Alexandra KOROVINA Concepteur Développeur Informatique

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1 Alexandra KOROVINA Concepteur Développeur Informatique Mise en place d’une solution logicielle de gestion et de traçabilité de données biologiques LIMS (Laboratory Information Management System) Maître de stage Gerald SALIN Formateur Pascal DANGU

2 Présentation et fonctionnement
Plateforme GeT-PlaGe Présentation Les principes Architecture Eléments Projet Bilan

3 Présentation et fonctionnement
Génopole de Toulouse Midi-Pyrénées développer les infrastructures nécessaires à l’étude des génomes promouvoir de grands projets de génomique développer la bio-informatique créée en 1999 pour La Génopole de Toulouse Midi-Pyrénées a été créée en 1999 pour - l’étude des génomes - promouvoir de grands projets de génomique - développer la bioinformatique La Génopole Toulouse Midi-Pyrénées regroupe 8 plateformes technologiques sur 5 sites Elle est devenue le réseau régional de plateformes en sciences du vivant ouvertes à toute équipe publique ou privée

4 Présentation et fonctionnement
Conseils sur technologie Solutions Devis ? robots outils biologiques ADN ou ARN outils bio-informatiques Analyse AGTCGGTACGTGTCAGTGATGCAGGTGACAGTCGGTACGTGTCAGTGATGCAGGTGACAGTCGGTACGTGTCAGTGATGCAGGTGACATGCTC

5 Missions transversales
Présentation et fonctionnement Direction Gestion du Système d’information et Analyse des données Gestion Administrative Service commun Missions transversales Production NGS et développements orientés Technologies Equipe séquençage ciblé Equipe Séquençage Grande profondeur Equipe Séquençage Grands Fragments Production Gérald Salin (IE INRA GA) Alexandra Korovina (Stagiaire) Claire Kuchly (IE CDD) Maxime Manno(IE CDD) Céline Vandecasteele (IE INRA GA) Gestion du Système d’information et Analyse des données

6 Projet Code-barre E-SiToul Trackingsheet NGL NG6 NGL-S NGL-P NGL-SQ
Gestion des échantillons (réception, validation) Code-barre E-SiToul NGL-S Gestion de projets (organisation, gestion de la donnée) NGL-P NGL-SQ Gestion des expériences de Séquençage (enchainement, planification) Trackingsheet NGL Next-Generation LIMS NGL-SUB NGL-R Gestion des soumissions dans les banques publiques NGL-BI Code-barre E-SiToul Trackingsheet NG6 NGL . Un LIMS est un outil utilisé par un laboratoire pour gérer ses données, distribuer les résultats qu’il produit et gérer les ressources qui sont disponibles. Il doit être capable de gérer le cycle de vie des données qui peut inclure l’acquisition, le stockage, la production de rapports d’analyse ou encore l’archivage en fonction du besoin du laboratoire. Modules CEA Les points positifs aucun coût pour l’installation flexible, non spécifique d’un type de séquenceur open-source équipe dédiée motivation possibilité d’intégration dans le système d’information actuel Les point négatifs les documentations sont assez pauvres le système de suivi de sources et des dysfonctionnements NG6 Gestion des lots de réactifs Gestion des pipelines(des analyses primaires) de bio-informatique

7 Environnement technique
MariaDB PostGreSQL MongoDB 2.6 phpMyAdmin phpPgAdmin rockMongo SQL JSON Java 1.8 VBA Jquery Drools HTML CSS JavaScript Bootstrap Play Framework 2 Architecture REST AngularJS Eclips Git PuTTY Mantis

8 Architecture globale NGL
Navigateur Boostrap AngularJS jQuery Html 5 CSS 3 HTTP / Ajax Serveur Play Vue Template Scala Controleurs Play Java Model Drools EBean Driver MongoDB Cache Log Utils SGDBR (MariaDB) NoSQL (MongoDB)

9 Trackingsheet eSIToul NGL E-SIToul
PostGreSQL NGS Fichiers Excel E-SIToul Barcode NGL MariaDB MongoDB NGL-DATA NGL-SQ NGL-COMMON NGL-* NGL est un ensemble d’applications capables d’interagir entre elles. Chaque application dispose de sa propre logique métier mais s’appuie sur la même architecture REST

10 Trackingsheet

11 PostGreSQL de e-SIToul
NGL MariaDB MongoDB NGL-DATA NGL-SQ NGL-COMMON NGL-* eSIToul PostGreSQL

12 app-ngl-data eSIToul NGL NGL-SQ NGL-* NGL-COMMON NGL-DATA NGL-DATA
PostGreSQL NGL MariaDB MongoDB NGL-DATA NGL-SQ NGL-COMMON NGL-* NGL-DATA

13 NGL eSIToul NGL NGL NGL SQL en amant Affichage d’experiances NGL-SQ
PostGreSQL NGL MariaDB MongoDB NGL-DATA NGL-SQ NGL-COMMON NGL-* NGL MariaDB NGL MongoDB SQL en amant Affichage d’experiances

14 Affichage et des calculs
Elements Affichage et des calculs

15 Bilan Le bon point L’esprit d’équipe Le projet est interressante
La plus grande difficulté du projet Son coté scientifique L’ampleur et complexité

16 Merci pour votre attention