Interface de la base de données PubMed (Cours de Base: Module 4 Partie B) 11 mai 2019.

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1 Interface de la base de données PubMed (Cours de Base: Module 4 Partie B)
11 mai 2019

2 Nous allons maintenant sélectionner le bouton pour le format MEDLINE et retenir les options 20 résultats par page et trier par date (plus récent). 11 mai 2019

3 Notez comment apparaissent les entrées des termes MeSH (Medical Subject Heading) dans l’option MEDLINE. These Medical Subject Headings are assigned by reviewers at the (US) National Library of Medicine. These terms are very useful for you to complete a more precise search and obtain clusters of références on the same subject. 11 mai 2019

4 Nous allons maintenant sélectionner le bouton 200 références par page.

5 Une longue liste de 200 références est utile dans les situations où la bande passante est faible. Ici, les références sont triées par les plus récentes. 11 mai 2019

6 Nous allons choisir l’option tri par ’Best Match’ (pertinence) avec le menu déroulant, combiné avec les options Summary et 200 par page. Note: Le tri par ‘best match’ est basé sur un algorithme qui analyse chaque citation PubMed. Pour chaque requête, une pondération est calculée selon le nombre de mots clés retrouvés et les champs où ils sont utilisés. Une valeur plus élevée est attribuée aux articles publiés récemment. Some individuals prefer this option which is similar to the relevance ranking of Google, Scholar and other search engines. Since this option is based on the MeSH controlled vocabulary, the results are significantly more precise than the keyword search of Google or Scholar. 11 mai 2019

7 Une autre option utile est le tri par Publication Date (date de publication), car cela liste les références par date de publication plus récente. As you work with HINARI/PubMed, you will find which display options that you prefer. Remember, the Abstract format contains the links to the full-text articles. 11 mai 2019

8 Une dernière option est d’accéder au texte intégral en utilisant le PubMed ID #. Dans HINARI/PubMed, entrez ce numéro d’identification dans le champ de recherche. La version en abstract sera affichée. Si cet article est un article en texte intégral gratuit (Free Full Text) ou un article HINARI, l’icône/lien sera affiché en haut à droite de la page. 11 mai 2019

9 The Send To options also are quite useful as you are able to save search results – to a file, via and to your MY NCBI account as a collection – discussed in Advanced Course Module 2. Depuis le menu déroulant Send To, vous pouvez sélectionner les options File, Collections, Order, Clipboard, , etc., pour exporter les références par différents moyens. 11 mai 2019

10 Vous devez cocher les cases à gauche des références que vous souhaitez exporter vers File (un fichier), Collections (une collection), Order (un classeur), Clipboard (le presse- papier) and (un ). Notez le texte indicatif “Selected 4”. Si vous cochez par les cases, tous les résultats seront exportés vers l’option choisie. 11 mai 2019

11 Depuis le menu déroulant Send To drop down menu, nous allons cliquer sur File, et les options Abstract et Best Match. Un document sera téléchargé avec vos résultats de recherche. Again, you make the decisions on Format and Sort by using the two drop down menus. 11 mai 2019

12 Le fichier au format .txt et intitulé pubmed_results (1) a été téléchargé et est affiché en bas de la page de ce navigateur. Nous utiliserons un bloc note pour lire le fichier. Note: Cette diapositive a été obtenue grâce à une copie d’écran du navigateur Google Chrome. Dans d’autres navigateur, les fichiers téléchargées apparaissent à d’autres endroits. 11 mai 2019

13 Nous voyons maintenant le texte du fichier
Nous voyons maintenant le texte du fichier .txt téléchargé et ouvert dans le bloc-note. Vous pouvez sauvegarder ce fichier sur votre disque the C:/ drive ou une clé USB. Une fois sauvegardé, vous pouvez imprimer le document. Note: Ce sont les références des articles. Vous pouvez maintenant vous rendre sur la liste A-Z de la collection des revues HINARI pour accéder aux articles en texte intégral. The .txt file can be saved as a .doc or .docx file. 11 mai 2019

14 Les prochaines diapositives se compliquent
Les prochaines diapositives se compliquent! L’option d’envoi par courrier électronique ne fonctionne pas - sauf si vous utilisez un compte MY NCBI. Les diapositives expliquent cela, mais le module MY NCBI (cours avancé n°2) n’a pas été traduit. 11 mai 2019

15 A partir du menu Send To, l’option E-mail ne fonctionne pas
A partir du menu Send To, l’option ne fonctionne pas. PubMed ne donne pas accès via le nom de domaine de Reserach4Life. Vous pouvez utiliser cette option si vous utilisez un compte MY NCBI. Pour vous inscrire à MY NCBI, voir le 2 module du cours avancé. 11 mai 2019

16 De votre compte My NCBI, vous pouvez utiliser l’option envoi par dans Hinari/PubMed. Comme indiqué précédemment, ceci ne fonctionne pas avec votre compte R4L. 11 mai 2019

