires à certains types de documents et pas à d’autres PVN – 2008

20 Définitions de base (3) En entrant chaque type d’information dans un champ séparé, cela permet de localiser l’information pour la ressortir à la demande dans un ordre déterminé (style bibliographique) dans le but de créer des bibliographies « à la carte » selon les normes bibliographiques des différents périodiques Exemples : Author. (Year) Title. Journal Volume, Pages. ou Author. Title. Journal Volume, Pages (Year). ou Author, Journal Volume, Pages (Year). PVN – 2008

21 Se souvenir ! En saisie manuelle, il est indispensable d’identifier précisément chaque type de document avant de l’enregistrer dans la base pour choisir le bon « format d’enregistrement » et entrer les différents éléments de la référence dans le bon « champ » Certaines règles de saisie sont à respecter à l’intérieur des « champs » (champ « auteur » par exemple) si on veut pouvoir ressortir les informations « à la carte » En import automatique à partir de bases de données bibliographiques externes, des vérifications sont souvent à faire pour être sûr que les informations sont dans le bon champ PVN – 2008

22 Menus : File Créer, Ouvrir, Fermer une base de données
Fonctions de sauvegardes : Save a Copy : copie d’une base de données Exporter une base EndNote Importer des données dans une base EndNote Imprimer des références sélectionnées avec un style bibliographique défini PVN – 2008

23 Menus : Edit (1) Fonctions Couper / Copier / Coller
Select All : pour sélectionner toutes les références (se transforme ensuite en Unselect All) Copy Formatted : copier des lots de références dans le presse-papier pour les coller dans un traitement de texte Change Text : changer du texte à l’intérieur d’un lot de références PVN – 2008

24 Menus : Edit (2) (fonctions avancées)
Output Styles : éditer les styles existants, les modifier, créer des nouveaux styles pour l’impression des références Import Filters : créer ou éditer et modifier des filtres d’importation pour les bases de données externes (PubMed, etc…) Connection Files : créer ou éditer et modifier des fichiers de connections à des bases distantes PVN – 2008

25 Menus : Edit (3) : Preferences
Paramétrages divers des bases de données, des références, des options de tri, des champs à l’affichage, etc … PVN – 2008

26 Menus : References Gestion des références :
Saisir, modifier effacer des références Rechercher des références Se déplacer dans la base de données Visualiser les références Trier les références Modifier des champs dans les références Trouver les doublons Créer, ouvrir un lien vers un fichier, une page Web, etc… PVN – 2008

27 Menus : Tools (1) (fonctions avancées)
« CWYW » : insérer des références dans un texte Word et générer la liste bibliographique Connect : se connecter à une base distante Subject bibliography : créer des listes de références « thématiques » RTF Document Scan : mettre en forme des fichiers au format RTF pour créer des bibliographies avec n’importe quel traitement de texte Manuscript Templates : utiliser des « modèles » Word selon les consignes des revues PVN – 2008

28 Menus : Tools (2) (fonctions avancées)
Term Lists : gestion de listes de termes : auteurs, mots-clés, journaux Show Toolbar : visualisation de barres d’outils Show Preview/Hide Preview : visualiser à l’écran les références sélectionnées selon le style prédéfini Recover Library : réparer une base endommagée QuickFind Index : index pour rendre les recherches plus rapides PVN – 2008

29 Barre d’outils Menu : Tools > Show Toolbar puis cocher les barres à afficher : Main et Text Style Saisir une nouvelle référence Style pour impression des références Trier les références Ouvrir un lien Se connecter à une base distante Choix du style : menu déroulant Créer Ouvrir une base Imprimer Rechercher dans la base : Search References Import Export de références PVN – 2008

30 Prise en main de EndNote

31 Travaux dirigés 1 Ouverture de la base de donnée Exemple : dans le répertoire : C:/Mes Documents/PVN/ Se familiariser avec les différentes options de gestion des références Se déplacer dans les références Sélectionner une ou des références Visualiser le contenu total d’une références Option Show preview/Hide preview et changement du « style » de visualisation des références Changer la configuration de l’affichage : afficher le type de document (Reference Type) dans la fenêtre principale PVN – 2008

32 Gérer les références

33 Ouvrir une base de données existante
Fenêtre ou Fenêtre 2 Choisir ou aller chercher (option Browse) la base souhaitée dans le bon répertoire Exemples de bases PVN – 2008

34 Fenêtre principale (1) Affichage par défaut : 1er auteur Année Titre de la référence Nombre de références dans la base PVN – 2008

35 Fenêtre principale (2) Déplacement à travers les références
Clic souris sur une référence ou flèches Sélection de lots de références : De façon aléatoire : Ctrl + clic souris Pour tout sélectionner : Edit > Select All Modification du tri possible par simple clic sur les en-têtes de colonnes PVN – 2008

36 Visualiser les références « Show Preview » vs « Hide Preview »
Cliquer sur Show Preview en bas de la fenêtre principale : visualisation d’une référence sélectionnée dans le style prédéfini (cf style affiché dans la barre d’outils) Visualisation de la référence PVN – 2008

37 Visualiser et éditer une référence
« Double-clic » sur la référence Le type de référence Les différents « champs » de la référence PVN – 2008

