Integration des pipelines d’analyse

Présentation au sujet: "Integration des pipelines d’analyse"— Transcription de la présentation:

1 Integration des pipelines d’analyse
Projet e-Biogenouest Porteur : Olivier Collin (IRISA) – Animateur : Yvan Le Bras (IRISA) Tester une approche e-Science en Sciences de la vie Proposer une structuration e-Science dans le Grand Ouest

2 Le prototype e-biogenouest
Un environnement virtuel de recherche en sciences de la vie

3 Une application e-Science : Le VRE
Environnement de Recherche Virtuel Portail web Données Logiciels Ressources de traitement Utilisateurs Collaboration Communauté Une propriété essentielle : la flexibilité

4 e-infrastructure test : le VRE eBiogenouest

5 e-infrastructure test : le VRE eBiogenouest
HUBzero Portail Galaxy Portail EMME

6 La collaboration Le HUB eBGO
HUBzero pour partager les connaissances et gérer les groupes et projets Rechercher Explorer Uploader Analyser Visualiser Vérifier Publier Reviewer Questionner Discuter Collaborer Informations 149 utilisateurs 76 Projets 48 Groupes 531 ressources …

7 La collaboration eBGO : Collaboration

8 La collaboration eBGO : Collaboration Partage de ressources

9 Une porte vers les outils du VRE
La collaboration eBGO : une porte d’entrée vers l’e-Infrastructure Une porte vers les outils du VRE

10 Groupes, projets, forums, …
La collaboration eBGO : Collaborons Groupes, projets, forums, …

11 eBGO : Gestion de groupes
La collaboration eBGO : Gestion de groupes

12 eBGO : Gestion de projets
La collaboration eBGO : Gestion de projets

13 eBGO : Gestion de projets
La collaboration eBGO : Gestion de projets Gestion de tâches

14 La collaboration eBGO : Profil de membre

15 La gestion des données et métadonnées
Rechercher Explorer Uploader Analyser Visualiser Vérifier Publier Reviewer Questionner Discuter Collaborer EMME suite ISA tools pour enregistrer données et métadonnées Protocoles existant Métabolomique Protéomique Génomique Bio-informatique Protocoles sur mesure Colorimétrie Dosage d’ions plasmatique …

16 La gestion des données et métadonnées
EMME suite ISA tools : isacreator configurator Protocoles existant Métabolomique, Protéomique, Génomique Protocoles sur mesure Bio-informatique, Protéomique ICPL, …

17 La gestion des données et métadonnées
EMME suite ISA tools : isacreator Login

18 La gestion des données et métadonnées
EMME suite ISA tools : isacreator Choix de la configuration

19 La gestion des données et métadonnées
EMME suite ISA tools : isacreator Ouverture / création d’un projet

20 La gestion des données et métadonnées
EMME suite ISA tools : isacreator Choix d’un projet préexistant

21 La gestion des données et métadonnées
EMME suite ISA tools : isacreator Description du projet

22 La gestion des données et métadonnées
IS.. EMME suite ISA tools : isacreator Description d’une étude du projet

23 La gestion des données et métadonnées
ISA EMME suite ISA tools : isacreator Description d’une expérience de l’étude du projet

24 La gestion des données et métadonnées
ISA EMME suite ISA tools : isacreator Validation de l’ISAtab

25 La gestion des données et métadonnées
ISA EMME suite ISA tools : isacreator Conversion de l’ISAtab

26 La gestion des données et métadonnées
ISA EMME suite ISA tools : isacreator Création de l’ISArchive

27 pour analyser et partager les données
L’analyse de données Rechercher Explorer Uploader Analyser Visualiser Vérifier Publier Reviewer Questionner Discuter Collaborer GALAXY by GenOuest pour analyser et partager les données Informations 22729 jobs 105 utilisateurs Plus de 800 outils -NGS -Génomique des populations -Génétique quantitative -Protéomique -Nombreux utilitaires -…

28 Galaxy by GenOuest : Traitement de l’ISArchive
L’analyse de données Galaxy by GenOuest : Traitement de l’ISArchive Upload de l’ISArchive

29 Un début de structuration e-Science?
Galaxy by GenOuest : Récupération des données Téléchargement des données brutes pointées par les URL

30 Un début de structuration e-Science?
Galaxy by GenOuest : workflow Présentation du workflow

31 Un début de structuration e-Science?
Galaxy by GenOuest : workflow Sélection des fichiers et paramètres d’entrée du workflow

32 Un début de structuration e-Science?
Galaxy by GenOuest : Analyse des données Exécution du workflow

33 Buts Pour les scientifiques en sciences de la vie et environnement
Optimiser son temps (programmation vs compréhension) Préserver (données et processus analytiques) Accéder, partager et visualiser de n’importe où Une aide à la gestion de projet … Pour les développeurs Faciliter l’utilisation des outils : Bioinfo Recherche Service Accélérer la mise en production Pour la gestion des infrastructures Optimiser l’utilisation (stockage, calcul et réseaux…) Infrastructure pour la donnée infastructure de données

34 Merci de votre attention
Entrée du VRE : Olivier Collin Cyril Monjeaud Référence : Y. Le Bras et al. Towards a Life Sciences Virtual Research Environment : an e-Science initiative in Western France. JOBIM 2013. Le groupe Symbiose IRISA/INRIA GenOuest-Dyliss-Genscale La plate-forme Bio-informatique GenOuest -Les limites d'1 communauté ne sont pas arrêtées en fonction de notions de tailles mais bien d'objectifs communs à atteindre et donc de processus et .... - Ainsi, des communautés peuvent se former à différents niveaux d'abstraction, que ce soit pour l'hypoxie du flet par exemple ou plus meta comme l'utilisation de la génomique en écologie, mais aussi avec un nombre d'action et / ou type de taches différent à accomplir, uniquement aboutir a la creation de 3 outils d'analyse et d'1 workflow utilisable par la communauté, ou faire de la veille sur un sujet particuliers..... Cette communauté peut utiliser des outils d analyse via les portails proposés et / ou proposer d'enrichir le "catalogue" d outils proposé et / ou de proposer des evolutions des logiciels et autres....  Il y a ainsi un va et vient entre communauté et outils, rien n'est fixe et vous pouvez faire evoluer les choses. On propose aujourd hui, ds le cadre de ce projet preparatoire, de tester les outils deja mis en place, en profitant de l environnement proposé par la pf genouest, de tester l'application de ces concepts e-science sur un nombre restreint de communauté ciblés, afin de posséder des infos essentielles pour un futur passage a l'echelle dans le cadre par exemple de la mise en place d un centre eScience. Pour cela, on veut des gens de Brest! L ideal serait d'avoir une communauté a un assez haut niveau meta, un peu transversale au niveau thematique et egalement regroupant des equipes de recherches distribuees sur le territoire (brest et rennes, ecologie et genomique?) et aussi une communauté bien plus ciblée et restreinte (archés extremophile). Projet INCa NGS Rennes : Génomique fonctionnelle intégrée et biomarqueurs -Marie de Tayrac -Jean Mosser Génétique Somatique des Cancers -Alexandra LESPAGNOL -Birama NDIAYE Plateforme Génomique Santé Biogenouest -Marc AUBRY