Infections gastro-intestinales bactériennes

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1 Infections gastro-intestinales bactériennes
Infections gastro-intestinales bactériennes. Toxi-infections alimentaires. L3 D.Thomas

2 Gastrite à Helicobacter pylori = Hp
Définition d’ 1 gastrite : (J.C. Delchier; Hôpital Henri Mondor, Créteil) pr le malade : gastrite = douleur épigastrique. pr l’endoscopiste : gastrite = anomalie muqueuse superficielle. pr l’histologiste : gastrite = maladie inflammatoire de la muqueuse. Classification : * gastrite aiguë * gastrite chronique Symptômes – Etiologies – Diagnostic- Traitement des gastrites : cf cours de gastro seule sera traitée la gastrite à Helicobacter pylori.

3 Gastrite à Helicobacter pylori: endoscopie
Endoscopic pictures of the stomach and duodenum. (a) Erythema of the gastric antrum. This appearance correlates poorly with histologic gastritis and may be a normal finding. (b) Duodenal ulceration. (c) Gastric ulcer. Note the clot in the base indicating recent bleeding and high risk of rebleed and the endoscope entering the stomach through the cardia. Infectious Diseases - D. Armstrong & J. Cohen, Eds

4 Helicobacter pylori BGN, forme spiralée ou incurvée, microaérophile, adapté à la vie ds le mucus. Découverte récente (1982) Marshall et Warren. Maladies associées * lésion de base de l'infection à H. pylori = gastrite ** survient toujours quand H. pylori est présent. ** peut persister des décennies, voire toute la vie du sujet sauf si traitement intercurrent. ** pas forcément symptomatique. ** peut évoluer vers les maladies suivantes :

5 * Maladie ulcéreuse ** dans ~ 5% des cas l 'infection à H. pylori peut évoluer → maladie ulcéreuse (autrefois considérée d'origine psychosomatique). ** fragilisation de la muqueuse qui → S à l'acide. ** éradication de H. pylori ⇒ guérison de la maladie. * Cancer gastrique ** infection à H. pylori = 1ère infection bactérienne associée au développement de cancers chez l'homme. ** gastrite →carcinome gastrique <1% des cas. ** évolution après plusieurs décennies ** = 2ème cause de mortalité par cancer dans le monde. ** le lymphome du MALT (Mucosa Associated Lymphoid Tissue) (autre cancer de l'estomac, encore plus rare) : pronostic transformé depuis la connaissance de H. pylori.

6 Epidémiologie * H. pylori = bie strictement humaine * transmise aux enfants en bas âge essentiellement dans le milieu familial. * transmission par liquide gastrique dans les pays développés (suite à vomissement ou régurgitations) + voie oro-fécale ds les pays en dvpt. * prévalence de l'infection :dépend du niveau socio-économique. * en France : 20 à 25% des adultes sont infectés ( la prévalence ↑de 20 à 70 ans).

7 Physiopathologie * H. pylori → réaction inflammatoire chez l'homme. * La bactérie traverse la couche de mucus et vient se fixer sur les cellules épithéliales. * activation polys, macrophages. * libération de cytokines pro-inflammatoires.

8 Diagnostic * Le Groupe d'Etudes Français des Helicobacter (GEFH) a recommandé le dépistage de H. pylori et l'éradication chez toutes les personnes infectées afin de prévenir la survenue des cancers gastriques. * Cette recherche de la présence de H. pylori doit être systématique chez les personnes à risque élevé: - les malades ayant un ulcère prouvé - les malades ayant eu une gastrectomie partielle pour cancer - les parents du premier degré de malades ayant un cancer gastrique - les malades ayant des lésions prénéoplasiques (gastrite atrophique…) - les malades ayant un lymphome du MALT (Mucosa Associated Lymphoid Tissue), tumeur rare susceptible de régresser après traitement anti H. pylori.

9 méthodes utilisables :
* méthodes non invasives le test respiratoire, la recherche d'antigènes dans les selles la sérologie * méthode invasive la biopsie (méthode invasive). 1 - test respiratoire (= analyse de l'air expiré) consiste à faire absorber au patient de l'urée marquée au carbone 13 ou 12, puis à rechercher la présence ou l'absence de l'isotope dans le gaz carbonique expiré. fiabilité > 98 % avantage : rechercher de la bactérie dans la totalité de l'estomac utile au dépistage; peut également être utilisé pour contrôler l'efficacité du traitement

10 2 - recherche d'antigènes dans les selles.
intérêt indéniable sensibilité = 96 %, spécificité = 93 % valeurs prédictives positive de 92 % et négative de 96 %. ImmunoCard 3 – sérologie utile en dépistage mais cependant réservée à des laboratoires spécialisés. technique la plus utilisée = ELISA

11 4 - La méthode invasive = biopsies (surtt niv. antre et fundus)
lors d'une endoscopie. L’ idéal = 3 biopsies * 1ère → ana-path. coloration de Warthin Starry * 2ème → test rapide à l'urée * 3ème → cultures au laboratoire.

12 Cultures 3ème biopsie broyée avec du bouillon nutritif (0,3 ml) dans un appareil de Potter et ensemencée: - sur une gélose sélective Helicobacter pylori (PYL)(bioMérieux) - sur une gélose Columbia/Brucella/Wilkins Chalgren à 10% de sang de cheval. Les boites sont placées en atmosphère microaérophile (10% de C02) et examinées après 4 jours, puis tous les 3-4 jours pendant 15 jours.

13 si + :apparition de colonies translucides, non pigmentées et d'un diamètre de 1 mm.
identification : morhologie, uréase +++, bioch. (API Campy).

14 Les souches peuvent être adressées au Centre National de Référence (CNR) à l'adresse suivante: Les méthodes moléculaires telles amplification génique (PCR) suivie ou non d'un séquençage sont peu utilisées dans la recherche directe ou après culture.