38 Gérer les bases de données
File > Open : ouvrir la base souhaitée File > New : créer une nouvelle base de données et lui donner un nom : l’enregistrer dans le répertoire de son choix File > Close Library : fermer la base Supprimer une base : hors EndNote avec le gestionnaire de fichiers PVN – 2008

39 Configurer les bases de données
Edit > Preferences Libraries : pour désigner une base à ouvrir par défaut au lancement d’EndNote Display Fonts : paramétrage police et taille des caractères à l’écran Display Fields : paramétrage fenêtre principale : champs affichés PVN – 2008

40 Configurer les bases de données Champs affichés
Edit > Preferences > Display Fields Choix des champs à afficher dans les colonnes à l’écran PVN – 2008

41 Trier les références Tri : par défaut : ordre alphabétique d’auteur
changer en cliquant sur l’intitulé du champ à trier sur la fenêtre principale ou icône barre d’outils ou Menu References > Sort References PVN – 2008

42 Supprimer des références ou dédoublonner
Suppression de références : Sélection des références (en les mettant en surbrillance) puis Edit > Clear ou References > Delete ou touche Suppr Rechercher et éliminer des doublons : détecte les références ayant en commun le contenu des champs : Author, Year, Title et Reference Type : Find > Duplicates Affichage des doublons par paire Elimination manuelle (ou Show selected + Delete : mais attention !) PVN – 2008

43 Gérer les fichiers en liens
Liens possibles vers : Une adresse de site Web (URL) Un article en texte intégral sur un site Web ou enregistré en .pdf sur l’ordinateur Un fichier quelconque sur l’ordinateur : .pdf, .doc, .gif, etc … : fonction « GED » de documents Insertion de liens dans les références : Reference > Link to Activation du lien et ouverture du fichier : Reference > Open Link ou utilisation de l’icône de la barre d’outils PVN – 2008

44 Visualisation d’une référence avec un « lien »
Menu : References > Open Link ou Icône Open Link : l’icône est « disponible » s’il existe un lien PVN – 2008

45 Rechercher dans une base EndNote

46 Rechercher dans une base EndNote (1)
Menu : References > Search References Opérateurs booléens Champs interrogeables Zone de recherche : 2 par défaut Pour sauvegarder une équation de recherche : Save Search Load Search la recharge Pour ajouter, insérer, effacer des étapes de recherche Lancement de la recherche PVN – 2008

47 Rechercher dans une base EndNote (2)
Options : Match case : différencie les lettres majuscules des lettres minuscules Match words : permet de vérifier l’exactitude du mot au caractère près : lors d’une recherche sans cette option, il recherche les mots contenant les caractères saisis : la troncature est effectuée par défaut à gauche et à droite PVN – 2008

48 Imprimer des références

49 Imprimer des références
Impression directe de lots de références sélectionnées selon un « style » bibliographique défini : possible de 2 façons : Choix du « style » bibliographique dans la barre d’outil, puis File > Print Edit > Copy Formatted, dans Word « Coller » les références copiées, puis impression PVN – 2008

50 Alimenter une base EndNote par import automatique

51 Travaux pratiques 2 Créer une base de donnée « mabase.enl »dans le répertoire : C:/Mes Documents/ Alimenter cette base par différents imports automatiques via les bases de données sur le Web, les plateformes éditoriales (type ScienceDirect) et via les périodiques électroniques Alimentation manuelle de la base par saisie manuelle de quelques références PVN – 2008

52 « Alimenter » une base de données (1)
Import de références par transfert de fichier à partir d’une base de données « externe » : Se connecter sur la base (exemple : PubMed) Faire sa recherche Importer les résultats de la recherche via un fichier intermédiaire en utilisant un filtre d’importation approprié Visualiser les références importées pour vérification PVN – 2008

53 « Alimenter » une base de données (2)
Import direct de références en interrogeant une base de données bibliographiques distante directement depuis EndNote avec la fonction « Connect » et grâce aux fichiers de connexion appropriés. Exemple : Connect sur PubMed Import direct depuis les périodiques électroniques Exemples à partir des périodiques de ScienceDirect ou d’autres éditeurs PVN – 2008

54 1 - Import automatique par transfert de fichier

55 Importer des références à partir d’une base externe
Démarche : Faire la recherche dans la base Sauvegarder les références dans un format lisible par EndNote : format .txt Importer les références dans la base EndNote avec un filtre d’import : le filtre d’import permet de placer les différentes informations contenues dans les références de départ dans les champs appropriés de la base EndNote PVN – 2008

56 Exemple : importer un fichier de PubMed dans EndNote (1)
Faire la recherche dans PubMed Visualiser les références sélectionnées au format MEDLINE : Display : MEDLINE, puis Send to File (pubmed-result .txt) Format MEDLINE : nom de champ - contenu PVN – 2008

57 Exemple : importer un fichier de PubMed dans EndNote (2)
File > Import Choisir le fichier à importer (fichier enregistré) Dans Import Option, choisir le filtre d’import : PubMed (NLM) Duplicates : pour éliminer éventuellement les doublons PVN – 2008

