Interface de la base de données PubMed (Cours de Base : Module 4 Partie A) 11 mai 2019.

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1 Interface de la base de données PubMed (Cours de Base : Module 4 Partie A)
11 mai 2019

2 Table des matières Se connecter à PubMed Naviguer dans PubMed
Recherche dans PubMed Options d'affichage Envoyer aux options All the HINARI/PubMed modules will emphasize skills on how to use PubMed as a tool to identify and access full-text articles. PubMed is the foremost biomedical database that indexes articles from 5,500+ biomedical journals. The skills in these modules include an overview of the PubMed website, using Filters in PubMed, Medical Subject Headings (MESH) and other tools (preview/index, filters and history) for search strategies and using ‘MY NCBI’, a platform that allows you to setup filter tabs in your display area, save searches and receive automatic alerts to new articles added to PubMed. By learning these skills, you will master an invaluable option for utilizing the e- journals that are available via HINARI particularly since you will be able to identify articles available from multiple journals and HINARI associated publishers. Similarly to the first module, you will need access to the Internet and be required to complete a series of exercises. You must login to HINARI and then go to ‘Search inside HINARI full-text using PubMed’ or you will not have access to the full-text articles. 11 mai 2019

3 PubMed vs. Summon PubMed utilise un vocabulaire contrôlé - un humain attribue des vedettes-matières médicales (MeSH) à chaque article de revue. Les résultats de la recherche seront exacts. Summon utilise les mots-clés dans une recherche car il n'a pas de vocabulaire contrôlé. Les résultats sont plus larges et il faut les " filtrer "Les résultats de la recherche comprennent des articles de revues et des liens de livres électroniques vers ce qui est disponible dans votre pays.. 11 mai 2019

4 Connectez-vous sur le site HINARI en cliquant sur LOGIN.
Note : Si vous ne vous connectez pas à HINARI, vous n'aurez pas accès à la plupart des articles en texte intégral, livres électroniques et autres ressources.. Log-in to the HINARI website by clicking “Login to HINARI” 11 mai 2019

5 Note that users also can access the R4L login page from the R4L website , we will Login to the HINARI site using the URL Les utilisateurs peuvent également accéder à la page de connexion à partir du site Web de R4L ( et en cliquant sur Login. La diapositive suivante apparaîtra et vous donnera accès aux cinq programmes. 11 mai 2019

6 Entrez votre NOM D'UTILISATEUR HINARI et votre MOT DE PASSE dans les cases appropriées, changez la langue du portail (si nécessaire), puis cliquez sur le bouton SE CONNECTER. Note : Pour avoir accès au texte intégral des articles, vous devez vous connecter correctement.. 11 mai 2019

7 Cliquez sur le logo Hinari pour ouvrir le programme.
Tous les programmes auxquels votre établissement est inscrit sont énumérés. Connectez-vous à n'importe quel autre programme en revenant à cette page (utilisez le portail R4L - onglet Applications en haut du navigateur Web). Pour ouvrir un autre programme, cliquez sur le logo spécifique. Votre nom d'utilisateur et votre mot de passe Hinari vous donneront accès aux autres programmes (ainsi qu'aux logins AGORA, ARDI GOALI ou OARE de votre institution). 11 mai 2019

8 Une fois connecté à la page Contenu HINARI, accédez à PubMed en cliquant sur Bases de données pour faire des recherches. In the HINARI Portal you can access PubMed from the Content page. Click on Search inside HINARI full-text using PubMed. Note: Les modules de formation PubMed utilisent des captures d'écran à partir d'un ordinateur.. 11 mai 2019

9 Ouvrez PubMed qui se trouve en haut de la liste Parcourir les bases de données.
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10 . La boîte de recherche de PubMed est active et donne accès à 28 millions de citations. Placez votre énoncé de recherche dans la boîte. Dans cet exemple, entrez une recherche malaria infections AND africa. Pour exécuter la requête, cliquez sur le bouton Rechercher. 11 mai 2019

11 Les résultats de la recherche sont affichés dans le corps principal de la page dans les options Format résumé et tiier par les options les plus récentes. Il s'agit du paramètre par défaut lorsque vous terminez une recherche. Notez que la recherche affiche 20 citations par page. Notez les deux filtres supplémentaires pour les articles Free Full Text et HINARI. Ceux-ci ont été créés pour les recherches HINARI/PubMed. Parmi les 6630 articles, 2163 sont disponibles via le filtre HINARI et 3337 avec le filtre Free full text (il y a quelques chevauchements). Some individuals prefer to view the search results with the mix of HINARI and free-full text articles while other prefer using the filters. 11 mai 2019

