Application to Blot Synteny

Présentation au sujet: "Application to Blot Synteny"— Transcription de la présentation:

1 Application to Blot Synteny
Marilyne Summo Université Montpellier II Zahra Vafa Sébastien Harispe Pol Kennel Application to Blot Synteny Développement d'un visualisateur de synténies Master 1 Intégration de compétences option Bioinformatique Promotion

2 Introduction Synténie : Définie la conservation de l’ordre des gènes entre deux espèces apparentées. Alignement (orthologue, paralogue) Espèce 1 Espèce 2

3 Introduction L’existant : Logiciel d’alignement (ex : Mauve, Mummer, Pipmarker, Alfresco ,etc.) Logiciel de visualisation d’alignement

4 Présentation du projet
Sujet : créer un visualisateur de synténies. Objectifs : Données d’alignement modifiables Attribution de couleurs aux blocs Zoom jusqu’au niveau nucléotidique Multi- visualisation Définition d’un format d’entrée (XML)

5 Présentation du projet
Pré-requis : Environnement Eclipse Langage JAVA Bibliothèque graphique : SWT / JFREEGRAPH Parseur XML => JDOM

6 Présentation du projet
Organisation du travail: Centralisation des données : SVN hebergé chez Google Code Document Google Mise à disposition de tutoriaux jdom, swt, ect....

7 Conception UML : diagramme de cas d’utilisation

8 Conception Fichiers d’entrée : Format XML
DTD (Document Type Definition) pour chaque type de fichier Script PERL de création des fichiers XML

9 Conception Patron Modèle Vue Contrôleur (MVC)
Modèle : données manipulées par l’application. Vue : représentation graphique des données, interface avec l’utilisateur. Contrôleur : gestion des évènements.

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11 Résultats Démonstration ABSynt

12 Conclusion & Discussion
Optimisations futures : Optimisation de la représentation graphique. Optimisation des statistiques. Génération automatique des fichiers d’entrée XML intégrée à l’application. Création d’un exécutable

13 Conclusion & Discussion
Découverte de la phase de conception d’un projet informatique Mise en place de structures de communication cohérentes Adaptation aux besoins de l’utilisateur Elargissement des compétences en programmation JAVA Découverte de l’interfaçage graphique en JAVA Gestion d’une équipe de travail

14 Sèverine Bérard Annie Château Isabelle Mougenot Vincent Ranwez
Remerciements Sèverine Bérard Annie Château Isabelle Mougenot Vincent Ranwez