15 Traitement - Sensibilité aux antibiotiques
- trithérapie de 7 jours associant un inhibiteur puissant de l'acidité gastrique (inhibiteur de la pompe à protons à double dose) et deux antibiotiques, le plus souvent l'amoxicilline et la clarithromycine (macrolide) ou encore le métronidazole, si possible guidé par l'antibiogramme. - bactérie éradiquée dans plus de 70 % des cas après un premier traitement. Les facteurs d'échec sont : résistance à la clarithromycine retrouvée dans 12 à 14 % des cas, mauvaise observance du traitement, âge < 50 ans et tabagisme. - Après un traitement de deuxième ligne, 90 % des patients sont guéris de leur infection. 2 - Antibiogramme pr rech de R acquise * Amox pas de R décrite * macrolides (érythromycine, azithro R 10-20%) * imidazoles R élevée > 30% Docteur J. Raymond (Groupe hospitalier Cochin-Saint-Vincent de Paul, Faculté de Médecine Cochin-Port-Royal, Université Paris V)

16 Gastro-entérites bactériennes
Les gastro-entérites bactériennes sont moins fréquentes mais plus sévères que les gastro-entérites virales. * gastro-entérite = infection inflammatoire de l’appareil digestif, pouvant → nausée, vomissements, crampes abdo., diarrhée, déshydratation, fièvre et céphalées. *diarrhée aiguë (OMS) : émission de plus de 2 selles très molles à liquides / j depuis moins de 14 j ; * colite aiguë qd ∆ ds les 6 sem. suivant le début de la diarrhée. * diarrhées aiguës bactériennes = entérites inflammatoires d'origine infectieuse, atteignant une partie ou de la totalité du tube digestif . * transmission : eau, aliments, plus rarement manuportée.

17 * facteurs de défense de l’organisme
nombreux obstacles à l’ implantation intestinale des bactéries ingérées : ** barrière gastrique très acide ( pH 2-4) détruit 99 % des bactéries ingérés en 30 min. ** mucus et les sécrétions intestinales : mucus → élimination permanente des bies bile et sels biliaires, enzymes pancréatiques… : effets bactéricides, ** motilité intestinale ** flore commensale (compétition). ** GALT (Gut associated lymphoid tissue) = système immunitaire du tube digestif (contact direct avec la flore intestinale).

18 Principaux moyens diagnostiques des colites bactériennes
Pierre Desreumaux Service des Maladies de l’Appareil Digestif et de la Nutrition, CHU Lille Coproculture Coprocultures et Culture de biopsies coliques standard milieux sélectifs sur milieux sélectifs Salmonella Shigella Campylobacter ± Yersinia ± Clostridium Toxines de Clostridium Klebsiella oxytoca E. coli O157:H

19 Diarrhées aiguës bactériennes
classées en 3 catégories : - diarrhées dont les manifestations ← implantation de la bie au sein de l'écosystème digestif. - les intoxications alimentaires. - diarrhées ← ttt ATB.

20 1 – diarrhées aiguës bactériennes
1-1 : physiopathologie classiquement 2 gpes : * bies entérotoxinogènes : colonisent la muq. de l'intestin grêle sans l'envahir grâce à des facteurs d'attachement. → toxines qui se fixent spécifiquement sur les ¢ de la muq. et → hypersécrétion d'eau et d'électrolytes. → diarrhée essentiellement aqueuse, sans leucocytes ni mucus, le plus svt sans fièvre. pvt être graves si déshydratation +++. bactéries responsables : Vibrio cholerae , Escherichia coli entérotoxinogènes (ETEC), certains Staphylocoques entéropathogènes. = tableau du syndrome cholérique

21 * bactéries entéro invasives :
 le germe (type Shigella) envahit les CE et s’ y  jusqu’ à leur destruction.  lésions de la muqueuse s’ étendent de proche en proche et  réaction inflammatoire intense  présence de sang et de glaires ds les selles  les lésions siègent d’ abord sur le grêle puis sur le colon. bactéries responsables : Shigella et les Escherichia coli entéro- invasifs (ECEI). → diarrhées svt fébriles. → les hémocultures peuvent être positives. = tableau du syndrome dysentérique. Rq : cert. germes possèdent à la fois un pouvoir d'invasion et un pouvoir toxinogène ex : Salmonella  classification en cours de remaniement.

22 * bies resp. de diarrhées aiguës :
Salmonella, Shigella, Yersinia enterocolitica, Campylobacter, Escherichia coli entérotoxinoqènes (ETEC), Escherichia coli entéropathoqènes (EPEC), Escherichia coli entéro-invasifs (EIEC), Escherichia coli entérohémorraqiques (EHEC), Escherichia coli entéroagréqants et entéroadhérents, Vibrio cholerae. 1 – 2 : Traitement antibiotique * pas toujours nécessaire. * guidé, si possible, par la mise en évidence de l'agent pathogène. * indiqué ds cert. conditions : tableau clinique grave syndrome dysentérique présence de certaines pathologies. * buts : abréger l'évolution des symptômes limiter le risque de dissémination éviter les complications en cas de bactériémie.

23 2 – Les intoxications alimentaires
svt collectives = TIAC (Toxi Infections Alimentaires Collectives). * Définition d’une TIAC : apparition au même moment de troubles digestifs ou neurologiques similaires chez au moins 2 personnes ayant consommé un repas en commun. * Les TIAC sont fréquentes 662 foyers en 2008, 9200 personnes. * En général bénignes 11% d’hospitalisation et 0,1% de décès. * A déclaration obligatoire aux autorités sanitaires départementales et centralisation à l’InVS (sous-déclaration importante)

24 * Lieu de survenue - restauration collective 60% (dont 28% en milieu scolaire) - restauration familiale 40% * Agents responsables - identifié dans les prélèvements humains ou alimentaires 57% - suspecté à partir des données cliniques ou épidémiologiques 33%

25 Détails des foyers de TIAC déclarés, France,2008. (InVS)
Agents Foyers Cas Hospi. Décès Salmonella dont Enteritidis Typhimurium 132 30 62 827 299 247 164 60 66 Staphylococcus aureus 39 533 49 Clostridium perfringens 14 362 1 Bacillus cereus 15 330 5 Campylobacter 11 92 Shigella 7

26 Principaux agents desTIAC
Germes Réservoir Aliments incriminés Incub. Signes cliniques Salmonella (invasif) Tt le monde animal Œufs+++ volailles et produits crus d'origine animale 12-36 h nausées, ± fièvre, vomissements Σd dysentérique S.aureus (toxine) Humain Contamination par porteur sain (rhino pharynx) ou plaies produits laitiers et plats ayant subi des manipulations importantes 2 à 4 h Vomissements, diarrhée liquide profuse non fébrile C.perfringens (toxine) Ubiquitaire, plats mixés. produits cuits (viandes en sauce)↔95% des cas 9 à 15 h coliques et diarrhée aqueuse parfois fébrile B. cereus Ubiquitaire Riz, purée, légumes germés (soja) 1-6h ← 6-16h ← Forme émétisante Diarrhée aqueuse, profuse Campylo. Animal (volailles) volailles 2 à 5 j Σddysentériforme,fièvre Shigella essentiellement humain les oeufs, I'eau, les crudités 48 h Vomissements, hyperthermie et Σd dysentérique

27 3 - Les diarrhées infectieuses après traitement antibiotique
* ttt ATB → diarrhées ds 30 % des cas. * le + svtL bénignes * ds cert. circonstances, perturbations de l'écologie de la flore → émergence d'agents infectieux pathogènes dont le plus important est Clostridium difficile.