12 Graphique des résultats par année Liste des images de PMC
Notez les options utiles dans la colonne de droite des résultats de la recherche PubMed : Graphique des résultats par année Liste des images de PMC Trouver des données connexes Voir la diapositive suivante pour la boîte Trouver des données connexes et des détails sur la recherche. Depending on your individual preference, some of the options in the right column will be useful to you. 11 mai 2019

13 Ici sont mises en exergue les données associées aux champs Find related data et Search detail qui incluent tous les mots-clés pour paludisme, infection, infections et Afrique ET les termes MeSH (Medical Subject Headings) pour paludisme, infection et Afrique. Les termes MeSH sont assignés par les indexeurs de la National Library of Medicine. Pour plus d'informations, consultez le module 1 du cours avancé. Note how the PubMed search combines keywords with the Medical Subject Headings (MeSH) that are assigned by indexers at the National Library of Medicine (USA). 11 mai 2019

14 le lien hypertexte supplémentaire pour l'article gratuit et l'article gratuit de PMC. En cliquant sur ce lien, vous serez redirigé vers l'affichage du résumé et pourrez accéder au texte intégral. Notez également les termes en gras de la recherche - malaria, infections et Africa. If you complete a search in ‘regular’ PubMed, these Free Article(s) and Free PMC Article(s) will be in your search results but not the HINARI ones. Remember that there is some overlap. 11 mai 2019

15 Cliquez sur l'hyperlien Article libre ou en texte intégral, vous êtes redirigé vers le format du résumé. Cliquez sur les liens en texte intégral vers le site Web de l'éditeur et le texte intégral de l'article. 11 mai 2019

16 Vous avez maintenant accès au texte intégral de l'article à partir du site Web de PLOS one.

17 Cochez la case Format du résumé dans le menu déroulant
Cochez la case Format du résumé dans le menu déroulant. Nous avons retenu l'option Trier par la plus récente. 11 mai 2019

18 Notez que les options Format du résumé avec les options Trier par les plus récentes sont affichées dans la ligne Paramètres d'affichage au-dessus du résumé. Selon les filtres Texte intégral libre et HINARI, l'utilisation de ces options est laissée à votre choix. The use of the Abstract display is stressed for two reasons – you can read the abstract to confirm if this is an article you want to read and this display format has links to the free full text and HINARI full-text articles – to be discussed in the notes of the next slide. 11 mai 2019

19 Après avoir cliqué sur le format résumé, une liste de tous les articles apparaît, y compris les icônes HINARI et de l'éditeur et éventuellement les icônes en texte intégral libre. En cliquant sur l'icône HINARI ou sur l'icône de l'éditeur, l'article en texte intégral s'affiche. Notez que certains (autres) résumés auront à la fois les icônes HINARI et Free Full Text dans le format Abstract. This point is critical. The Abstract format contains the icons/links to the full text. This PubMed program is called Linkout as it links to full-text articles you are able to access – either as free full text articles or those from HINARI. Note – the Linkout program does not work 100% of the time. If the HINARI icon does not work properly, click on the link to the publisher. If neither work, you will need to return to the HINARI Content page and try to access the journal article through the Journal Collection A-Z list or Publishers’ list. ‘Access Problems and Solutions’ are discussed in the Basic Course Module 3 Appendix in a presentation with that title. 11 mai 2019

20 En août 2010, PubMed a amélioré l'affichage des résumés
En août 2010, PubMed a amélioré l'affichage des résumés . Pour les " résumés structurés ", les rubriques clés (INTRODUCTION/BACKGROUND, METHODS AND FINDINGS RESULTS and/or, CONCLUSIONS and KEYWORDS) sont énumérées au début de chaque paragraphe. Environ 25 % des citations dans PubMed utilisent ce format. This format is quite useful as it clearly outlines the contents of the article. 11 mai 2019

21 Au bas de chaque citation, cliquez sur l'option Articles similaires.
This option gives you access to citations and possibly full-text of articles that are similar to the original citation. 11 mai 2019

22 Les résultats de cette recherche sont 101 articles dont 57 en texte intégral libre et 39 en HINARI.
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23 Vérifiez la puce pour le format MEDLINE et conservez les options Trier par les plus récentes.
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24 Notez la liste des termes des Medical Subject Headings (MeSH) dans l'option MEDLINE.
These Medical Subject Headings are assigned by reviewers at the (US) National Library of Medicine. These terms are very useful for you to complete a more precise search and obtain clusters of citations on the same subject. 11 mai 2019

25 L'utilisation de la liste plus longue de 200 citations est utile dans les situations où la largeur de bande est faible. Ce(s) résumé(s) est(sont) trié(s) par les plus récents. 11 mai 2019