17 PubMed vous confirmera qu’un message a été envoyé dans votre compte – si vous vous êtes connectés à partir de My NCBI. 11 mai 2019

18 Idem pour l'option Citation Manager - à utiliser avec le logiciel de gestion de référence décrit dans plusieurs modules de formation R4L. Idem pour l'option Citation Manager - à utiliser avec le logiciel de gestion de référence décrit dans plusieurs modules de formation R4L. L’option Collections est utile et sera discutée dans le module MY NCBI (HINARI cours avancé module 2) Idem pour l'option Citation Manager - à utiliser avec le logiciel de gestion de référence décrit dans plusieurs modules de formation R4L. 11 mai 2019

19 L’option cochée ici est Citation Manager
L’option cochée ici est Citation Manager. Un fichier est créé et peut être transféré vers un logiciel de gestion de référence tel que Mendeley ou Zotero. 11 mai 2019

20 Single Citation Maker Nous allons nous intéresser à l’option Single Citation Matcher, pour trouver une référence unique. Notez qu’il existe également une option Batch Citation Matcher pour trouver des lots de références. This is a useful tool if you are looking for specific search results – either keyword or an organization or an author. 11 mai 2019

21 Dans l’outil Single Citation Matcher, nous avons entré HINARI dans le champ Title words et cliqué sur Search. 11 mai 2019

22 L’utilisation de ces termes de recherche dans l’outil Single Citation Matcher a donné un résultat de 10 références. This is a search with HINARI as a keyword that lists articles about HINARI which have been indexed in PubMed. 11 mai 2019

23 Information Additionelle
Accès à PubMed via votre Mobile PubMed LinkOut Option Summon pour obtenir des articles en texte intégral à partir des résultats de recherche avec PubMed Accès au texte intégral grâce aux éditeurs SAML PubMed & MY NCBI donne accès au texte intégral 11 mai 2019

24 Vous pouvez utiliser Hinari/PubMed avec votre téléphone mobile et vous connecter à Hinari
11 mai 2019

25 Cliquez sur Databases for discovery; ouvrez PubMed
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26 La version Hinari/PubMed sur téléphone mobile phone
11 mai 2019

27 Utilisation de PubMed ‘Linkout’
Lorsque vous lancez une recherche et ouvrez l’affichage “Abstract (résumé)”, ou, si (dans l’affichage “Abstract”, vous utilisez le filtre HINARI placé en haut à droite de la page de résultats, des icônes/liens vers le texte intégral de l’article sont affichées. C’est l’option Pubmed Linkout. Cette option N’EST PAS fiable. Parfois, les icônes/liens fonctionnent et dans d’autres cas non (HINARI ou un éditeur spécifique ou PMC). Au lieu d’avoir accès à la version HTML ou PDF de l’article, on vous demande de “payer” ou de vous “enregistrer” et le mot de passe HINARI ne fonctionnera pas. Premièrement, testez tous les différentes icônes/liens. Deuxièmement, si aucune icône/lien ne fonctionne, retournez sur la page des contenus HINARI et consultez la liste A-Z de la collection de revues, ouvrez la revue puis le volume/numéro correspondant afin d’accéder au texte intégral. Dans la liste A-Z, le carré vert indique que vous avez accès à la revue. 11 mai 2019

28 Ouvri le fichier .txt Copier le titre de l’article.
Une seconde option quand l’application ‘Linkout’ ne donne pas accès au texte intégral c’est d’utiliser l’outil Hinari Summon. Dans PubMed, cochez la case des articles qui vous intéresse. Enregistrez les articles dans un fichier (utilisez le menu glisser-déposer). Ouvri le fichier .txt Copier le titre de l’article. Ouvrir Summon de l’interface de la page Content Hinari et si accessible, utiliser l’option Country specific search. Dans Summon, entrer le titre dans la barre de recherche “Search” et lancer la recherche. Note: si votre institution n’a pas accès à certains éditeurs spécifiques, vous n’aurez pas accès au texte intégral de l’article dans Summon. Pour plus d’information sur Summon, allez dans le module 7 du cours Hinari Basic TAKE OUT??? MOVE TO THE FULL TEXT ACCESS SECTION 11 mai 2019

29 Accès au texte intégral des éditeurs SAML
Elsevier, Oxford University Press, Springer, Thieme et Wolters Kluwer – Lippincott, Williams & Wilkins utilisent le système d’authentification SAML. Afin de pouvoir accéder aux articles en texte intégral à travers Google Scholar (Hinari/ PubMed et Hinari/Summon), une revue de ces éditeurs doit d’abord être ouverte dans Hinari. Rendez vous sur la page du Support de Formation Hinari ( ouvrez le document annexe au Module 4 et suivez les instructions. 11 mai 2019

30 C’est la fin du cours de base Hinari module 4
Il existe un manuel qui accompagne cette partie du module pour réaliser une session pratique sur les sujets traités dans ce module. Mis à jour 11 mai 2019