1Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 Gestion des données - BASE.

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1 1Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 Gestion des données - BASE

2 2Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 SIGENAE  Projet AGENAE : Analyse des GENomes des Animaux d'Elevage  SIGENAE – Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage  SIGENAE – une équipe de service en bioinformatique  L'équipe 7 ingénieurs – 6,3 ETP :  5 permanents 1 IR chef de projet : C. Klopp 4 IE  2 non-permanents Accueil Contexte : - AGENAE SIGENAE BASE BASE Sigenae Conclusion

3 3Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 Accueil Contexte : - AGENAE SIGENAE - L'offre de service BASE BASE Sigenae Conclusion  Puces à ADN :  Traitement d'image – AGScan  Gestion des données et publication – BASE / GEO  Traitement des données – TMeV (connecteur BASE)‏ SIGENAE – Offre de service

4 4Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 Accueil Contexte BASE : - Présentation BASE Sigenae Conclusions BASE  BASE : BioArray Software Environment  Plate-forme (interface web + base de données) spécialisée dans le stockage des données de puces à ADN  Répond aux recommandations MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) du groupe MGED (Microarray Gene Expression Data)‏  Stockage et gestion organisée :  d'informations sur les sondes déposées sur les supports  du suivi des plaques, des supports et des plans associés  des données d'expériences, de protocoles et des résultats de quantification,...  Visualisation, Analyse (filtre, statistique) et Export

5 5Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 BASE : qui, ou, quand,... ?  Quand :  Eté 2001: présentation MGED4 (Microarray Gene Expression Data) en Février 2002  BASE 1.0 : 18 mai 2002 Lao H. Saal and all, Carl Troein, Johan Vallon-Christersson, Sofia Gruvberger, Åke Borg and Carsten Peterson BioArray Software Environment: A Platform for Comprehensive Management and Analysis of Microarray Data Genome Biology 2002 3(8): software0003.1-0003.6 Accueil Contexte BASE : - Présentation - Qui / Ou / Quand BASE Sigenae Conclusions

6 6Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 BASE – Schéma (dépendances)‏ Plates Extracts Array Design Arrays Samples Labeled extracts HybridizationImagesRaw result file Visualisation Analysis Export datas dépendances Analyse d'images : AGScan,... Logiciel autonome : Gestion de ses utilisateurs. Données sécurisées : Groupe d'utilisateurs pour le partage (lecture et/ou écriture) des données.

7 7Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 Plates Création du support en fonction d'un Array design Array batch Array slides Array LIMSBiomaterials Reporters Extracts Labeled extracts Samples Sample origins Sample annotations BASE – Array LIMS / Biomaterials

8 8Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 Hybridization Scan Labeled extracts Array slide AGScan... Image(s)‏Raw data set(s)‏ BASE – Hybridization

9 9Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 BASE - Experiment Experiment explorer HTML plot tool Export data Filter data Run application Accueil Contexte BASE : - Présentation - Qui / Ou / Quand - Schéma - LIMS / Biomaterials - Hybridization - Experiment BASE Sigenae Conclusions Vue hiérarchique des traitements (historique)‏

10 10Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 BASE vs Sigenae BASE vs Sigenae  BASE aujourd'hui, deux versions :  Version 1.2.17 : PHP – Mysql/PostgreSQL  Version 2.7.0 : Java – Mysql/PostgreSQL  BASE Sigenae :  Mise en production Juin 2003  Version 1.2.16 – PHP 5.1.6 – PostgreSQL 8.1.11  Ajout de fonctionnalités : Gestion des données de radioactivité Découpage des images Import des données en masse Publication GEO Ajout de plugins Accueil Contexte BASE BASE Sigenae : - Présentation Conclusions

11 11Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 BASE Sigenae  87 utilisateurs enregistrés dans BASE Sigenae :  1 Bordeaux - 2 Clermont - 22 Jouy - 23 Rennes - 10 Toulouse - 14 Tours - 15 Others  Quelques chiffres :  238 074 reporters  9 241 slides  3 905 hybridations  41 588 820 spots  151 expériences  Sauvegarde de la base : 12 Go en mars 2008 Accueil Contexte BASE BASE Sigenae : - Présentation - Chiffres Conclusions

12 12Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 Import en masse Radioactivité  Mass file upload  Mass data import  Mass sample annotation  Mass data update Fluorescence (Plan en étoile / contre une référence)‏  Mass file upload  Création du sample/extract/labextract  Mass data import  Mass sample annotation  Mass data update Fluorescence (Plan en boucle / Loop design)‏  Mass file upload  Mass data import  Mass data create  Mass sample annotation  Mass data update Accueil Contexte BASE BASE Sigenae : - Présentation - Chiffres - Import en masse Conclusions

13 13Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 Publication GEO Accueil Contexte BASE BASE Sigenae : - Présentation - Chiffres - Import en masse - Publication GEO Conclusions Données brutes + données normalisées => normalisation dans BASE !

14 14Philippe Bardou – Séminaire GA/GAP – Transcriptôme et Statistiques associées – 12 juin 2008 Conclusion – Perspectives Accueil Contexte BASE BASE Sigenae Conclusions  Services :  Support  Prise en charge de sections de BASE (« Array LIMS », « sample origin »,...)‏  Aide à la publication  Développement de plugins à la demande  Formation  Perspective 2008 :  BASE 2  Ajout de tutoriel vidéo  Biomaterials : Amplification  Gestion RT-PCR