Atelier « Recherche bibliographique : fils RSS, Web of Science et outils spécialisés par discipline » PubMed Dernière mise à jour : 24/10/2012.

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1 Atelier « Recherche bibliographique : fils RSS, Web of Science et outils spécialisés par discipline » PubMed Dernière mise à jour : 24/10/2012

2 Base de données spécialisée : PubMed
PubMed et Medline Le thésaurus MeSH Recherche MeSH à partir de l’interface NLM Exploitation des résultats Recherche à partir de l’interface Cismef Recherche avancée Le compte MyNCBI Par Michael Y. Kuhn Source : Flickr

3 1. PubMed et Medline PubMed - NLM (National Library of Medecine) et NIH (National Institutes of Health) Sciences biomédicales, santé, sciences de la vie, sciences chimiques, bio ingénierie, principalement Medline + autres références (articles non encore indexés par la NLM, certaines des revues qui déposent dans PubMed Central) Plus de 22 millions de notices Remonte à 1946 Bases liées : Nucleotide, OMIM, Books, Genome Project, PubChem, etc.

4 1. PubMed et Medline Jubil > Ressources en lignes > Les bases de données

5 bouton SFX (résolveur de liens) de l’UPMC
1. PubMed-UPMC PubMed est accessible gratuitement sur Internet mais PubMed-UPMC, accessible depuis Jubil et sur vous permet d’afficher le bouton SFX (résolveur de liens) de l’UPMC

6 1. Liste de résultats PubMed-UPMC
Le mode d’affichage Abstract permet d’afficher dès la liste de résultats le bouton SFX

7 1. Principales fonctionnalités de PubMed
Interface de recherche Recherche depuis l’interface PubMed ou MeSH Autres critères de recherche : auteur, titre, périodique, résumé, etc. Opérateurs : AND, OR, NOT Filters : affiner les résultats par type de publication, tranche d’âge, humains/animaux, etc. Recherche avancée Search builder : construire une équation de recherche en combinant des champs Search history : historique des recherches Résultats Différentes options d’affichage (liste simple, notice détaillée, liens, etc.) Clipboard : sélectionner jusqu’à 500 références pour les sauvegarder, imprimer, etc. - valide 8 heures Search details : détails sur la recherche en cours

8 2. Le thésaurus MESH Par Iguanasan Source : Flickr

9 2. Le thésaurus MESH Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH MeSH pour Medical Subject Headings Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism) permet de chercher sur le sujet seulement des articles (ex: revue Cell/docteur Cell) permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier

10 2. Le thésaurus MESH 15 branches principales : anatomy, organisms, disease, chemicals and drugs, etc. Chaque branche est identifiée par une lettre : A pour anatomy, B pour organisms, C pour disease Chaque branche se subdivise en branches secondaires identifiées par la lettre de la branche principale + 1 chiffre

11 2. Exemple d’un terme dans l’arborescence du MeSH
On part du + général pour arriver au + précis

12 2. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences

13 2. En bref, recherche sujet avec/sans le MeSH
Sans utiliser le MeSH Sans MeSH : Mapping PubMed cherche automatiquement une correspondance avec le terme recherché : dans le MeSH, puis dans l’index des titres de revue, puis dans l’index des auteurs. La recherche est lancée en + dans tous les champs (résumé, auteur, etc.). En utilisant le MeSH Avec MeSH PubMed cherche uniquement dans les mots-clé MeSH attribués par les documentalistes de la NLM.

14 Comment ça marche? Par zigazou76 Source Flickr

15 3. Recherche MeSH à partir de l’interface NLM
OU

16 3. Détail d’un terme MeSH Permettent de préciser la recherche
Terme et champ d’application Permettent de préciser la recherche Qualificatifs possibles Explosion et pondération Synonymes Termes associés Hiérarchie

17 3. Détail d’un terme MeSH : les qualificatifs
Il existe + de 80 qualificatifs, utilisables pour définir certains aspects de votre sujet (ex. Aspect chimique, Aspect microbiologique, Aspect radiographique). En fonction du terme, il y a un nombre déterminé de qualificatifs attachés. Par exemple : Nucleoproteins peut être qualifié par 26 termes alors que Lung neoplasms peut l’être par + de 45 termes. Appliquer des qualificatifs à partir du MeSH syntaxe descripteur/qualificatif ex : Nucleoproteins/antagonists and inhibitors [mh] code [sh] pour utiliser un qualificatif seul et le combiner avec un ou plusieurs descripteurs (qualifiés ou non) ex : hypertension [mh] AND toxicity [sh]

