Serge Miguet 20 avril 2004 Conseil régional Rhône-Alpes

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1 Serge Miguet 20 avril 2004 Conseil régional Rhône-Alpes
Rhône-Alpes : Grille pour le Traitement d’Informations Médicales (RAGTIME) Serge Miguet 20 avril 2004 Conseil régional Rhône-Alpes

2 Plan de la présentation
Contexte du projet Bilan de la première année, perspectives pour la deuxième année Partenariat avec les mathématiques Présentation du Thésard Ragtime

3 Plan de la présentation
Contexte du projet Pourquoi : genèse de Ragtime Quoi : Objectifs du projet Qui : Partenaires académiques Avec qui / pour qui : Partenaires socio-économiques Bilan de la première année, perspectives pour la deuxième année Partenariat avec les mathématiques Présentation du Thésard Ragtime

4 Genèse de Ragtime Dans la région En France En Europe
Calculs parallèles ( ) : architectures spécialisées Santé et HPC ( ) : grappes SICOM et AdéMo ( ) : systèmes communicants, applications à la santé En France Actions Concertées Incitatives GRID (2002, 2003) Grid 5000 (2004) En Europe Projet IST Datagrid --> EGEE Conférence et association Healthgrid

5 Objectifs du projet Grilles de calculs
mutualisation de ressources informatiques rendues célèbres par Napster, le Décrypton Domaines d’applications les plus souvent ciblés Calcul scientifique Physique des hautes énergies Constat dizaines de téra-octets produits chaque année par les hôpitaux sous-exploités puis archivés sous forme traditionnelle (films) Difficulté gérer efficacement ces données respecter les droits des catégories d’ usagers Enjeux Dossier médical réparti Études épidémiologiques / statistiques à grande échelle

6 Les lots de travail du projet Ragtime

7 Partenaires académiques
LIRIS LIP IBCP CREATIS IN2P3 ID TIMC Applications X Bases de données Accès aux données Ressources de calcul Infrastructure

8 Partenaires Socio-Économiques
CHU de Grenoble Hôpital Neuro-Cardiologique Centre de Lutte contre le Cancer Léon Bérard France Télécom Praxim Sun Microsystems Nextira One

9 Plan de la présentation
Contexte du projet Bilan de la première année, perspectives pour la deuxième année Organisation pratique / administrative Premiers résultats / développements à poursuivre Actions de dissémination Liste des publications Partenariat avec les mathématiques Présentation du Thésard Ragtime

10 Organisation pratique du projet
3 réunions plénières par an 16 septembre 2003 13 février 2004 28 juin 2004 réunions de tâches, tous les 2 mois environ Site web du projet : Diffusion d’informations par mail Etablissement de la convention inter-établissements, en cours de signature par les partenaires.

11 Lot 1 : Les applications A1 : Atlas statistique
A2 : Mammographie (indexation) A3 : Modélisation du myocarde A4 : Simulation IRM A5 : Génomique

12 A1 : Atlas statistiques Extraire des formes d’organes de données scanner et construire un modèle statistique Vertèbres, crânes, dents... Identifier les organes en chirurgie assitée par ordinateur Nécessité de mutualiser les données pour des examens rares 2003 - Approche analytique : programmation des modèles « level sets » (TIMC) - Approche discrète (LIRIS) 2004 Mesures de distance entre forme 3D et statistiques associées.Tests sur une grille. 2005 Tests sur la plateforme de CAO PRAXIM.

