SITRANS – Système d’information Transcriptome pour la plate-forme de la Genopole Rhône-Alpes Daniel CRISAN http://liris.cnrs.fr/~sitrans.

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1 SITRANS – Système d’information Transcriptome pour la plate-forme de la Genopole Rhône-Alpes
Daniel CRISAN

2 Préparation des cibles
Contexte Préparation des cibles Analyse des données Dessin de la puce P. Marc – ENS Hybridation

3 Besoins informatiques
Saisie/Consultation des données Bibliothèques de techniques utilisées au cours d’une expérience Sauvegarde/importation des fichiers externes (spotter report, images, données brutes, etc.…) Consultation d’une banque de gènes/oligonucléotides

4 SITRANS - spécifications
Objectif : Suivi des expériences « puces à ADN » Saisie « Cahier de laboratoire » électronique Publication Diffusion Web Compatibilité avec le format MIAME Consultation Valorisation des informations Caractéristiques Ergonomie Importation des fichiers externes Gestion des profils utilisateurs (chercheur, étudiant, visiteur, administrateur)

5 Architecture n-tiers

6 Schéma UML de la Base de Données

7 Les couches applicatives
Servlet E E E S Servlet S Servlet E E E S Servlet

8 La couche présentation

9 La couche présentation

10 La couche présentation

11 Etat d’avancement Fait En cours A faire
Choix de l’architecture de SITRANS Conception de la Base de Données Conception des couches applicatives « Saisie données » En cours Développement des couches applicatives «Saisie données» (échéance nov. 2003) A faire Conception et développement des couches applicatives «Consultation données» (échéance fév. 2004) Tests de SITRANS (échéance mars 2004) Formation des utilisateurs (échéance mars 2004) Installation et configuration de SITRANS (échéance avril 2004)

12 Gestion du projet Réunions de projet
Bimensuelles avec l’équipe « Informatique » Mensuelles avec l’équipe « Biologie » Site Web : Documents en accès public : description du projet, description d’une expérience « puces à ADN »… Documents en accès restreint, limité aux membres du projet : maquette de l’interface, compte-rendu des réunions de projet, documents de développement, code source…

13 Conclusion et perspectives
CDD Finalisation du développement et mise en exploitation de SITRANS Poursuite Une thèse débute visualisation de données de gros volumes Un dépôt de projet à l ’ACI ImpBio :TransParNet schéma commun pour le partage de données du transcriptome et d’outils de traitement spécification d’une architecture de médiation

14 Ingénieurs Bioinformatique
et Modélisation Pédagogie INSA-Lyon UCBL Recherche Bioinformatique du transcriptome SITRANS TransParNet Data Mining données puce et SAGE ROSO Design de sondes oligo pour puces à ADN

15 Biologie des Systèmes et Modélisation Cellulaire
BSMC ( UMR 203 INRA/INSA, BF2I Biologie Fonctionnelle UMR CNRS/UCBL 5534, CGMC Biologie Cellulaire et Moléculaire UMR CNRS/UCBL/INSA/ECL 5585, MAPLY Mathématiques Appliquées Laboratoire INSA/UCBL/ULL PRISMa Informatique Bioinspirée et Vie Artificielle FRE CNRS/INSA/UCBL/ULL/ECL 2672, LIRIS Systèmes d’Information et Data Mining  Problématiques biologiques : - Symbiose et Evolution - Autorenouvellement Cellulaire  Outils bioinformatiques et de modélisation : - Puce à ADN (6400 plots) dédiée à Buchnera (DTAMB/ECL) - Base de données SAGE - Identitag - Data mining des données d’expression - Etude qualitative des réseaux : Emergence de la complexité - Modèle RBF-Gene : Evolution structurelle des génomes bactériens - Modèle SMA : Emergence de structures multiprotéiques