28 ESCHERICHIA COLI I – Taxonomie Famille : Enterobacteriaceae Genre Escherichia Espèce type : E .coli Autres espèces (incidence faible 1%) : * E. hermanii * E. vulneris * E. fergusonii

29 II – Habitat – Pouvoir pathogène
→ commensale TD espèce dominante flore aérobie : 107–108/g de selles chez l’adulte. → bon indicateur de pollution fécale → pouvoir patho. important et varié : infections intestinales et extra- intestinales : IU , suppurations diverses, méningites et septicémies… → les souches pathogènes ont des ptés spécifiques (toxines, facteurs de colonisation….) qui permettent de les regrouper dans des « pathovars » (= variétés pathogènes). Chaque pathovar est associé à 1 syndrome infectieux spécifique  identifier les pathovars

30 II-1 - E. coli responsables d’infections intestinales
6 pathovars a - EPEC = E.COLI entéropathogènes Autrefois → infections intestinales infantiles graves ds le monde Maintenant → cause importante de diarrhées infantiles ds les gdes villes des pays en voie de dvpt Clinique Apparition brutale Emission de selles aqueuses contenant du mucus ; pas de leucos ni de GR + fréquemment fièvre, malaise, vomissements ( 6 à 18 mois)

31 Pouvoir pathogène *adhésion aux entérocytes de l’ I grêle par fimbriae (= pili) (sous la dépendance d’ 1 gène chromosomique appelé eaf) * puis destruction des microvillosités de la bordure en brosse de l’ entérocyte (lésion sous la dépendance d’ 1 gène chromosomique appelé eae) *12 sérotypes d’ EPEC * il est nécessaire de mettre en évidence les facteurs de pathogénicité (= détection des gènes eae et eaf)

32 b - ETEC = E.COLI entérotoxinogènes
→ principale cause de diarrhées infantiles ds pays en voie de dvpt → fréquemment resp. de la «diarrhée» du voyageur ( « turista ») Clinique Diarrhée liquidienne aiguë ; crampes abdo ; nausée ; fièvre légère Contamination par ingestion de nourriture ou d’eau contaminée. Pouvoir pathogène → adhésion, colonisation des entérocytes → sécrétion de 2 types d’ entérotoxines : * 1 toxine LT, thermolabile ( structure cplexe et ptés très voisines de la toxine cholérique) * 1 toxine ST Recheche des entérotox. par réaction immunologique

33 c- EIEC = E.COLI entéroinvasifs
→ pathogènes pr enfants et adultes → syndrome dysentérique identique à celui ← Shigelles fièvre, diarrhée sanglante et purulente → dose minima infectante = 108 bies ( 102 à 103 pr Sh. dysenteriae) → incidence faible ( diff. à identifier ; confusion possible avec Shigella) Pouvoir pathogène *Invasion et multiplication ds cellules épithéliales du colon *Avant l’ invasion : action d’ 1 entérotoxine et/ou 1 cytotoxine qui → diarrhée

34 d - EHEC = E.COLI entérohémorragiques
→ colites hémorragiques sporadiques ou épidémiques pvt se compliquer (surtt chez l’enfant) d’un syndrome hémolytique urémique (SHU) → IRA → 1ers cas USA (1982) dûs à E. coli O157 : H7 ds viande de hamburgers → actuellement, majorité des souches appartiennent au sérogroupe O157 + rarement O111, O26, O103, O55 et O128.

35 Clinique → symptômes principaux : diarrhée aqueuse suivie d’ 1 colite hémorragique ( crampes abdo + diarrhées sanglantes) ; surtt jeune enfant et vieillard → pas de fièvre → pas de leucocytes ds les selles ( ≠ EIEC ou Shigella) → ds – de 10% des cas : aggravation EG et évolution vers SHU où IRA± purpura thrombocytopénique. → taux de mortalité peut → 35% → séquelles rénales fréquentes et durables.

36 e - E. coli entéroaggrégatifs
Pouvoir pathogène Adhérence des bies aux CE humaines + synthèse d’ exotoxines → les exotoxines st appelées «  Shiga like toxins I et II » SLT-I et SLT-II ou Stx1 et Stx appelées aussi Vérotoxines – VT I et VT II – car action sur les cellules Véro elles pvt diffuser par voie systémique à partir de l’ intestin et ont une affinité particulière pour les cellules du parenchyme rénal. e - E. coli entéroaggrégatifs → diarrhées nourrisson et jeune enfant ds les pays émergents troubles intestinaux identiques EPEC ms plus persistants. f - E. coli à adhésion diffuse

37 II-2 - E. coli responsables d’infections urinaires
→ E.coli responsables de la majorité des IU sur 1 arbre urinaire anatomiquement normal (cystites, pyélites, pyélonéphrites) → appartiennent à cert. sérogpes et ont en majorité des spécificités de l’Ag K (K1, K2, K3, K5 et K12) → pouvoir pathogène : * adhérence aux cellules uroépithéliales grâce à des adhésines * autres facteurs : hémolysines, sidérophores.