13 A2. Mammographies Décrire les régions composant l'image (indexation)
Discriminer les régions saines des région malignes Identification de nouveaux cas Traitement de très gros volumes de données (To) FILE: B_3012_1.RIGHT_MLO.OVERLAY TOTAL_ABNORMALITIES 1 ABNORMALITY 1 LESION_TYPE MASS SHAPE IRREGULAR MARGINS SPICULATED ASSESSMENT 4 SUBTETLY 3 PATHOLOGY MALIGNANT TOTAL_OUTLINES 1 BOUNDARY

14 A3. Modélisation du myocarde
Modèle déformable biomécanique Discrétisation par éléments finis Utilisation pour la segmentation Coût de calcul élevé (inversion de matrices de grande taille) 2003 Retardé pour cause de non allocation de bourse doctorale. 2004 Etude et parallélisation de modèles existants. 2005 Segmentation d'images 3D sur la grille

15 A4. Simulation IRM Simulation de la physique de la RM
Comprendre le processus de formation de l'image et les artefacts Tester de nouvelles séquences Valider des algorithmes sur des image synthétiques réalistes Coûts de calcul très élevé 2003 Déploiement du simulateur sur une grille. Etude de l'incidence de l'architecture de grille. 2004 Portage et test sur une grappe de grande taille (IN2P3). Production d'images 3D de dimension réalistes. 2005 Ajout des artefacts de suceptibilité magnétique.

16 A5. Génomique Recherche de signatures de protéines
Alignement de séquence Identification des familles de protéines Très gros volumes de données à traiter 2003 Gridification de l'application PattInProt sur le middleware Globus 2. Déploiement de ressources, installation du middleware datagrid. 2004 Etude des performances en fonction des ressources disponibles Distribution et sécurisation des données. 2005 Optimisation de la distribution des calculs. Recommendations pour la gridification d'autres algorithmes.

17 A6. Méthode de correction du diffusé en imagerie SPECT
Coopération d'une méthode de correction du diffusée (Monte-Carlo) et d'une méthode de fusion SPECT/CT par optimisation de la consistance des données SPECT Etat d’avancement : Programmation (et évaluation) de la méthode analytique de reconstruction en tomographie exponentielle proposée par Natterer (2001) [TIMC]. Mise en place des conditions de consistance des données en tomographie exponentielle [TIMC] Développement d'un modèle de gamma-caméra dans un code de simulation de physique des particule (Monte-Carlo) [IN2P3]

18 Lot 2 :Constitution des bases de données
BD1 : Structure des BD et connexion à la grille BD2 : Visualisation, recherche, manipulation BD3 : Exploitation, entrepôts, requêtes OLAP

19 BD1 : Structure des bases de données
Structures de bases de données Données images Dossier médical associé (métadonnées) Interface utilisateur Connexion avec la grille Interface entre les serveurs hospitaliers et le gestionnaires de données de la grille 2003 Spécification des structures de données et interface application (API). Interface avec un serveur médical DICOM 2004 Portage des données sur la grille 2005 Interopérabilité et intégration

20 Lot 3 : mécanismes d’accès aux données
ADS1 : Accès efficace aux bases distantes (présentation de Yonny Cardenas) ADS 2 : Sécurisation des données et des accès

21 ADS 2 : Accès sécurisé Authentification, intégrité, non répudiation des accès et calculs sur les données médicales via la grille Problèmes critiques : Accès par un médecin depuis une machine éventuellement non sécurisée: internet ou réseau avec machines non garanties sûres Sécurité et certification des accès et résultats sur la grille

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23 ADS 2 : bilan et perspectives
Effectués: Etude des architecures sécurisées pour la grille [Rapport, soumis mars 2004] Evaluation VPN sur Grid' Sites: Grenoble, Lyon, Orsay, Nice, Nancy, Belfort Articulation accès aux données et sécurité [Creatis, ID, Liris, TimC] Algorithme de certification logicielle [Varrette-Roch, Renpar'13, oct 2003] Test probabiliste pour l'identification de falsification En cours : Déploiement sur une application test [TIMC], déployée sur une grille expérimentale [CiGrid, u-grid, ... ] Prototype avec accès par cartes à puce (enfin acquises!) Perspectives : Evaluation et Comparaison avec Vigilant [Carnegie-Mellon Univ] système distribué traitement maladies mentales Demande d'accueil sur BAC d'Axel Krings [Univ. Idaho, Vigilant] Intégration dans le cadre d'une grille Rhône-Alpes

