Gscope Projets Programmation - Architecture

Présentation au sujet: "Gscope Projets Programmation - Architecture"— Transcription de la présentation:

1 Gscope Projets Programmation - Architecture
Conventions, trucs et astuces Projets Qui fait quoi ...

2 Aperçu général Gscope est ... Comment s’en servir ...
un ensemble de procédures « indépendantes » un outil de visualisation un outil de traitement automatisé une boîte à outils Comment s’en servir ... setgscope Pabyssi ... Comment programmer ...

3 Environnement sous Unix
setgscope Pabyssi version GrandPublic /biolo/gscope/gscope.tcl /biolo/gscope/*.tcl /biolo/gscope/gscope_contrib/*/*.tcl setgscoperr Pabyssi version DeTravail /home/ripp/gscope/gscope.tcl /home/ripp/gscope/*.tcl /home/*/gscopublic/*.tcl positionne les variables tcsh $GSCOPEDIR (et tcl $GscopeDir) tcsh $REPERTOIREDUGENOME en tcl $RepertoireDuGenome ... ou mieux [RepertoireDuGenome] le path (pour les programmes extérieurs,...)

4 Gscopublic vs Gscoperso
/home/ripp/gscope/gscope.tcl /home/ripp/gscope/gscope_source.tcl /home/ripp/gscope/gscope*.tcl /home/CHACUN/gscopublic/gscope_CHACUN.tcl ~/gscoperso/gscope_source.tcl si une fonction ne convient pas ... la copier dans son gscoperso, la modifier, la remettre dans ~ripp/gscope ( ! gscopublic ne suffit pas ! ) dans gscopublic il y a un script vers_biolo qui envoie les *.tcl vers /biolo/gscope_contrib

5 Découper Gscope Utiliser le strict nécessaire Y penser en programmant
qui appelle qui ... ? impossible en automatique Y penser en programmant Comment faire ?

6 Qui est gros ? ~carles 14000 ~chalmel 30000 ~jmuller 7500
~lardenoi 1100 ~lecompte 3200 ~prigent ~ripp ~finton ~moumou (ordali) (elsa) ... et le reste lignes procédures 178 databases gscope sequences 142 GO sur /genomics

7 Exécution gscope gscope LaFigureAutomatique Nature
gscope UneFonction argument1 argument2 gscope Action UneFonction arg1 arg2 gscope puts DefinitionRapide PABY1245 gscope yes DbClustalPourTous

8 Que fait Gscope ? creation html lecture XML Café des Sciences
outils informatiques IntegerApres NiceDate outils « bio-informatique » SequenceFormatTFA AAduCodon ATG outils de visualisation AfficheFichier toto UnCanva outils de traitement CompleteLaDatabase DbClustalPourTous ProtocoleEukaryotPourDNA CreeStartCodonReport outils de stockage creation html Html_BeginBody WelcomeToWscope SiteWscope lecture XML ValeurDeLaBalise ProchaineBalise ... on attend Luc avec TclXml ... je lis « Comprendre Xslt » Café des Sciences QuestionDeScience pour gscope, wscope, et autres

9 Gscope m’a traiter ! Génome Collection Pour adn brut protéome +? adn
déjà annoté ou non Collection adn, cdna, cds, mRna protéines alignements oligos … Pour annoter classer étudier chercher des cibles localiser comprendre promouvoir webservir basededonner ... et ranger

10 Vous avez dit « objet » ... Une fonction - une proc – un objet
Interrogation Chargement si existe Calcul pour tous Stockage ... à +

11 ProtocolePourProteines
Quelques principes ... En autogestion Comment se déclenchent les procédures ? D’après un plan préétabli BlastP Nom DbClustal Nom PI Nom BlastPPourTous DbClustalPourTous ProtocolePourProteines

12 Gscope gestionnaire de base de données
On peut tout lui demander set DE [Definition PABY1952] gscope puts Definition PABY1952 qds Pabyssy Definition PABY1952 en tcl, par shell script, en tcl, par socket, par web il est facile de lire ou d’écrire du Excell, Access … Il peut varier ses sources ContenuDuFichier /genomics/Pabyssi/nuctfa/PABY1952 peut se transformer en une requête SQL Sauve $Res dans/genomics/Pabyssi/fiches/res.txt aussi Parce que nous pouvons programmer les interfaces Ce qui compte ce sont les données des bases Gscope

13 Les Grands Chantiers DaedalusHits Protocoles HTML, XML, TclXML
depuis qu’on veut tout savoir sur tous les homologues du blast SRS est plus rapide, mais … s’il n’est pas là ... ? TaxId et autres mais doit être propager dans tout Gscope Protocoles généraux (génome, collection de protéines, de cDNAs) par ex. CDS d’une protéine d’un access ou d’une séquence approximative pour de l’adn high quality ou autre. HTML, XML, TclXML ça marche mais … ... faut se projeter très loin.

14 Etat des lieux Ce que chacun a fait, ou sait faire Ce qu’il voudrait
De la doc ... à lire et à rédiger. Hopla !

15 Calendrier ... Fiches descriptives sur Web XML
Install « automatique » ailleurs in2p3 ...