38 II- 3 – Autres * septicémies 50% * méningites 4% ( n.nés ; neurochir.) E. coli K1 (= possède l’Ag capsulaire K1) ↔ 80% méningites néonatales et 40% septicémies Ag K1 = polymère d’acide N acétyl neuraminique ayant activité antiphagocytaire importante et 1 communauté Ag avec le polysaccharide B du Méningo (agglutination croisée) contient des facteurs cytotoxiques et nécrotiques. * suppurations abdo. qd appendicites, cholécystites et péritonites. * prostatites * infections ostéoarticulaires * infections nosocomiales (IU, plaies chir, bactériémies)

39 III – Diagnostic biologique.
uniquement direct 1- Prélèvements urines, hémocultures, LCR,selles, suppurations….. 2- Isolement *facile *milieux ordinaires : gélose nutritive, BCP …. *Incubation 18 heures à 37°C E.coli sur GS *Col. Rondes, 2 à 3 mm de diamètre *Autres milieux : Mac Conkey, Drigalski, CLED *Milieux chromogènes E.coli sur BCP E.coli sur mil. chromogène

40 * espèce : caractères biochimiques
3- Identification * espèce : caractères biochimiques Exemple de galerie Api20E, appliquée sur Escherichia coli ou spectrométrie de masse * sérotypes,sérogroupes pas indispensable par agglutination sur lame ( antisérums pr EPEC, EHEC) * recherche de facteurs de pathogénicité

41 IV – Sensibilité aux ATB. Traitement
* Gpe 1 des Entérobactéries * R acquise stable 30 à 50% R Ampi par production d’une βlactamase plasmidique. * Traitement fonction de la localisation : -IU : ATB à bonne diffusion urinaire,dose et durée suffisante. Cystite : ttt court,dose unique - Infections extra-intestinales localisées : en général monothérapie Si méningite ou septicémie : βlactamine+ aminoside - Infections intestinales : base du ttt= réhydratation

42 SALMONELLA I - Considerations taxonomiques * Genre Salmonella phylogénétiquement proche des Escherichia et des Citrobacter. * Hybridations ADN – ADN  2 espèces génomiques ds le genre Salmonella : Salmonella enterica, espèce habituelle. * Salmonella typhi devient Salmonella enterica sous espèce enterica sérotype Typhi ou + simplement Salmonella sérotype Typhi.

43 II - Habitat – Pouvoir pathogène
* st essentiellement des parasites intestinaux des vertébrés. * Sous espèce enterica adaptée aux animaux à sang chaud et à l’ homme * sérotypes strictement humains : ex : Typhi, Paratyphi A, Sendai. L’ homme se contamine par ingestion d’ eau ou d’ aliments contaminés ( contamination fécale d’ origine humaine) Paratyphi A : bactérie importée, non implantée en France. Foyers français de Typhi st de – en – nombreux ; la plupart des cas st importés du Magreb en Sept – Oct. * sérotypes strictement animaux : ex : Abortus-ovis ( ovins) et Gallinarum – Pullorum ( volaille) * sérotypes ubiquistes : ex type = Typhimurium ertains ont 1 prédilection : Hadar, Heidelberg : volailles et homme Dublin : bovins, homme….. Tous st retrouvés ds eaux d’égoût et de S.

44 II- 2 – Pouvoir pathogène.
II-2-1 – la fièvre typhoïde * S. Typhi entre par le tractus digestif. * La +part des bies st inactivées par l’ acidité gastrique. * S. Typhi franchit la barrière épith rapidement (15mn) et massivement.  dégénérescence de qq cellules  trous ds l’épith.  contact avec Ly et macrophages de la sous muqueuse  grossissement plaques de Peyer  douleurs abdo. *Phagocytées par cellules du SRE où × longtemps. *S’ accumulent ds gg lymphatiques, rate, foie, MO. *Qq bies → vésicule biliaire où échappent à tt méca immunitaire *Bile infectée = cause de réinfection continue de l’intestin. *Les Salmonelles survivent ds les macrophages = pal moyen de dissémination extradigestive ( tuées facilement par polys neutros) *incubation : 1 à 2 semaines puis bactériémie et symptômes cliniques *maladie fonction de l’ inoculum *50 à 80 % des cas : excrétion ds selles *il existe des porteurs chroniques (1 an ou +) SEUL L’ HOMME EST INFECTE ( AUCUN ANIMAL )

45 II-2-2 – les autres salmonelloses = entérocolites
*pathogénie mal connue *1 entérotoxine est produite ms n’ explique pas tout. II – Gènes de pathogénicité III - DIAGNOSTIC III-1 – Diagnostic direct III Prélèvements A – typhoïde - sang ( hémocultures ) = pt essentiel - selles ( coprocultures) - occasionnellement ≠ liq. biologiques ( pus, LCR, urine, liq. d’ épanchement)

46 → hémoc POS. 75% des malades 1ère semaine surtt.
il faut faire 3 hémocs à 1 ou 2 jours bies en faible nb ( 1 à 10 /ml)  prélever 10 ml et les diluer au 1/5 ou au 1/10ème. → copro NEG.début 1ère semaine peut rester lgtps POS. ( convalescents, porteurs sains) → ttt ATB ↓ les chances d’ isolement → hémoc + copro = diagnostic ds 90% des cas. B – Salmonelles ubiquistes - selles et autres pts selon le type d’ infection. - si épidémies : recherche ds les aliments

47 la +part des Salmonelles ne st pas exigeantes.
III – Isolement la +part des Salmonelles ne st pas exigeantes. → si prélèvement monomicrobien : (sg, LCR) : milieux ordinaires → pts polymicrobiens ( selles) : milieux sélectifs obligatoires ( ex : SMID) III -1-3 – Identification de l’espèce biochimie, spectro. de masse…. III – 1-4 – Identification du sérotype = déterminations des Ag O et H. = étape indispensable après 1 identification bioch précise ( Ag somatiques communs à plusieurs germes) = réaction d’ agglutination sur lame avec 1 culture humide ( surtt pr AgH)

48 III-2 – Serodiagnostic = WIDAL ET FELIX
* que pr la fièvre typhoïde. *Suspensions standardisées O et H - suspension O et H de S. Typhi TO TH. - suspension O et H de S. para A AO AH. - suspension O et H de S. para B BO BH. * Réactions d’ agglutination en tubes Négatif 1ère semaine de la maladie apparition des Ac antiO → 800 à 1600 puis anti H → 3200 O disparaissent ; H persistent

49 IV - Resistance aux antibiotiques – Traitement
*ATB utilisés ds la fièvre typhoïde : Ampi, Chloramphénicol, Sxt * R au C ( plasmidique) apparue en Inde (1970) * Puis souches R au C et Ampi (Mexique 1972)  utilisation du Sxt * Et souches R C et Sxt (1981) = R plasmidique * 1984 : souches R Ampi, C et Sxt * alternative = fluoroquinolones ms onéreuses pr pays en voie de dvpt et pas utilisables chez les enfants. * S. Typhi reste très sensible aux autres ATB actifs sur les bg- * Les autres Salmonelles : résistance ↑ Ampi, AMC, Sxt, cyclines. * BLSE exceptionnelle * Pb du portage ( enfants, cuisine) . Faut-il traiter ?