24 Lot 4 : Middleware — gestion des ressources de calculs
MW1 - Clic et EDG-Testbed à l’échelle de la région ==> Evolution vers Grid 5000 ? MW2 - Nouveaux protocoles réseaux. Accès à délai contrôlé aux bases de données MW3 - DIET au dessus de Clic & Datagrid

25 MW 2 : Nouveaux protocoles réseaux
Modélisation des transferts de données d'une des applications. Étude des optimisations nécessaires au niveau des réseaux Application de recherche par le contenu en Imagerie médicale Étude du gain de performance obtenu par différenciation du flux IP Étude d'une extension du protocole TCP par intégration d'un algorithme de marquage adaptatif

26 MW 3 : évolutions de DIET DIET: environnement client/serveur de résolution de problèmes (sélection de ressources, ordonnancement, etc.) Stabilisation du développement et sortie de la version 1.0 en février 2004 Ajout d'un mode asynchrone (diminue le temps d'exécution global) Extension pair-à-pair (connexion dynamique de composants, etc.) Prédiction de performances (stabilisation de l'outil FAST et portage sur de nouveaux systèmes) Mise en place d'un outil de monitoring

27 Lot 5 : Infrastructure I1 : Outil de gestion et de supervision de la grille médicale à échelle régionale ==> Outil de monitoring de Diet, intégré à l’infrastructure Grid 5000 ? I2 : Dissémination et valorisation des résultats du projet. Formation des utilisateurs

28 I2 : Formation et dissémination
formation DIET le 14 janvier 2003 par le LIP formation CLIC les 7 et 8 avril 2003 par ID-IMAG formations EDG-datagrid les 13 et 14 février 2003 au CC-IN2P3 et les 11 et 12 novembre 2003 à Genève formation CZAR le 25 septembre 2003 au CC-IN2P3 mise en place de cours au niveau du collège doctoral de l'UJF et de INPG introduction au calcul réparti modélisation numérique et calcul intensif Formation permanente (université d'automne du 20 au 24 octobre 20 Healthgrid 2004 : Clermont-Ferrand, 29 et 30 janvier Quatre présentations ont été faites avec le soutien de Ragtime. participation de Ragtime (CC-IN2P3, CREATIS, IBCP, ID-IMAG, LIRIS) à la journée sur les Grilles organisée par l’ARTEB, en partenariat avec la région Rhône-Alpes le 30 mars 2004, à destination des professionnels des biotechnologies. De nombreux industriels dont certains sont membres du projet Ragtime (CS, Sun, HP, IBM) participent également à cette manifestation.

29 Intéractions entre partenaires pendant l’année 1
LIRIS LIP IBCP CREATIS IN2P3 ID TIMC Applications X Bases de données Accès aux données Ressources de calcul Infrastructure