58 Filtres d’import 386 filtres sont fournis avec EndNote 7
Filtres d’Import par défaut Other filters … Si le filtre n’existe pas, on peut le faire … PVN – 2008

59 Choix du filtre d’Import
Le filtre d’import à utiliser dépend à la fois de la base d’origine et du serveur de la base d’origine : Medline via PubMed Medline via d’autres interfaces (ex : SilverPlatter) Web of Sciences via Interface de l’ISI les bases de Bibliosciences via l’INIST etc … PVN – 2008

60 Attention : Import de PubMed
Attention : en 2004 modification de la structure de la base Medline via PubMed : import à l’aide du filtre d’import pré-enregistré dans EndNote 7 perturbé Il faut aller chercher le nouveau filtre d’import directement sur le site de EndNote : Le filtre est à enregistrer dans le répertoire /Filters PVN – 2008

61 Exemple de référence importée à partir de PubMed
Keywords de PubMed Lien direct vers le résumé dans PubMed ou mettre le lien sur l’article directement PVN – 2008

62 Importer des références à partir du WoK
Export direct de références vers EndNote marquer les références (via la Marked List ou non), paramétrer le format (sélection des champs à exporter) cliquer sur Export to Reference Software Enregistrement des références dans un fichier et import dans EndNote avec un filtre. Enregistrer les références : Save to File, et format = Field Tagged Importer ce fichier dans EndNote avec le filtre ISI-CE PVN – 2008

63 Importer des références à partir d’Agricola
PVN – 2008

64 Importer des références à partir de Google Scholar
PVN – 2008

65 Affichage des références
Attention !!! Suite à un import, EndNote n’affiche que les dernières références importées Pas d’affolement : faire References > Show All References Toutes les références de la base sont de nouveau affichées Afficher uniquement les références importées permet de les vérifier une à une et éventuellement de les corriger avant leur intégration dans la base de données EndNote PVN – 2008

66 2 - Import automatique par connexion directe sur la base externe

67 Imports automatiques par connexion directe sur une base externe
Connexion directe possible sur les bases de données en libre accès : PubMed Bases de données de bibliothèques américaines ou canadiennes : ex : Library of Congress, Université de Montréal, Université Libre de Bruxelles ou Connexions sur des bases spécifiques, pour lesquelles l’utilisateur dispose des droits d’accès, grâce à des fichiers de connexion : « Connection files » PVN – 2008

68 Connexion directe sur PubMed (1)
Tools > Connect > PubMed PVN – 2008

69 Connexion directe sur PubMed (2)
Ou Tools > Connect > Nouvel écran Choix de la base sur laquelle on va se connecter à distance Choix de PubMed PVN – 2008

70 Connexion et recherche directe dans une base externe (1)
Ecran de recherche : différentes étapes de recherche On est dans PubMed Attention ! Le « parenthésage » dans les recherches est réalisé dans l’ordre de saisie Choix des champs à interroger Opérateurs booléens Lancement de la recherche Ajout possible de nouveaux champs PVN – 2008

71 Connexion et recherche directe dans une base externe (2)
Avantages : Évite à l’utilisateur l’apprentissage de différentes interfaces d’interrogation Facilite le téléchargement, qui est direct Inconvénients : Limite la recherche aux seules fonctionnalités de l’interface de EndNote Ne permet pas d’utiliser les « outils » disponibles dans la base d’origine (thesaurus MeSH de Medline/PubMed par exemple) PVN – 2008

72 Connexion et recherche directe dans une base externe (3)
Les références trouvées apparaissent : on peut alors les copier dans le fichier approprié toutes ou celles sélectionnées (mises en surbrillance) PVN – 2008

73 3 - Imports automatiques à partir des périodiques électroniques

74 Imports à partir des périodiques électroniques
A partir de plateformes éditoriales, exemple Sciencedirect : ouverture automatique de EndNote et import direct en choisissant l’option « Export citations » après avoir sélectionné des références Imports directs possibles à partir de nombreux périodiques électroniques PVN – 2008

75 A partir de Science Direct
Sélection de références « Export Citations » 3) Ecran « export » 4) Choisir Export avec ou sans Abstract 5) Export final PVN – 2008

76 Imports à partir de périodiques électroniques (1)
Exemples des périodiques de chez « Blackwell » Option : Download to reference manager PVN – 2008

77 Imports à partir de périodiques électroniques (2)
1 - Affichage de l’article 2 - Download references 3 - Choix d’options PVN – 2008

78 Imports à partir de périodiques électroniques (3)
Download to Citation Manager PVN – 2008

79 Imports à partir de périodiques électroniques (4)
Download to Citation Manager PVN – 2008

80 Enregistrer manuellement des références

81 Travaux pratiques 3 Saisie manuelle de quelques références :
articles de périodiques ouvrages chapitres d’ouvrages Attention ! cette saisie permettra de vérifier par la suite si tout est bien enregistré pour l’édition de listes de références dans un article PVN – 2008

82 Rappel sur les références bibliographiques dans les textes scientifiques

83 Saisir une référence 1 - Choisir le type de référence à enregistrer
Menu : References New ou icône de la barre d’outils 1 - Choisir le type de référence à enregistrer 2 – Remplir les champs PVN – 2008