50 V - Prophylaxie La prévention repose sur : - surveillance épidémio nationale - réduction de la dissémination - vaccination : obligatoire pr personnes exposées * injection parentérale de bies tuées → TAB : mal toléré, efficacité discutée → nouveau vaccin à base de polysaccharide Vi = Typhim Vi effet protecteur 3 ans,> TAB, uniquement pour Typhi tx de protection = 60% en zone d’ endémie tolérance très bonne * VO vaccin vivant → résultats satisfaisants (Egypte) surtt efficace en zone d’ endémie

51 SHIGELLA I - Taxonomie Famille des Enterobactéries Genre Shigella 4 espèces : * Sh. dysenteriae → 13 sérotypes ou sérovars désignés par des chiffres * Sh. flexneri → 8 sérotypes * Sh. boydii → 18 sérotypes * Sh. sonnei → 1 sérotype Hybridation ADN  espèces des genres Shigella et Escherichia appartiennent au même gpe génomique ⇒ Caractères ≠ Shigella / Escherichia peu nbx ;

52 II - Pouvoir pathogene * bies strictement humaines * Pouvoir invasif caractéristique niveau épithélium colique et rectal = rectocolite inflammatoire aigüe fébrile pvt → syndrome dysentériforme * dose minima infectante = 10 à 100 bies * Invasion et multiplication restent localisées à la couche sup. de l’épithélium  nécrose inflammatoire du colon  formation d’ ulcérations et de micro abcès avec élimination ds les selles de mucus, granulocytes, GR et débris cellulaires. * Pouvoir pathogène= essentiellement pouvoir invasif ± toxine dysentérique ( = cytotoxine)  phénomènes ischémiques et hémorragiques.

53 Clinique → Dysenterie bacillaire = shigellose ← Shigella dysenteriae → entérites infectieuses ← autres espèces *ds les 2 cas : incubation = 1 à 3 jours * début brutal = diarrhée cholériforme , brève en général puis ± syndrome dysentérique. * forme typique : émission quotidienne fréquentes de selles glairo sanglantes + crampes intestinales et ténesmes rectaux. * hyperthermie constante, svt > 39°C. * le + svt : ATB  diarrhée cède en 2-3 jours et peut → constipation sévère * Complications possibles : * digestives ( perforation + péritonite, prolapsus rectal…..) * extradigestives : bactériémies ( 4 à 5 % des cas ), neurologiques ( convulsions chez l’ enfant), SHU.

54 Epidemiologie → Contamination orofécale  enfants < 5 ans surtt atteints (plusieurs millions de cas /an ; mortalité = 10% ) → Endémique ds le monde → Liées aux conditions d’ hygiène III – Diagnostic III - 1 – Prelevements → pendant la phase aiguë → tjrs ds les selles où glaires, mucus et / ou sang → écouvillonnage rectal possible ( jeune enfant, épidémio ) → transport rapide (Shigella S à l’ acidification) R qq heures à +4°C → Hémoc et urocultures pvt être utiles

55 III - 2 – Culture – Isolement
* ED selles → nbx polys neutros Ф invasif et diagnostic ≠ dysenterie amibienne. Svt : flore déséquilibrée avec de très nbx bg- * Géloses sélectives III - 3 – Identification * genre : biochimique (ID32E, API20E, …..), spectro de masse. * espèce par agglutination sur lame avec antisérums puis envoi au CNR.

56 III - 4 – Serodiagnostic * peu de valeur car nbses réactions croisées et  des Ac tardive. * Peut être intéressant pr troubles rhumatismaux sur 2 sérums à 15 jours. IV – Résistance aux ATB – Traitement * En Europe : restent assez S aux ATB des BGN * Ds pays où endémo épidémies : R plasmidique sulfamides, Strepto, cyclines, Chloramphénicol, Ampi. * Ttt = rééquilibration hydroélectrique ± ATB * Si ATB : Sxt, fluoroquinolones ou bétalactamines. * Prophylaxie = hygiène ; il n’ existe pas de vaccin.

57 Yersinia *entérobactéries
* 3 espèces pathogènes pour l'animal et l'homme: **Yersinia enterocolitica **Yersinia pseudotuberculosis ** Yersinia pestis ( bacille de Yersin, 1894) (non traitée ds ce cours) 1 - pouvoir pathogène 1-1 : Yersinia enterocolitica * manifestation clinique la plus commune = entérocolite peut → arthrite réactionnelle ou d'un érythème noueux * adénite mésentérique * septicémie sur terrain débilité * circonstance particulière = choc septique lors d’1 transfusion (Yersinia se multiplie à +4°C)

58 1-2 - Yersinia pseudotuberculosis
* principale manifestation clinique = adénite mésentérique * entérite : + rare. * complication la + fréquente = érythème noueux. 2 - Habitat - épidemiologie 2-1 : Yersinia enterocolitica * très répandue dans la nature * réservoir animal très diversifié * pas de transmission interhumaine 2-2 - Yersinia pseudotuberculosis * → zoonose * contamination de l’homme accidentelle

59 3 - Physiopathologie

60 4 – Diagnostic 4-1 : direct * pts = sang, gg mésentériques ou l'appendice iléo-caecal après intervention chirurgicale, et selles. * culture : délicate. 4-2 : indirect 5 – Sensibilité aux ATB (cf cours ATB) Ttt. chez sujets "à risque": en 1ère intention: fluoroquinolones (ciprofloxacine et ofloxacine), dont les concentrations tissulaires sont élevées et qui sont très actives in vitro.

61 Campylobacter I – Taxonomie * BGN spiralé, microaérophile.
* famille : Campylobacteriaceae * genre : Campylobacter * pales espèces : C.jejuni C. coli C. fetus C. lari C. upsaliensis * habitat = tube digestif, adaptés à la vie ds le mucus. * → à l’origine d’infections, le plus souvent, intestinales.