30 Liste des publications
David Coeurjolly, Serge Miguet et Laure Tougne. 2D and 3D visibility in discrete geometry: an application to discrete geodesic paths. Pattern Recognition Letters, 25(5): , 2004. Sébastien Clippe, David Sarrut, Claude Malet, Serge Miguet, Chantal Ginestet et Christian Carrie. Patient setup error measurement using 3d intensity-based image registration techniques. International Journal of Radiation Oncology Biology Physics. 56(1): , 2003. Kinda Hassan, Tiffany Tweed et Serge Miguet. A multi-resolution approach for a content-based image retrieval on the grid. Application to breast cancer detection. Methods of Information in Medicine. A paraître (2004). J. Montagnat, V. Breton, I. E. Magnin, Partitioning medical image databases for content-based queries on a grid. HealthGrid'04, January, 2004, Clermont-Ferrand, France. J. Montagnat, E. Davila, I.E. Magnin, Efficient visualization of 3D medical scenes for remote interactive applications. ISPA’03, September, 2003, Roma, Italia. J. Montagnat, V. Breton, I. E. Magnin, Using grid technologies to face medical image analysis challenges. Biogrid'03, proceedings of the IEEE CCGrid03, pp , May 2003, Tokyo, Japan. C. Blanchet, A. Lecluse, C. Combet and G. Deléage. , “An experimental DataGrid web interface for protein sequence analysis” January, 2004, Clermont-Ferrand, France. P Vicat-Blanc Primet, P d'Anfray, C Blanchet, F Chanussot.“e-Toile: High Performance Grid Middleware” Cluster’2003, December 2003, Hong-Kong. Perriere G, Combet C, Penel S, Blanchet C, Thioulouse J, Geourjon C, Grassot J, Charavay C, Gouy M, Duret L, Deleage G. “Integrated databanks access and sequence/structure analysis services at the PBIL” Nucleic Acids Res., 2003, 31(13): Varette, S. Et Roch, J.-L., Certification logicielle de calcul global avec dépendances sur grille, RENPAR’15, Nice France, 169—176, oct. 2003 Jafar, S. Et Roch, J.-L., Fault-Tolerance for Macro Dataflow Parallel Computations on Grid, ICCTA’04 IEEE Conference on Information&Communication Technologies: from Theory to Applications, avril 2004

31 Liste des publications (suite)
Nicolas Capit, Georges Da Costa, Guillaume Huard, Cyrille Martin, Gregory Mounie, Pierre Neyron et Olivier Richard. Expérience autour d’une nouvelle approche de conception d’un gestionnaire de travaux pour grappe. CFSE’3, pages , La Colle sur Loup, France, octobre 2003. Sylvain Reynaud, Fabio Hernandez. Développement de services de grille standardisés : retour d’expérience". JRES 2003 (), Lille, 17 au 21 novembre 2003. Pascal Calvat. JJS : a Java Job Submission system for the EDG Datagrid middleware. Disponible en libre téléchargement sur Eddy Caron, Frédéric Desprez, Martin Quinson et Frédéric Suter. Performance Evaluation of Linear Algebra Routines for Network Enabled Servers. Parallel Computing, 2004 (à paraître). Eddy Caron, Pushpinder Kaur Chouhan et Arnaud Legrand. Automatic Deployment for Hierarchical Network Enabled Server. In The 13th Heterogeneous Computing Workshop (HCW 2004), Santa Fe. New Mexico, avril 2004. L. Seitz, JM Pierson and L. Brunie. Encrypted Storage of Medical Data on a Grid, Methods of Information in Medicine (special issue), version étendue de l'article présenté à Healthgrid'2004 ; publication prévue en 2004 L. Seitz, JM Pierson and L. Brunie. Key management for encrypted data storage in distributed systems. SISW (Second International IEEE Security in Storage Workshop). Washington D.c, USA,october 2003, to be published by IEEE Press. L. Seitz, JM Pierson and L. Brunie. Semantic Access Control for Medical Applications in Grid Environments. ACM Europar'03, Klagenfurt, Austria, august 2003, LNCS Springer Verlag, LNCS2790, pp S.Roux, L.Desbat, A.Koenig et P.Grangeat. Efficient acquisition for periodic dynamic CT. IEEE trans. Nucl. Sci., vol. 50(5), pp , 2003 S. Roux, L. Desbat, A. Koenig, P. Grangeat. Exact reconstruction in 2D dynamic CT : compensation of time-dependent affine deformations, Physics in Medicine and Biology. A paraître. L.Desbat, M.Fleute, et S.Lavallée. Statistical Atlas in CIMENT GRID. In First European Healthgrid conference, pages European Commission IST, 2003

32 Partenariat avec les mathématiques
Jean Della-Dora, Aude Maignan — LMC-IMAG Calcul cellulaire (CALCEL) Soumis en octobre 2003, retenu ! Roland Gillard — Institut Fourier (prend la suite de Franck Leprévost) : applications cryptologiques du projet RAGTIME: soumis à l’appel d’offres, année 2