84 Les différents types de références (1)
Liste des types de références possibles : 26 prédéfinis + 3 libres Les champs qui s’affichent correspondent au type choisi PVN – 2008

85 Les différents types de références (2)
On peut personnaliser et modifier les « Reference Types » : Edit > Preferences > Reference Types > Modify Attention : avec EndNote 7 cela s’appliquera ensuite à toutes les bases EndNote !!! A partir de EndNote 8 : c’est lié à la base PVN – 2008

86 Modifier les « Reference Types »
Edit > Preferences > Reference Types Type de référence qui s’affiche par défaut Modifier les champs de chaque type de référence PVN – 2008

87 Enregistrer des références Règles d’écriture
Auteurs : un auteur par ligne utiliser la forme : Nom, Prénom (ou Initiale avec un .) Année : format à 4 chiffres Titre : pas de ponctuation finale Journal : en entier Mots-clés : les séparer par une barre oblique (\), un point-virgule, ou retour chariot PVN – 2008

88 Enregistrer des références (suite)
Tous les champs bibliographiques ne sont pas forcément utilisés : en saisie manuelle n’enregistrer que les champs dont on a besoin pour l’édition ou pour la gestion de ses documents (cf diapos suivantes) On peut utiliser des « listes » de termes pré-enregistrés pour une saisie plus rapide (auteurs, noms de journaux, mots-clés) PVN – 2008

89 Enregistrer un article de périodique
Format Journal Article : pour les articles de périodiques Champs à remplir obligatoirement : Author Year Title Journal Volume Pages Eventuellement : Issue Facultatifs : Issue Keywords Abstract Notes URL Author Address etc… PVN – 2008

90 Enregistrer un ouvrage
Format Book : pour un ouvrage dans son ensemble Champs obligatoires : Author Year Title Publisher (Editeur commercial) City (Ville ou Pays d’édition) Number of Pages Eventuellement : Series Editor et Series Title, Volume, Edition PVN – 2008

91 Enregistrer un chapitre d’ouvrage
Format Book section : chapitre d’ouvrage Champs obligatoires : Author (Auteurs du chapitre) Year Title Editor (Editeurs scientifiques de l’ouvrage) Book title City Publisher (Editeur commercial) Pages Eventuellement : Volume, Series Editor, Edition PVN – 2008

92 Enregistrer une communication à un Congrès
Format Conference Proceedings Champs obligatoires : Author Year of Conference (date de publication du Proceeding) Title Conference Name Conference Location Date (date exacte du congrès) Pages Selon les cas : Editor, Publisher, si publication dans un ouvrage Series Title, Volume, si publication dans un périodique PVN – 2008

93 Enregistrer une thèse Format Thesis Champs obligatoires : Author Year
Title City (Ville de soutenance) University (Nom de l’université) Thesis Type (type de thèse) PVN – 2008

94 Enregistrer des Figures
New Reference Choisir le format « Figure » Entrer les caractéristiques de la figure (nom de l’auteur, titre, type de fichier image) Insérer la figure dans le champ « Image » Titre de la figure qui apparaîtra en légende dans le champ « Caption » PVN – 2008

95 Utilisation de « listes de termes »
Pourquoi ? Pour faciliter la saisie des noms d’auteurs, des noms des journaux, des mots-clés A la création d’une base, elles sont vides : elles se constituent automatiquement à partir des références déjà dans la base Si le terme existe dans la liste il commence à s’écrire automatiquement en saisie manuelle … Alternative : au moment de la saisie d’une référence : Tools > Open Term List Choisir la liste appropriée : auteurs, journaux, mots-clés PVN – 2008

96 Choix d’un terme dans une liste
Positionnement du curseur dans le champ souhaité Exemple : ouverture de la liste Authors et choix du nom dans la liste puis Insert Term Le terme sélectionné va s’inscrire à l’endroit voulu après validation PVN – 2008

97 Enregistrer des références (fin)
Pour valider une saisie, fermer la fenêtre : sauvegarde automatique Edition d’une références (pour la vérifier ou la corriger) : Double-clic sur la référence Déplacer le curseur pour corriger la référence PVN – 2008

98 « Cite while you write »

99 « Cite While You Write » « CWYW » pour :
Citer des références à l’intérieur d’un texte Word pendant que vous écrivez Réaliser la liste des références bibliographiques correspondantes selon un style défini (cf. les consignes aux auteurs des périodiques scientifiques) PVN – 2008

100 Travaux pratiques 4 Ecrire un texte dans Word (cf. texte albatros) et faire quelques citations à partir des références enregistrées Formater la bibliographie Tester des styles différents Dans EndNote, enregistrer une référence avec une image Insérer l’image dans le texte Word PVN – 2008

101 Outils de Word pour le CWYW
Dans Word, les « outils » du CWYW sont dans le menu « Outils » si EndNote est installé PVN – 2008

102 Insérer des références dans Word
Dans EndNote : sélectionner la références à insérer en les mettant en surbrillance, puis dans Word : Outils > Insert Selected Citation On peut aussi rechercher directement une référence à insérer dans Word : Outils > Find Citation(s) PVN – 2008

