Epistasis is a fundamental component of genetic architecture of prolificacy in pigs. L’epistasie est une composante fondamentale de l’architecture génétique.

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1 Epistasis is a fundamental component of genetic architecture of prolificacy in pigs. L’epistasie est une composante fondamentale de l’architecture génétique de la prolificité chez les porcs Garcia Diego Pellecuer Marie-Agnès Roucaute Camilla ULG 2006/2007

2 OBJECTIF DE LA RECHERCHE
Démontrer que l’epistasie contribue de façon majeure à la variabilité phénotypique de la prolificité chez les porcs.

3 Comment y parvenir… de quoi a-t-on besoin, quels outils statistiques va-t-on utiliser?

4 NBA: Nombre de porcelets nés vivants
MATERIEL UTILISE 2 races de porcs: Différence significative au niveau de la prolificité ibérique meishan NBA: Nombre de porcelets nés vivants

5 Croisements réalisés:
3 verrats ibériques (QQ) x 18 truies meishan (qq) 8 verrats F1 x 97 truies F1 (Qq) 255 truies F2 (QQ) (Qq) (qq) 881 porcelets nés vivants

6 F0, F1, F2 génotypés pour 117 marqueurs.
109 microsatellites, 8 SNP (single nucleotid polymorphisms) QTL: Locus à effet quantitatif Modèles mathématiques pour analyses statistiques.

7 ANALYSES STATISTIQUES
- Analyse 1: cartographie QTL à 1 dimension pour déterminer les QTL influençant le caractère NBA par un test-F comparant les modèles suivants; Yijk = Hi + uj + pj + caa + cdd + eijk (1) Yijk = Hi + uj + pj + eijk

8 Yijk = Hi + uj + pj + caa + cdd + eijk
Yijk = observation ijk pour le NBA Hi = i-ème effet année-saison uj = effet polygénique du j-ème individu pj = effet de l’environnement permanent sur le j-ème individu ca = p(QQ)- p(qq) cd = p(Qq) eijk = résidu a et d = effets d’additivité et de dominance du QTL Yijk = Hi + uj + pj + eijk

9 Tableau 1: simple QTL significatif pour le NBA
Chromosome Position (cM) F P-valeur a (se) d (se) 13 50 11,94 <0,01 -0,71 (0,18) 0,69 (0,25) 17 22 10,92 0,73 (0,19) -0,82 (0,29) 12 78 7,71 <0,05 0,82 (0,22) (0,39) G=A+D

10 - Analyse 2 : analyse à 2 QTL Modèle 1 : sans épistasie
(pas d’interaction entre les 2 QTL) Yijk = Hi + uj + pj + ca1a1 + cd1d1+ ca2a2 + cd2d2 + eijk (2) a1, d1: effets d’additivité et de dominance du QTL1 a2, d2 : effets d’additivité et de dominance du QTL2

11 Modèle 2 : avec épistasie
(avec interaction entre les 2 QTL) Yijk = Hi + uj + pj + ca1a1 + cd1d1+ ca2a2 + cd2d2 + caxa Iaxa + caxd Iaxd + cdxa Idxa + cdxd Idxd + eijk (3) Iaxa , Iaxd , Idxa , Idxd : effets d’ interactions épistatiques caxa , caxd , cdxa , cdxd : coeff. de régression

12 Tableau 2 : Chromo. 1 Position 1 Chromo. 2 Position 2 F P-valeur
Type d’épistasie Valeur génotypique 6 20 14 109 7.87 <0,01 axd dxd 1,43 (0,4) 2,67 (0,7) 1 76 7 107 7.84 2,59 (0,6) 3,34 (0,9) 2 95 10 101 7.50 axa dxa -1,22(0,3) -1,68(0,5) -1,96 (0,7) 34 12 11 7.77 -1,27 (0,4) -2,43 (0,6) 9 3 13 72 7.63 0,66 (0,3) -2,66 (0,6) 5 113 18 7.31 -0,96 (0,3) 1,85 (0,5) 65 15 8 7.08 <0,05 0,85 (0,3) 1,14 (0,4) -1,05 (0,4) 91 73 6.94 -1,45 (0,4) -2,57 (0,7) 71 6.86 -1,08 (0,2) 0,74 (0,4)

13 CONCLUSION Effet significatif de l’épistasie sur la prolificité. G=A+D+I Grande difficulté d’identification des gènes influents la prolificité, et d’application pratique dans la sélection des porcs.

14 DISCUSSION Croisements comme alternative à la sélection saturée. Sélection possible sur base des interactions épistatiques?

15 Marie Diego Camilla Vous remercient !!!!!