62 II - Maladies associées
* C. jejuni → infection intestinale : l’entérite à Campylobacter. * symptômes observés =diarrhée, douleur abdominale, ± sang dans les selles + signes généraux (fièvre, asthénie, anorexie) ⇒ pas de ≠ avec les autres infections intestinales. * = 1ère cause des infections intestinales bactériennes, devant les Salmonelles, (pays développés ou en développement). * bactériémie < 1% des cas. * pas de signes de gravité; peut guérir spontanément. * complication post-infectieuse rare (1 pr 1000) mais grave = syndrome de Guillain-Barré (= polyradiculonévrite réversible, pvt laisser des séquelles); survient, en gal, 3 sem. après l’entérite. C. jejuni est à l’origine de 30 à 50% des cas. * C. fetus, → raremt inf. intestinale → bactériémies + localisations 2aires sujets immunodéprimés. .

63 III – Epidémiologie * niche écologique originelle des C. jejuni = TD des oiseaux dont la volaille ⇒ très répandu ds la nature. * transmission : essentiellement d’origine alimentaire. * ne se x pas ds aliments ⇒ cas sporadiques (≠ Salmonelles). * rares épidémies ←lait cru ou eau.

64 * C . jejuni = bie invasive. Mécanisme?
IV – Physiopathologie * C . jejuni = bie invasive. Mécanisme? * C. fetus : rôle de la capsule? V – Diagnostic bactériologique * selles diarrhéiques +++ ou sur demande explicite du clinicien. * ED : polys + bies ( œil expérimenté) * culture : milieux enrichis et sélectifs incubation : enceinte ou jarre microaérobie (5% d’O2) durant 2 jours à 37°C.

65 * identification ** genre - morphologie particulière - tests d'orientation simples catalase + (1) oxydase + (2) ** espèce hydrolyse de l’hippurate (3) : pathognomonique de C. jejuni. API Campy * PCR pr recherche directe ds aliments * ∆ sérologique : intérêt ds Σd Guillain-Barré

66 VI – Sensibilité aux ATB – Traitement
VI – 1 – Antibiogramme * sur GS * Tjrs effectué car ↑ des R * ATB testés : Macrolide : Erythromycine (E)Tétracycline (TE) Fluoroquinolone : Ciprofloxacine (CIP) Aminoglycoside: Gentamicine (GM) Exemple d'une souche de C.coli

67 VI- 2- Traitement curatif
* ATB utilisables pour une entérite peuvent être : un macrolide (< 5% de résistance), une tétracycline (10% de résistance) une fluoroquinolone (30% de résistance). *infections systémiques : pvt être traitées par une association de gentamicine (aucune résistance décrite) +autre ATB (fluoroquinolones, ß-lactamines). Remerciements :Professeur Francis MEGRAUD (Université Victor Ségalen Bordeaux 2)

68 CLOSTRIDIUM BOTULINUM
HISTORIQUE L’ homme a probablement eu affaire à C. botulinum et à ses toxines dès qu’il s’est efforçé de conserver ses aliments 1ers foyers ayant attiré l’attention : au Moyen âge , dus à la consommation de boudin puis conserves de poisson incriminés au XIXè s en Russie et en Scandinavie.  mise en évidence de la toxine puis de la bactérie

69 Habitat – Transmission
* germe tellurique, très répandu ds la nature (terre, végétaux, intestin de nbx ax). * mie rare car ingestion de bies ⇒ pas d’effets. * mie si ingestion d’1 qté suffisante de toxine. * spore→ forme végétative → toxine * toxine thermolabile ⇒ aliment cru dangereux Physiopathologie action de la toxine : SN périphérique → paralysie flasque ( ≠ C.tetani action niv.SNC).

70 Pouvoir pathogène naturel
1 – pour l’animal bovins, ovins, équidés, oiseaux : très touchés. expérimentalement : cobaye = aal de choix; souris, singes, chats, lapins : très S. 2 – pour l’homme svt ptes épidémies familiales ou convives d’1 même repas. 2 -1:le +svt : « intoxination » ← ingestion de toxine préformée. aliments incriminés : *conserves familiales, artisanales (mal stérilisées), viande (porc), jambons fumés, confits, foie gras (botulisme B) * fruits et légumes (USA) (botulisme A) * poissons Canada, Japon, ex URSS.. (botulisme E). ingestion, incubation (8-12h; pt →2 à 3 sem.), invasion (signes digestifs 50% des cas), phase d’état caractérisée par : * troubles moteurs : oculaires, buccopharyngé, oesophagiens, coliques, vésicaux…. * troubles sécrétoires : tarissement des sécrétions ⇒ infections

71 * pas de fièvre, pas d’atteinte CV, pas de trbles de la conscience.
* paramètres biol. LCR ~ N. évolution : le + svt favorable en Fr. ( † 4%) + grave USA († 50-60%) 2 – 2 : toxi-infection + rare. plaies souillées+ gangrène sites d’inj. parentérales

72 Caractères bactériologiques
1 – forme végétative BGP, extrémités arrondies mobile (6 à 20 cils péritriches) non capsulé 2 – spore ovoïde, déformante, subterminale. très thermoR, R aux ATS, aux UV, …. 3 – toxine = substance biol. connue la + active 7 sérotypes ( A à G)

73 Diagnostic biologique du botulisme
1 – recherche de la toxine ds le sérum du malade POS. 2ème j → 2 à 3 sem. intérêt +++ recherche du pr patho. chez la souris et épreuve de l’animal protégé. 2 – ds l’aliment suspect * recherche de la toxine même technique que sérum. * isolement du germe

74 * ttt prophyllactique Traitement
concerne les aliments (préparation, conservation, consommation) * ttt curatif ** symptomatique +++ service de Réa., intubation trachéale, respiration assistée ttt des infections ** ttts spécifiques : efficacité + discutable sérothérapie, anatoxinothérapie

75 CLOSTRIDIUM DIFFICILE
→ = bg+ sporulé ANA isolé en 1935 ( = Bacillus difficilis car difficultés à l’ isoler) → pas de rôle patho attribué à l’ époque → fin années 70 : C. difficile = cause des colites pseudomembraneuses = CPM = pathologie sévère survenant au décours d’1 antibiothérapie → actuellement : on sait qu’il est de loin la principale étiologie des diarrhées après ATBthérapie = DAA = 1ère cause des diarrhées survenant en cours d’ hospitalisation