103 Recherche de la référence
Choix proposé mettre en surbrillance la référence voulue Insertion de la référence choisie PVN – 2008

104 Visualisation dans Word
Références insérées « non formatées » Le formatage peut être automatique selon options choisies PVN – 2008

105 Formater la bibliographie
Si option « formatage direct » non activée, la bibliographie citée sera ensuite formatée dans Word avec le style choisi : dans Word : Menu : Outils > Format Bibliography puis Choix du style Si le style souhaité ne s’affiche pas, faire Browse PVN – 2008

106 Bibliographie formatée dans Word (1)
Style PNAS : citation par numéros PVN – 2008

107 Bibliographie formatée dans Word (2)
Style « auteur-date » PVN – 2008

108 Formatage automatique
La bibliographie peut être générée automatiquement au fur et à mesure que des références sont insérées dans le texte. On peut désactiver cette fonction : dans Word : Outils > EndNote 7 > Format Bibliography > Instant formatting Cliquer sur Disable On peut se créer un format de bibliographie personnalisé : type de police, taille, etc … Outils > EndNote 7 > Format bibliography > Layout PVN – 2008

109 Option Edit Citation Pour ajouter ou soustraire du texte à l’intérieur d’une citation : positionner le curseur à l’intérieur de la référence (elle apparaît en grisé) Outils > Edit Citation on peut exclure l’auteur ou l’année on peut ajouter du texte PVN – 2008

110 Autres options Insert Note : insertion de notes
Edit Library Reference : après sélection d’une citation, affichage de la référence dans EndNote Unformat citations : retour à l’étape de citation initiale Remove Fields Codes : retrait des codes CWYW associés PVN – 2008

111 Insertion d’images (1) Il est possible d’introduire dans les références (Reference Type Figure) des fichiers images : References > Insert Picture et leurs légendes qui est dans le champ : Caption PVN – 2008

112 Insertion d’images (2) L’insertion d’images dans Word se fait par :
Outils > Find Figure : la recherche se fait sur le titre ou les mots de la légende dans Caption Résultat de l’insertion : la légende de la figure est le contenu du champ Caption PVN – 2008

113 « Traveling Library » On peut (il est préférable …) associer une « library » à un texte Word quand : on travaille à plusieurs sur un même texte avec des bases de données différentes on travaille avec plusieurs bases de données en même temps dans des répertoires différents La « traveling Library » permet de garder en correspondance le texte Word et les références citées (notion de « chemin ») Dans les outils EndNote de Word : Option « Export Traveling Library » PVN – 2008

114 La notion de « style » bibliographique

115 Qu’est-ce-qu’un style ?
Animal Behaviour : Porter, R. H., Levy, F., Poindron, P., Litterio, M., Schaal, B. & Beyer, C Individual olfactory signatures as major determinants of early maternal discrimination in sheep. Dev Psychobiol, 24, Biology of Reproduction 1.Porter RH, Levy F, Poindron P, Litterio M, Schaal B, Beyer C. Individual olfactory signatures as major determinants of early maternal discrimination in sheep. Dev Psychobiol 1991; 24: PNAS : 1.Porter, R. H., Levy, F., Poindron, P., Litterio, M., Schaal, B. & Beyer, C. (1991) Dev Psychobiol 24, PVN – 2008

116 Les styles EndNote (1) Plus de 1000 styles disponibles dans la v7
Le « style » ou « Output style » détermine : L’impression de lots de références selon des normes définies Le formatage de la bibliographie dans les articles : citation à l’intérieur du texte, réalisation de la liste bibliographique Le format d’export pour des lots de références : Choix des références Edit > Copy Formatted Copier / coller dans un document : Word, Excel, etc… PVN – 2008

117 Les styles EndNote (2) Un style ne formate que ce qui a été saisi
Si un champ est vide, il n’apparaîtra pas dans la bibliographie S’il est mal saisi ou à mauvais escient (selon le type de document), des anomalies surviendront Si un style existe déjà, il est prudent de vérifier s’il est correct avec le Style Manager Examiner systématiquement toutes les options proposées PVN – 2008

118 Utilisation des styles
Formatage de la bibliographie dans les articles : citation à l’intérieur du texte, réalisation de la liste bibliographique Réalisation d’une liste de références bibliographiques « à la carte » en respectant des normes pré-définies PVN – 2008

119 Imprimer des références selon un « style »
Sélectionner des références : les mettre en surbrillance puis : Edit > Output Style, pour sélectionner le style (par défaut ou dans le Style Manager) puis : File > Print ou Edit > Copy formatted (copie dans presse-papier) puis coller dans Word PVN – 2008

120 Le Style Manager Edit > Output Style puis Open Style Manager Styles classés par ordre alphabétique des noms de journaux ou par Catégorie des journaux Visualisation et modification d’un style Choix d’affichage des styles PVN – 2008

121 Visualiser et modifier un style
Edit > Output Styles > Open Style Manager Choisir le style puis bouton Edit Options communes Style des Citations dans le texte Style de la liste des références PVN – 2008

122 Options du Style Options communes : Options spécifiques :
About this style : infos sur le style Anonymous Works : paramétrage des travaux anonymes Page Numbers : écriture de la pagination Journal Names : choix de la forme des titres des journaux : en entier ou sous forme abrégée Options spécifiques : aux Citations dans le texte à la Liste des références aux Notes de bas de page aux Tableaux et figures PVN – 2008

