TITRE Développement d’une étude d’association du génome basée sur la diversité génétique et phénotypique du café Arabica d’Ethiopie Sous-titre:GWASCOA.

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1 TITRE Développement d’une étude d’association du génome basée sur la diversité génétique et phénotypique du café Arabica d’Ethiopie Sous-titre:GWASCOA Contexte : Les analyses de diversité des collections de Coffea arabica des prospections mondiales ont été faites principalement par des marqueurs de type RAPD ou SSR. Peu d’études ont utilisé les SNPs pour ces analyses. De plus, à ce jour, une très faible partie de cette diversité a été utilisée dans les programmes d’amélioration de C. arabica. A travers des analyses combinées de la diversité génétique et phénotypique des collections, des groupes de la diversité peuvent être définies sur la base des distances génétiques et des complémentarités phénotypiques. Les études d’association sur l’ensemble du génome (Genome Wide Association Studies) nous permettront de sélectionner des arbres intéressants, tant pour leur valeur propre que pour leur valeur comme géniteurs, pour élargir la base des travaux d’amélioration de C. arabica tout en intégrant la plasticité, la qualité et d'autres caractéristiques souhaitables dans les futurs programmes de sélection. Porteur: Thierry LEROY UMR AGAP, CIRAD, équipe Génomique et Sélection Actions prévues / réalisées : Evaluation phénotypique des collections et essais . Cartographie génétique de la collection éthiopienne (parents, F1 et F2) établie au IAPAR Mise en place d’une étude d’association génomique (GWAS) sur les caractères de vigueur des arbres et de qualité des fruits Sélection des géniteurs les plus intéressants en combinant les informations phénotypiques et génotypiques Création d’hybrides F1 entre les géniteurs d’intérêt Evaluation du développement des jeunes plants F1 en pépinière puis au champ. Séminaire final Objectifs : Le projet a pour objectif global d'explorer la diversité génétique et phénotypique de caféiers C. arabica venant d'Ethiopie et son utilisation dans la culture de café avec un focus sur l'adaptation au changement climatique et la qualité du café produit. A travers des analyses de diversité génétique, de cartographie génétique et des analyses phénotypiques, le projet se propose de jeter les bases d’une sélection assistée par marqueurs sur l’ensemble du génome de C. arabica pour sélectionner des caféiers adaptés à la sécheresse et produisant un café de bonne qualité. Résultats attendus / obtenus : Publications et communications Cartographie génétique de la collection de C. arabica et d’une population F2 Sélection (Liste) des plantes intéressantes pour leurs qualités agronomiques et de production et leur valeur en croisement + critères de sélections (base de données) Sélection (Liste) des plantes considérées comme « géniteurs idéaux » pouvant être proposées aux sélectionneurs + critères de sélection (base de données) Sélection (Liste) des plantes hybrides pouvant être proposées aux sélectionneurs et aux agriculteurs + critères de sélection (base de données) Partenaire(s) : CIRAD-AGAP (GS) CIRAD-QUALISUD - IAPAR –Brésil (Laboratoire de chimie) EMBRAPA - Brésil (café) UTFPR – Brésil (bio informatique) IRAD - Cameroun (programme café) Durée : 54 mois 01/ /2018 Financement : € This project is supported by Agropolis Fondation under the reference ID “CAPES-AGROPOLIS»