Outils de visualisation 3D de molécules. Utilisation pédagogique en L1. Olivier ROY.

Présentation au sujet: "Outils de visualisation 3D de molécules. Utilisation pédagogique en L1. Olivier ROY."— Transcription de la présentation:

1 Outils de visualisation 3D de molécules. Utilisation pédagogique en L1. Olivier ROY

2 Contexte L1S1 Chimie: - 8 groupes d’étudiants. - Cours en 2 parties. - Fascicule papier fourni aux étudiants.

3 Documents fournis aux étudiants:

4

5 Documents sur ClaroTICE - Solides cristallinsSolides cristallins - OrbitalesOrbitales

6 www.jmol.orgwww.jmol.org ou http://jmol.sourceforge.net/ Jmol Jmol est un outil de visualisation 3D de molécules (molécules organiques, cristaux, biomolécules) gratuit, open source. JmolApplet est une applet pour navigateur web qui peut être intégrée dans des pages web. L'application Jmol est une application Java indépendante qui fonctionne sur le bureau. JmolViewer est un kit de développement qui peut être intégré dans d'autres applications Java.

7 http://jmol.sourceforge.net/demo/animation/ Animation du cyclohexane: Exemple d’utilisation: Biomolécules: http://biomodel.uah.es/en/model4/dna_fr/dnapairs.htm

8 - Pages HTML comportant des commandes javascript jmol.js: http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/ http://www.callutheran.edu/Academic_Programs/Departments/BioDev/omm/scripting/molmast.htm - Fichier de données des molécules: CIF/mmCIF - standard de l'Union Internationale de Cristallographie CML - Chemical Markup Language GAMESS - Gordon Research Group, Iowa State University Gaussian 94/98/03 - Gaussian, Inc. Ghemical HIN - HyperChem from Hypercube, Inc. Jaguar - Schrodinger, LLC MOL/SDF - MDL Information Systems, Inc. MOPAC 93/97/2002 - Schrodinger, LLC PDB - Protein Data Bank Q-Chem - Q-Chem, Inc. SHELX Spartan - Wavefunction, Inc. NWChem XYZ

9 Fichier.pdb REMARK 4 hali COMPLIES WITH FORMAT V. 2.0 CRYST1 5.640 5.640 5.640 90.00 90.00 90.00 P 1 SCALE1 0.17730 0.00000 0.00000 0.00000 SCALE2 0.00000 0.17730 0.00000 0.00000 SCALE3 0.00000 0.00000 0.17730 0.00000 HETATM 1 CL1 UNK 0 0.000 0.000 0.000 1.00 0.00 CL1- HETATM 15 NA1 UNK 0 2.820 2.820 2.820 1.00 0.00 NA1+ HETATM 2 CL1 UNK 0 0.000 2.820 2.820 1.00 0.00 CL1- HETATM 16 NA1 UNK 0 2.820 0.000 0.000 1.00 0.00 NA1+ HETATM 3 CL1 UNK 0 2.820 0.000 2.820 1.00 0.00 CL1- HETATM 17 NA1 UNK 0 0.000 2.820 0.000 1.00 0.00 NA1+ HETATM 4 CL1 UNK 0 2.820 2.820 0.000 1.00 0.00 CL1- HETATM 18 NA1 UNK 0 0.000 0.000 2.820 1.00 0.00 NA1+ HETATM 5 CL1 UNK 0 0.000 0.000 5.640 1.00 0.00 CL1- HETATM 19 NA1 UNK 0 2.820 0.000 5.640 1.00 0.00 NA1+ HETATM 20 NA1 UNK 0 0.000 2.820 5.640 1.00 0.00 NA1+ HETATM 6 CL1 UNK 0 2.820 2.820 5.640 1.00 0.00 CL1- HETATM 7 CL1 UNK 0 0.000 5.640 0.000 1.00 0.00 CL1- HETATM 21 NA1 UNK 0 2.820 5.640 0.000 1.00 0.00 NA1+ HETATM 8 CL1 UNK 0 2.820 5.640 2.820 1.00 0.00 CL1- HETATM 22 NA1 UNK 0 0.000 5.640 2.820 1.00 0.00 NA1+ HETATM 9 CL1 UNK 0 0.000 5.640 5.640 1.00 0.00 CL1- HETATM 23 NA1 UNK 0 2.820 5.640 5.640 1.00 0.00 NA1+ HETATM 10 CL1 UNK 0 5.640 0.000 0.000 1.00 0.00 CL1- HETATM 11 CL1 UNK 0 5.640 2.820 2.820 1.00 0.00 CL1- HETATM 24 NA1 UNK 0 5.640 2.820 0.000 1.00 0.00 NA1+ HETATM 25 NA1 UNK 0 5.640 0.000 2.820 1.00 0.00 NA1+ HETATM 12 CL1 UNK 0 5.640 0.000 5.640 1.00 0.00 CL1- HETATM 25 NA1 UNK 0 5.640 2.820 5.640 1.00 0.00 NA1+ HETATM 13 CL1 UNK 0 5.640 5.640 0.000 1.00 0.00 CL1- HETATM 27 NA1 UNK 0 5.640 5.640 2.820 1.00 0.00 NA1+ HETATM 14 CL1 UNK 0 5.640 5.640 5.640 1.00 0.00 CL1- HETATM 28 NA1 UNK 0 -2.820 2.820 2.820 1.00 0.00 NA1+ TER 29 UNK 0 END

10 Apport pédagogique: - Meilleure visualisation des molécules: - couleur - rotation - taille modèle-réelle - Utilisateur guidé - Libre manipulation, interactivité - Ludique  Meilleure compréhension de la théorie

11 Points négatifs - 3 enseignants sur 8 utilisent les documents directement en cours. - Sur 16 enseignants participants de l’équipe pédagogique 1 sur 2 n’a pas consulté ClaroTICE - Les groupes d’étudiants des enseignants non utilisateurs sont moins sensibilisés. - Peu de questions sur le Forum. Points positifs - Bon retour vis-à-vis des étudiants. - Plusieurs visites. - Demandes de mise à disposition d’autres documents.