Equipe bioinformatique du LIRMM

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1 Bio-informatique LIRMM Montpellier Logiciels et serveurs Génomique comparative et fonctionnelle

2 Equipe bioinformatique du LIRMM
6 Permanents V. Berry (MdC, UM2), L. Bréhelin (CR, CNRS), G. Caraux (Prof Agro Mpl), O. Gascuel (DR CNRS), O. Martin (CR, INRA), E. Rivals (CR, CNRS) 2 Associés A. Jean-Marie (DR, INRIA), G. Mélançon (Prof, UM3) 1 Ingénieur Génopole S. Pinloche, puis F. Le Thiec 8 Doctorants 1 Post-doctorant

3 Equipe bioinformatique du LIRMM
Actions régionales … Génopole Languedoc-Roussillon … nationales Animation communauté nationale IMPG Lancement de JOBIM (conf. francophone) Responsable de l’ACI IMPBio internationales Membre du bureau editorial de Systematic Biology Current Protocols in Bioinformatics Comite de Progr. conférences, revues (ECCB, WABI)

4 Equipe bioinformatique du LIRMM
Collaborations régionales MP Lefranc, J. Buard (IGH, Montpellier) N Galtier (GPIA, Montpellier) E. Douzery (ISEM, Montpellier) P. Jarne (CEFE, Montpellier) L. Journot (CCIPE, Montpellier) nationales… internationales M. Hendy (Massey Univ., NZ) G. Weiner (Australian National University, AU) R. Desper (NCBI, USA) F. Major (Univ. de Montreal, CA) S. Rahmann, M. Vingron (Max Planck Institute, GER)

5 Equipe bioinformatique du LIRMM
Publications Discrete Applied Mathematics Combinatorics, Probability and Computing Lecture Notes in Computer Science (2 articles) Journal of Computational Biology (2 articles) Bioinformatics Systematic Biology Proteomics Molecular Biology and Evolution (3 articles)

6 Equipe bioinformatique du LIRMM
Valorisation sur le portail web DTscore recontruction d’arbres de duplication FastME reconstruction phylogénétique GAME inférence phylogénétique, estima° de gamma MSAlign alignement de cartes de minisatellites STAR recherche de répétitions de motifs PermutMatrix visualisation de données d’expression PHYML reconstruction phylogénétique

7 Equipe bioinformatique du LIRMM
PermutMatrix Analyse exploratoire d'un tableau de données d’expression qui incorpore la sériation Seriation optimale avec ou sans structure arborée. Reprend l’approche de Eisen mais avec réorganisation optimale des feuilles de l’arbre de classification. Applications : série temporelle, cycle cellulaire

8 Equipe bioinformatique du LIRMM

9 Equipe bioinformatique du LIRMM
PermutMatrix article soumis à Bioinformatics implication de S. Pinloche nombreux retours positifs

10 Equipe bioinformatique du LIRMM
PHYML Reconstruction phylogénétique avec maximum de vraisemblance (“meilleures méthodes”) Modèles de substitution varies Nucléotides JC69,K2P,F81,F84, HKY, TN93, GTR Acides aminés Dayhoff, JTT, mtREV Aussi précis que fastDNAml, beaucoup + rapide

11 Equipe bioinformatique du LIRMM
PHYML Précision topologique NJ DNAPARS FastME fastDNAml PHYML

12 Equipe bioinformatique du LIRMM
PHYML Temps de calcul 40 taxa 500 bp 100 taxa 218 taxa 4,182 bp 500 taxa 1,428 bp DNADIST+NJ 0.3s 2.3s 50s 2min15s DNAPARS 0.5s 6s 4min 13min15s MetaPIGA 21s 3min30s 4h45min 9h fastDNAml 1min15s 26min30s … PHYML 2.7s 12s 8min15s 12min

13 Equipe bioinformatique du LIRMM
PHYML article paru dans Systematic Biology début Oct. implication de F. Le Thiec 1100 visites : France, Etats-Unis, Nouvelle-Zélande, Allemagne, Norvège, Canada, Autriche, Royaume-Uni, Suisse, Belgique, Chine…