123 Rappel sur les règles de citations dans les textes scientifiques
Rappel sur les citations à l’intérieur d’un texte scientifique

124 Style des Citations dans le texte (1)
Déterminer le type de citation : (Nom, Date) ou par numéro : lister les « champs » qui doivent apparaître ou Templates Si (Nom, Date) formatage de la liste des « auteurs » : Quel séparateur entre 2 auteurs (& ou and) ? Que veut-on voir afficher si plus de 3 auteurs ? (et al.) Formatage des noms des auteurs : uniquement le nom (pas les initiales de prénom) PVN – 2008

125 Style des Citations dans le texte (2)
Style (Nom, Date) : Insert Field : Author puis la virgule , puis Insert Field : Year Style avec numéros : Insert Fields : Bibliography Number PVN – 2008

126 Formater la liste des auteurs cités
Si 1 auteur, si 2 auteurs, si 3 ou plus etc … Paramétrage du séparateur entre les auteurs Paramétrage de la liste des auteurs : abréviation de la liste avec et al. pour plus de 3 auteurs PVN – 2008

127 Paramétrer les noms des auteurs cités
Author Name : dans les citations style (Nom, Date), on ne veut que le nom dans le texte, pas les initiales de prénoms : choix à partir d’exemples Paramétrage des Nom Prénom pour le 1er auteur et pour les suivants Mise en majuscules ou pas PVN – 2008

128 Style de la liste : « Bibliography » (1)
Chaque type de document ayant ses caractéristiques, il faut créer un style pour tous les types de références existants dans la base de données : Journal Article, Book, Book section, etc … Insérer les champs devant s’afficher (Insert field) et insérer la ponctuation Paramétrer la sortie des noms des auteurs, des éditeurs pour les ouvrages, etc … ainsi que : Séparateurs entre les auteurs : , ou ; Abréviation éventuelle de la liste des auteurs avec et al. si plus de x auteurs Ordre des noms, initiales de prénom, etc… PVN – 2008

129 Style de la liste : « Bibliography » (2)
Pour chaque type de document (Reference type), on sélectionne les champs à afficher, les séparateurs, etc … PVN – 2008

130 Style de la liste : « Bibliography » (3)
Pour rajouter un type de document, le choisir dans Reference Types, puis insérer les champs à afficher avec Insert Fields, ainsi que les espaces et la ponctuation souhaitée PVN – 2008

131 Style « Generic » Le style « Generic » permet de formater n’importe quel type de référence qui n’aurait pas été spécifiquement défini dans le style Chaque style doit contenir un style « Generic » : il sera utilisé par défaut chaque fois qu’un type de référence n’aura pas de style défini PVN – 2008

132 Style de la liste : « Bibliography » Les 4 règles de base (1)
Dépendance : tout texte ou ponctuation qui n’est pas séparé du nom d’un champ par un espace est dépendant de ce champ : il en fait partie Le texte ou la ponctuation adjacent à un champ apparaît donc dans la bibliographie seulement si le champ adjacent contient une donnée Exemple : Volume (Issue) Les parenthèses autour du champ Issue font partie de ce champ et n’apparaissent que s’il y a effectivement une donnée dans le champ Issue PVN – 2008

133 Style de la liste : « Bibliography » Les 4 règles de base (2)
Prépondérance du champ précédent : lorsqu’un signe de ponctuation est situé entre 2 noms de champs sans espace, la ponctuation dépend du champ précédent : le second champ est lié au premier : si le premier champ est vide, le deuxième n’apparaîtra pas Exemple : Volume:Issue Pages Si les 2 champs sont présents, on aura à l’édition : 69: Si le champ Issue est absent : 69: Si le champ Volume est absent, mais qu’il y a un champ Issue, le champ Issue n’apparaît pas : PVN – 2008

134 Style de la liste : « Bibliography » Les 4 règles de base (3 et 4)
Espace et champ : le 1er espace après un champ dépend toujours de ce champ : les autres espaces sont ensuite indépendants Texte indépendant : tout texte ou toute ponctuation non lié à un champ apparaît toujours dans la bibliographie Exemple : Year Publisher Publ. Si le champ Publisher est présent : Masson Publ. Si le champ Publisher est absent : Publ. PVN – 2008

135 Style : Caractères spéciaux
Pour pallier aux problèmes liés aux règles précédentes, on utilise des caractères spéciaux : Link Adjacent Text : espace insécable représenté par un petit losange :  le texte ou la ponctuation sont liés au champ qui le suit ou qui le précède Ex : Editioned. : ed. est lié à la présence du champ Edition Séparation forcée : barre verticale | : si on souhaite que le texte ou la ponctuation ne dépende pas du champ précédant ou suivant Ex : Volume|.Issue| (Year) donnera : 5 (2004) si l’Issue est absente PVN – 2008