76 → Emergence d’1 clone épidémique, d’1 souche particulière,
→ Emergence d’1 clone épidémique, d’1 souche particulière, dénommée 027, hyperproductrice de toxines A et B, productrice d’1 toxine binaire ( = toxine ADP ribosylante), et responsable d’infections sévères et épidémiques. → En 2003 : → épidémies nosocomiales sévères USA et Canada → 2005 : Grande Bretagne, Pays-Bas, Belgique → 1ère épidémie signalée CH Valenciennes (Fév-Mars 2006) → nouveau clone : PCR ribotype 078/126 – à surveiller

77 I – Caractères généraux
 BG + sporulé ANA (0.5 à 2m de largeur / 3 à 15 de long), ciliature péritriche parfois.  spores : ovales, subterminales ( rarement terminales), déformantes  en ana se développe facilement sur 1 milieu gélosé CC +sg de cheval 5%  col de 2 à 4 mm après 24h, pvt atteindre 8 à 12 mm après 48h, grises, mates, opaques, fluorescentes en UV, contour irrégulier à la loupe : aspect en «  verre fritté » caractéristique  survie sur gélose très courte en aéro

78  se développe facilement en milieu thioglycolate liquide ou
 se développe facilement en milieu thioglycolate liquide ou légèrement gélosé ( 3 pour 1000) incubation 72h  sporulation maximale si tube hermétiquement fermé : conservation des années à temp. Ambiante.  les souches toxinogènes  2 toxines : toxine A = entérotoxine toxine B = cytotoxine responsables des lésions intestinales

79 II – Habitat → portage digestif asymptomatique de C. difficile * 3% dans la population adulte * peut atteindre 15 à 25% des sujets après un traitement antibiotique ou un séjour dans une unité à forte endémicité. → % des enfants de moins de 2 ans sont colonisés. → commensal chez l'animal (porc).

80 III – Pathologies  C. difficile = * agent des CPM = pathologie aiguë qui affecte la muqueuse du colon et du rectum caractérisée par 1 infiltrat inflammatoire intense et par la présence de fausses membranes fibrineuses adhérentes à la muqueuse * symptôme principal = diarrhée, le + svt aqueuse ou muqueuse, + rarement hémorragique. * C. difficile et ses toxines st retrouvés ds près de % des cas de CPM

81  C. difficile : * également responsable de DAA.
* rectoscopie  pas de lésions typiques de CPM ms des signes de colite aspécifique. *  infections extraintestinales : rarissimes ( 1 arthrite, 1 ostéomyélite, 1 abcès abdo,1 bactériémie) * chez les n. nés et jeunes enfants : situation totalement  qd C. difficile isolé : souches non toxigènes  pas de symptomatologie le portage de souches toxinogènes  ms 1t toxine B. pas de toxine A  pourrait expliquer l’ absence de pathogénicité des cas de CPM et de DAA ont été rapportés chez de jeunes enfants  gde prudence ds l’ interprétation des résultats chez les enfants en bas âge.

82 IV – PHYSIOPATHOLOGIE Les infections provoquées par C. difficile ne se produisent qu’ au terme d’1 séquence d’ évènements particulière 1- Point déclenchant : perturbation de la flore intestinale * soit lors d’ 1 antibiothérapie, soit situation existant d’ office chez le n. né ou enfant où flore en formation * chez l’ adulte : 98% suite à 1 antibiothérapie ms aussi suite à 1 chimio pour K * cas spontanés : rarissimes * flore commensale N protège de façon efficace

83 2 - contamination par C. difficile d’ origine endogène ou exogène
taux de portage faible : 0 à 3%  contamination endogène rare si diarrhée à CD  contamination rapide de l’ environnement vrai surtt en milieu hospitalier effet favorisant de l’ ATB car les spores R très bien à tt ATB dès que  de l’ ATB : spores  formes végétatives et colonisation de l’ intestin 3 - Pathogénicité liée à la production de 2 toxines A et B Gamme de symptomatologie très étendue : cas graves de CPM + parfois choc toxique  diarrhées banales, voire portage asymptomatique ( le + svt n. né ou enfant en bas âge) cas sévères + svt chez personnes âgées

84 V - FACTEURS DE RISQUE 1 - liés au type et à la durée de l’ ATB * peu d’ ATB ne donne pas de diarrhée à C. difficile. * chez l’ homme, 1ère place en fréquence pour les  lactamines ( amox/ampi ; AMC), les CF, clinda, linco à moindre fréquence : fluoroquinolones, macrolides * dose et voie d’ administration : pas d’ influence. * durée du ttt : importante +++ 2 - Facteurs liés à l’ hôte * âge : >65ans et < 6ans * maladie sous jacente grave, affections digestives chroniques, immunosuppression et surtt SIDA, antécédents de DAA, durée hospitalisation * cas groupés et épidémies fréquentes à l’ hôpital ; C. difficile se retrouve ds la chambre d’ 1 malade jusqu’ à 40 j après son départ et déjà 48h après le début de la maladie Spores très R, même aux désinfectants hospitaliers  st source de contamination à long terme

85 VI - FACTEURS DE VIRULENCE
2 toxines A et B de haut PM ( 308 Kda pr tox A et 270 kDa pr la B ) = paux facteurs de virulence. toxine A = entérotoxine toxine B= cytotoxine  chez les rongeurs : seule la A est entérotoxique alors que A et B st toxiques sur les cellules épithéliales du colon humain  sur les modèles animaux : toxine A par VO  infiltration massive de la muqueuse intestinale par des neutros, suivie d’ 1 œdème et d’ ulcérations si blocage de l’ extravasation des neutros  pas d’ inflammation ni de destruction tissulaire  rôle central joué par les neutros  après liaison à 1 récepteur spécifique des cellules de la muqueuse colique, la toxine est internalisée, va inactiver des protéines  altération des filaments d’ actine et altération des jonctions intercellulaires

86  les 2 toxines st cytotoxiques sur de nbses lignées
 les 2 toxines st cytotoxiques sur de nbses lignées cellulaires ms B l’ est 1000 fois + que A  les 2 toxines stimulent la réponse proinflammatoire par les monocytes – macrophages in vitro à faible concentration, elles libèrent IL1, IL6, TNF et IL8 par les monocytes   des souches  aucune des 2 toxines = ne st pas pathogènes  des souches ne produisant que la toxine B ont été décrites : ne st pas pathogènes pr souris et hamster

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88 VII - DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
* recherche des toxines * culture de C. difficile recommandée. ∆ C. difficile = examen inhabituel demandé spécifiquement dans un contexte clinique particulier 1- Prélèvement → C. difficile est recherché à partir des selles liquides (éviter l’écouvillonnage rectal) ou de liquides intestinaux (endoscopie). → Si examen différé, conservation à 4°C. (La conservation à température ambiante ou la congélation à –80°C diminuent notablement l’activité des cytotoxines).

