La Bioinformatique à Nancy

Présentation au sujet: "La Bioinformatique à Nancy"— Transcription de la présentation:

1 La Bioinformatique à Nancy
Alexander Bockmayr LORIA – UMR 7503 CNRS/INRIA/Universités

2 Bioinformatique au LORIA
Action transversale BIOINFO Recherche d’information: LANGUE et DIALOGUE/ECCO Extraction de connaissances: ORPAILLEUR Apprentissage statistique: CORTEX/MODBIO Algorithmes combinatoires: ADAGE Contraintes, optimisation: MODBIO Deux grands projets Génopole Strasbourg Alsace-Lorraine Contrat de Plan Etat-Région Lorraine (PRST Intelligence Logicielle)

3 Opérations dans le cadre du CPER
Partenariats entre biologistes et informaticiens 6 équipes du LORIA 5 laboratoires de biologie sur Nancy (CNRS, INRA, INSERM, UHP) Détermination des enveloppes macromoléculaires (LCM3B - MODBIO) Prédiction de structures d’ARN et d’interactions ARN/ligands (MAEM – MODBIO) Reconnaissance des introns dans les séquences transcrites (MAEM – ADAGE/CORTEX/MODBIO)

4 Identification des promoteurs chez la bactérie Streptomyces ambofaciens (INRA – ADAGE)
Interface Homme-Machine pour la recherche, la visualisation et le traitement des informations génomiques (UPRES 2402 – Langue et Dialogue/ECCO) Compréhension des réseaux d’expression de gènes bactériens (MAEM – MODBIO/ORPAILLEUR) Classification et mode d’action de signaux de régulation (INSERM - ORPAILLEUR) Interactions gène-environnement et maladies cardio-vasculaires (INSERM - ORPAILLEUR) Transfert horizontal chez les bactéries et la dynamique des génomes (INRA - ORPAILLEUR)

5 ModBio: Modèles informatiques en Biologie moléculaire
Avant-projet INRIA depuis le 1/1/2001 Alexander Bockmayr (Pr, UHP) Arnaud Courtois (Thésard, UHP) Eric Domenjoud (CR CNRS) Damien Eveillard (Thésard, UHP) Emmanuel Gothié (Postdoc UHP) Miki Hermann (CR CNRS) Nicolai Pisaruk (Postdoc UHP – LISCOS) + Stagiaires

6 Thèmes de recherche Détermination de la structure des macromolécules
Modélisation des systèmes biologiques pour comprendre la fonction

7 Domaines informatiques
Contraintes Programmation par contraintes Résolution de contraintes Optimisation discrète Déduction automatique et complexité Apprentissage statistique

8 Détermination de la structure
Enveloppes macromoléculaires (LCM3B - A. Urshumtsev; IMPB - V. Lunin) Structure des ARN (MAEM - C. Branlant, F. Leclerc) Structure secondaire des protéines (IBCP Lyon - G. Deléage ; UCI - P. Baldi)

9 Modélisation des systèmes biologiques
Domaines biologiques Réseaux de régulation des gènes Voies métaboliques Transduction des signaux Modèles mathématiques/informatiques Réseaux booléens Equations différentielles Réseaux de Petri -calcul Modèles qualitatifs Systèmes hybrides - un cadre unificateur ?

10 Hybrid concurrent constraint programming
Langage de modélisation et de simulation pour les systèmes hybrides Hybrid cc (Gupta et al., Xerox PARC/NASA) Déclaratif Compositionel Equations algébriques et différentielles Combinateurs cc (ask & tell) Programmation par contraintes pour la modélisation de systèmes biologiques (Bockmayr/Courtois 2001)

11 Perspectives Bioinformatique
Outils informatiques pour aider les biologistes Modèles informatiques pour comprendre les systèmes biologiques Synergie entre biologie et informatique comme entre physique et mathématiques ? ``Biology is so digital, and incredibly complicated, but incredibly useful Biology easily has 500 years of exciting problems to work on.'' (D.Knuth)