136 Style : Caractères spéciaux (suite)
Versions Singulier/Pluriel : ^ Permet d’utiliser les versions singulier ou pluriel Exemple : Editor  (ed)^(eds) pour avoir ed si un seul nom d’éditeur, eds si plusieurs Autre exemple avec les pages: p.^pp Exemple d’un style de chapitre d’ouvrage : Author. Title|.In:Editor(ed)^(eds)|,Book Title|,Edition `edition`|.City|:Publisher| , Year|; Pages|. PVN – 2008

137 Paramétrage des auteurs : liste des auteurs
Ecran identique à celui du paramétrage pour les citations Paramétrage du séparateur entre les auteurs Paramétrage de la liste des auteurs PVN – 2008

138 Paramétrage des auteurs : nom des auteurs
Même écran pour les citations et la liste bibliographique Paramétrage des Nom Prénom pour le 1er auteur et pour les suivants Mise en majuscules ou pas Paramétrage des initiales de prénoms avec ponctuation ou non PVN – 2008

139 Paramétrage des noms des éditeurs
Paramétrage nécessaire des noms des éditeurs pour les références de chapitres d’ouvrages Liste des Editeurs Nom des Editeurs PVN – 2008

140 Paramétrages divers supplémentaires
Bibliography > Layout : paramétrage spécifique pour chaque paragraphe « référence » : avec éventuellement un numéro précédant la référence, après chaque référence (espace entre les paragraphes, etc …), retraits divers Bibliography > Sort Order : tri de la liste Bibliography > Title capitalization : titres en lettres majuscules ou non PVN – 2008

141 Paramétrage des titres des périodiques
Les titres de périodiques doivent pouvoir être retranscrits de différentes façons : en entier ou sous forme abrégée Pour les sorties correctes des listes de références bibliographiques, il faut avoir des listes différentes : liste des titres en entier, sous forme abrégée, avec ponctuation ou sans … A voir plus loin : Gestion de la liste des périodiques PVN – 2008

142 Récapitulatif « Créer un style » pour une revue
Edit > Output Styles > New Style Regarder toutes les options proposées 1. Formater les noms de revues 2. Citations dans le texte 3. Style de la liste PVN – 2008

143 Modifier un style Il est plus facile de modifier un style que d’en créer un entièrement ! Le plus simple est de regarder s’il n’existe pas déjà un style proche du style souhaité, et de le modifier … Aller sur le site d’EndNote dans la rubrique « Technical Support & Services » puis dans « Output Styles » PVN – 2008

144 Aide à la publication : utilisation de modèles

145 Utiliser les « Templates »
EndNote propose des modèles éditoriaux « Manuscript Templates » (Menu Tools) qui sont des modèles Word pour aider à écrire un article selon les normes des revues L’ouverture d’un Templates ouvre Word et guide l’utilisateur pour saisir les différentes parties de l’article selon les consignes précises de la revue : suivre le « EN Manuscript Wizard » 171 modèles sont disponibles PVN – 2008

146 Les listes de termes Gestion de la liste des journaux

147 Les Term Lists 3 listes prédéfinies : Authors, Journals, Keywords
31 listes possibles pour une base Ajout possible de termes dans une liste Import et export de listes possibles (fichiers .txt) Création d’une liste Lien d’une liste avec un champ PVN – 2008

148 Accéder à une Term List Ouvrir une liste :
Tools > Open Term List > New Term Mettre à jour une liste : Tools > Open Term List > Lists > Update List Editer, ajouter, retirer des termes dans une liste : Sélection de la liste Edit Term Delete Term New Term PVN – 2008

149 Cas particulier de la liste des périodiques
Dans le champ « Journal », les titres de périodiques peuvent être enregistrés de différentes façons : en entier ou sous forme abrégée Pour les sorties correctes des listes de références bibliographiques, il faut pouvoir tantôt utiliser une liste, tantôt utiliser l’autre Il est indispensable que dans le champ « Journal » le titre soit toujours enregistré de la même façon Attention aux imports automatiques pour le champ « Journal » : toujours faire des vérifications avant une édition et au besoin, corriger PVN – 2008

150 Gestion de la liste des périodiques (1)
Dans la « Term list » des périodiques on pourra avoir le titre en entier et le titre sous forme abrégée avec plusieurs possibilités Avantage : pouvoir utiliser les abréviations quand c’est nécessaire dans le style bibliographique choisi à l’édition PVN – 2008

151 Gestion de la liste des périodiques (2)
Il existe des listes de périodiques téléchargeables à l’adresse : liste du domaine biomédical liste du domaine de la Biologie avec les abrégés de Biosis liste du domaine de la Chimie Liste de périodiques en Sciences humaines PVN – 2008

152 Import d’une liste de périodiques (1)
Avant un import, il est recommandé d’effacer tous les termes existants déjà dans la liste Pour effacer les termes de la Journals term list : Tools > Open Term Lists > Journals Cliquer dans la fenêtre Ctrl+A pour sélectionner tous les termes Puis Delete Term pour effacer tous les termes Fermer la boîte de dialogue PVN – 2008

153 Import d’une liste de périodiques (2)
Télécharger la « Medical journals term list » sur le site de l’University of Queensland Library Sauvegarder la liste : Save As en fichier texte (*.txt). PVN – 2008