18 3. Détail d’un terme MeSH : l’explosion
Par défaut, PubMed vous ramène l’ensemble des résultats inclus dans le terme que vous entrez dans la fenêtre de recherche Autrement dit, l’explosion permet d’avoir tous les résultats rattachés à toutes les branches inférieures de l’arborescence Désactiver l’explosion à partir du MeSH en utilisant le utiliser le code [mh:noexp]

19 3. Détail d’un terme MeSH : la pondération
La pondération permet de restreindre la recherche aux références dans lesquelles le terme est le sujet majeur de l’article Appliquer la pondération à partir du MeSH en utilisant le code [majr] en combinaison avec la suppression de l’explosion - utiliser le code [majr:noexp]

20 3. Recherche MeSH - interface NLM
1 2 1 Search builder : ajouter des qualificatifs, la non-explosion, combiner des termes 2 Liens directs vers les résultats dans PubMed, sans ou avec pondération

21 3. Recherche MeSH - interface NLM

22 4. Exploitation des résultats
Par DrJohnBullas Source Flickr

23 4. Changer d’affichage Par défaut : Summary = auteurs + titre + PMID + niveau d’indexation Abstract : résumé + bouton SFX

24 4. Affiner les résultats avec les filtres
Seuls les filtres pertinents (i. e. s’appliquant aux résultats de la liste) sont proposés. Les filtres sont actifs pour toutes les recherches tant qu’ils n’ont pas été supprimés Le filtre Full text available ne correspond pas aux articles disponibles par les abonnements de l’UPMC, mais aux articles pour lesquels une version en ligne existe

25 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : RSS
Créer un flux RSS sur une requête

26 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : export d’un fichier de références

27 5. Recherche à partir de l’interface CISMEF

28 5. Recherche CISMEF : pourquoi?
L’interface du CISMEF permet d’interroger la traduction française du Mesh et de lancer directement une requête dans PubMed.

29 6. Recherche avancée

30 6. Recherche avancée : Search builder
1 2 choix du critère de recherche envoi automatique vers la fenêtre de recherche 3 choix de l’opérateur booléen accès aux index Search = lancer la recherche Add to history = ajouter à l’historique de recherche, pour combiner la requête avec une autre

31 6. Recherche avancée : Search builder
Equation de recherche construite au moyen du Search builder Combiner les termes recherchés Opérateurs booléens (en majuscules) AND / OR / NOT (AND) par défaut (en majuscule !) Troncature (transpl*) + guillemets (« kidney allograft ») + parenthèses

32 6. Recherche avancée : Search history
Historique automatique, conservé 8 heures Modifier l’équation de recherche créée dans le Search builder Clic gauche : combiner, supprimer, etc. les requêtes

33 6. Recherche avancée : trouver les articles les + récents
Tous les articles référencés dans PubMed ne sont pas indexés en MeSH, notamment les articles les plus récents en cours d’indexation Pas encore paru en imprimé

34 6. Recherche avancée : trouver les articles les + récents
[TIAB] = champs titre et résumé NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[SB]) = exclut ce qui est déjà dans MedLine, donc indexé en MeSH, et les articles les + anciens, non indexés en MesH Construire une équation de recherche, en utilisant tous les synonymes (Entry terms) du terme MeSH retenu

35 7. Compte My NCBI Sauvegarder ses recherches et ses résultats de recherche Personnaliser l’interface Définir des filtres sur les résultats de recherche Par Edwård Source Flickr

36 7. Compte My NCBI : requêtes sauvegardées
Nouveaux résultats correspondant à la requête Alerte par courriel

37 7. Compte My NCBI : filtrer les résultats
LinkOut : liens à d’autres bases, au texte intégral, etc. Properties : dates, limites PubMed, etc. Links : liens vers PubMed Central et ressources NCBI, etc. Create custom filter : créer un filtre à partir d’une requête

38 7. Compte My NCBI : filtres d’accès
ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP ifrbinslib : articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm

39 7. Compte My NCBI : filtres d’accès
JUBIL : articles parus dans des revues accessibles via les abonnements de la BUPMC Revues en ligne signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC : Revues imprimées signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC : Ces filtres sont moins fiables que le bouton SFX : privilégiez ce dernier pour l’accès au texte intégral (et aux autres services qu’il propose)

40 7. Compte My NCBI : filtres Properties
Possibilité d’utiliser simultanément15 filtres maximum sur PubMed

41 7. Compte My NCBI : paramétrer l’interface
Auto-complétion Affichage des résultats de recherche

42 Interroger PubMed autrement?
LigerCat - Interrogation par recherche simple et nuage de mots MeSH