89 2 – Mise en évidence des toxines
* Technique de réf : rech d’1 effet cytopathogène ds 1 filtrat de selles * Sensiblité ++++ : 1pg de toxine B suffisant pr  effet cytopatho * Spécifique : effet neutralisé par 1 antisérum antitox CD ou C. sordelii * Pal inconv : entretien des lignées cellulaires Les cellules les + utilisées ; HeLa, Véro et MRC5 culture normale ballonisation des ¢

90 * Tests immuno-enzymatiques
** tests ELISA ** tests unitaires rapides immuno-enzymatiques ou immuno- chromatographiques détectent soit la toxine A seule soit les toxines A et B au moyen d’anticorps monoclonaux ou polyclonaux. permettent de rendre un résultat en moins de 30 minutes. ** spécificité ELISA bonne (>95%) ** sensibilité varie selon les études (60-90%). Rq : La grande majorité des souches produisent simultanément les toxines A et B. Des souches toxine A- toxine B+ sont maintenant décrites. En France, leur fréquence reste faible (1,5 à 3%). Toutefois, ces souches (délétées dans la partie comportant l’épitope reconnu par les Ac), ne sont pas dépistées par les tests immuno-enzymatiques ne détectant que la toxine A.

91 Exemples d'un test rapide (Triage®) détectant la toxine A (+ à droite) et un antigène bactérien (glutamate déshydrogénase (+ au milieu et à droite).

92 Techniques de biologie moléculaire de + en + performantes et  1
* Techniques de biologie moléculaire de + en + performantes et  1 réponse rapide Ex : Xpert® C. difficile résultat en 30mn 1 insert swab into elution 2 Vortex and dispense sample 3 Insert cartridge reagent vial and break into Port S and start assay

93 3 – Isolement de C. difficile
* ds les selles  milieu CCFA ( Cycloserine ; Cefoxitine ; Fructose ; Agar) : le + utilisé sg de cheval 10% ou jaune d’ œuf  ensemencer directement les selles ; incuber rapidement en ana pdt 36h minimum  les colonies st très fragiles sur milieux solides  faire repiquage ds la ½ h après ouverture de la jarre * dans l’environnement. C. difficile est sous forme sporulée  indispensable d’ ajouter du taurocholate de sodium au milieu de culture.

94 * identification. →Sur CCFA à l’œuf :col jaune dorée ,mate, irrégulière de 2 à 12 mm de diamétre, aspect « verre brisé » à la loupe → Sur CCFA au sang :col grise ,mate Identification possible par galerie type API

95 VIII - TRAITEMENT DAA ou CPM : 1er geste = arrêt de l’antibiothérapie causale si elle a encore cours et si cela ne menace pas le malade cette seule attitude peut être svt suffisante, surtt chez ad. jeune en bonne santé si état général ou symptomato demandent 1 ttt, 2 options st possibles : vanco per os 125 à 500 mg ; 3 à 4 fois/j – 5 à 10 j ou métronidazole 250 – 500 mg 3 fois / j 7 j métronidazole préféré ( vanco  émergence entérocoques R).  les rechutes st très fréquentes et parfois multiples ne st pas dues à 1 R à la vanco ou au métronidazole ms à 1 réinfection par les spores qui st R à tt ATB  administration de Saccharomyces boulardii ( Ultralevure R) très efficace avant et pdt

96 IX - MESURES DE PREVENTION
1 - Précautions de contact Port de gants Lavage/ désinfection des mains Isolement du malade : à discuter 2 - Nettoyage et désinfection de l’ environnement Seule l’ eau de Javel diluée à 2% a montré 1 réelle efficacité pr  le nb de spores ds la chambre de malades infectés. isolement levé qd arrêt de la diarrhée ou qd 2 pts successifs sont négatifs

97 Vibrio cholerae * Le choléra = maladie infectieuse diarrhéique aiguë le + souvent épidémique. endémique en Inde et en Asie du sud-est * → diarrhée violente (10 à 20 selles "eau de riz" par jour) +vomissements * incubation : qq h à qq j. * gravité de la maladie = déshydratation peut → 15 L d'eau / j * rôle du laboratoire de bactériologie est capital * Les souches bactériennes responsables du et appartiennent aux sérovars O1 et O139.

98 Habitat et transmission du choléra
* V. cholerae = bie saprophyte retrouvée dans l’environnement , particulièrement dans les eaux saumâtres des estuaires, les lits des fleuves et au contact du zooplancton (copépodes), des algues marines et des plantes aquatiques dans la plupart des zones côtières des régions tempérées ou tropicales du monde.. peut contaminer les fruits de mer et l’ intestin des poissons. * transmission par VO par les aliments et l'eau de boisson contaminés. Physiopathologie du choléra ∑ diarrhéique ← sécrétion in situ d'une exotoxine protéique qui → fuite d'eau et d'électrolytes.

99 * Prélèvements : selles, vomissements, eau, quelquefois aliments
Diagnostic bacteriologique Il faut 1 demande précise du clinicien = URGENCE * Prélèvements : selles, vomissements, eau, quelquefois aliments milieu de transport ++ * Diagnostic 1/ Examen macroscopique et microscopique selles aqueuses, le plus souvent avec un aspect « eau de riz » souvent présence de BGN incurvé ou non, très mobile (état frais) 2/ Isolement sans et après enrichissement. sur colonies suspectes isolées sur TCBS : rech. d’1agglutination avec les sérums anti-0:1 et anti-0:139.

100 Autres étapes : * Déclaration aux autorités sanitaires qui prendront les mesures nécessaires. * Envoi de la souche, même suspecte, au CNR afin de confirmer le diagnostic bactériologique. Sensibilité aux antibiotiques L'antibiogramme devra inclure les antibiotiques suivants : amoxicilline, tétracycline, sulfamides, cotrimoxazole. Réf : Site de Mirobiologie Professeur P. Berche (UFR Necker-Enfants -Malades).