154 Import d’une liste de périodiques (3)
Importer la liste : Tools > Define Term Lists > Journals > Import List Sélectionner le fichier texte et Ouvrir PVN – 2008

155 Visualisation de la liste des périodiques
Titre en entier Abréviation avec ponctuation Abréviation sans ponctuation PVN – 2008

156 Edit > Preferences > Term Lists
Mise à jour des listes Attention : quand on importe des références, les « Term lists », dont la liste des journaux, se mettent à jour automatiquement : pour avoir une liste correcte, il est préférable de désactiver cette fonction au moment de l’import et de faire les mises à jours au cas par cas Edit > Preferences > Term Lists Décocher les options : « Update lists when importing or pasting references » « Update lists during data entry » PVN – 2008

157 Choix des listes de journaux pour les styles
Dans Journal Names, cocher la liste adéquate PVN – 2008

158 Travaux pratiques 5 Modifier un style
Mettre à jour la « Term List » des périodiques : aller chercher une liste sur le Web, l’enregistrer, l’importer dans EndNote PVN – 2008

159 Bibliographies thématiques

160 Bibliographies thématiques (1)
Sélection de références à inclure dans une bibliographie thématique Tools > Subject Bibliography Sélectionner les champs dont les contenus seront les en-têtes des listes PVN – 2008

161 Bibliographies thématiques (2)
1 - Sélectionner les valeurs à utiliser comme en-têtes 2 - Paramétrer la bibliographie avec Layout et imprimer PVN – 2008

162 Connexion à des bases distantes

163 Connexion à des bases de données distantes spécifiques (1)
Pour interroger une base à distance, il faut en être autorisé (abonné) et connaître l’ensemble des paramètres de connexion Certaines connexions à des bases en libre accès sont intégrées : PubMed, bases de bibliothèques nord-américaines L'interrogation de bases de données autres peut être ainsi possible PVN – 2008

164 Connexion à des bases de données distantes spécifiques (2)
Pour entrer les paramètres de connexion : Edit > Connection Files puis Open Connection Manager et entrer les paramètres pour la connexion à la base Exemple du Connection File de PubMed PVN – 2008

165 Connexion directe aux bases de Bibliosciences
Demander les fichier de connexion à l’INIST Les enregistrer dans le répertoire /EndNote/Connexion/ Quand on se connectera, une fenêtre demandera le login/mot de passe On peut les enregistrer une fois pour toutes dans le fichier de connexion : UserID Password PVN – 2008

166 Filtres d’import

167 Filtres d’import Pour réaliser correctement un import, 2 choses à connaître : Format de sauvegarde du fichier dans la base d’origine : à choisir avec les noms des champs et de préférence un format .txt Filtre à utiliser dans EndNote qui dépend à la fois de la base d’origine et du serveur de la base d’origine : Medline via PubMed Medline via Bibliosciences (SilverPlatter) Medline via Ovid etc … PVN – 2008

168 Paramètres à connaître pour réaliser un filtre d’import
Pour importer des données de bases externes, 2 choses à connaître impérativement : Structure de la base de départ : champs disponibles, noms des champs, … Structure de la base EndNote d’arrivée : nom des champs, entrée des données dans ces champs pour respecter les contraintes d’EndNote La réalisation de filtres d’Import nécessite un travail minutieux d’analyse afin de mettre en correspondance l’ensemble des données PVN – 2008

169 Réalisation d’un filtre d’import
Edit > Import filters > New Filter ou Open Filter Manager et Edit Chaque option doit être analysée et paramétrée PVN – 2008

170 Filtre d’Import (1) Mise en relation des noms de champs de la base de départ et de la base d’arrivée PVN – 2008

171 Filtre d’Import (2) Paramétrage de l’entrée du champ Auteurs
PVN – 2008

172 EndNote Web (1) Les abonnés au Web of Knowledge peuvent utiliser gratuitement une version web de EndNote, complètement intégrée à la plateforme, qui permet aux utilisateurs : d'accéder, après enregistrement ("signed in" dans le WoK) à un espace "My EndNote Web" et à sa (ses) base(s) EndNote web (EndNote Web Library) de sauvegarder (très facilement, à partir des bases du WoK) jusqu'à références dans ces bases, accessibles à partir de n'importe quelle connexion, d'organiser ses références en "dossiers thématiques" accessibles et partageables avec d'autres utilisateurs, PVN – 2008

173 EndNote Web (2) de formater les références avec les styles disponibles, d'importer des références à partir de différentes sources, d'activer la fonctionnalité "Cite-While-You-Write" qui facilite, lors de la rédaction d'un document (avec Word ou un autre traitement de texte), l'insertion des citations dans le texte et la création de la liste bibliographique. Cette fonction nécessite, sauf à partir de la version X, l'installation d'un plugin complémentaire. Pour en savoir plus : Mémento EndNote Web – ERIST Nantes – décembre PVN – 2008

174 Adresses utiles et guides
Le site de EndNote : Site Université de Queensland (Australie) Guides, manuels et tutorials : Pages web - Documentation INRA Nantes : manuel complet v7 : Styles, filtres, listes de périodiques Fiche sur l’extension Firefox EndNote Liste de discussion : PVN – 2008

175 SAV : Patricia.Volland@tours.inra.fr