17 fevrier 2010 – MobyleNet – Un poisson pilote dans l'océan des web- services BioMoby Sébastien Carrere INRA-CNRS Laboratoire.

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1 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr Un poisson pilote dans l'océan des web- services BioMoby Sébastien Carrere INRA-CNRS Laboratoire des Interactions Plantes Micro-organismes (LIPM) BP 52627 31326 Castanet Tolosan Cedex, France

2 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr BioMoby ► Découverte de services  annuaire MOBY-Central  ontologie des interfaces et des services ► API JAVA/Perl/Python ► Services paramétrables Client MOBY Central Fournisseur ServicesDescriptions enregistrement exécution recherche

3 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr BioMoby: piliers ► Ontologies  Namespace ontology: de quelles données parlons-nous ?  Object ontology: comment ces données sont-elles représentées ?  Service ontology: que puis-je faire avec ces données ? ► Web services BioMoby  quelles ressources pour de tels traitements ?  gestion des erreurs (liées aux données et aux traitements)‏  chaque service est indépendant ► Messages  comment interagir avec un fournisseur ?  SOAP / WSRF ► Annuaire (Central registry )  comment trouver un fournisseur ?

4 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr Clients BioMOBY ► GBrowse_moby (GMOD)‏  Interface web  Outil de découverte  Gestion des paramètres  Pas d’éditeur de workflow ► TAVERNA (myGrid)‏  JAVA  Construction/Exécution de workflows  Très puissant/généraliste (BioMoby + WSDL + SOAPLAB…)‏  Découverte de services  Gestion des paramètres BioMoby  Orienté programmeurs

5 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr REMORA: le poisson pilote de BioMoby  Interface web  Outil de découverte de services  Construction graphique de workflows  Exécution de workflows  Outil de veille  Banque de workflows

6 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr Paramétrage Exécution Email Processus Mes données Construction Resultats Visualisation Sauvegarde du graphe REMORA. Accès illimité aux resultats ou édition/ré-exécution via la section upload Mode Veille Exécution périodique d’un workflow (hebdomadaire, mensuelle)‏ Section Frequently Asked Workflow (FAW)‏ Dépôt de workflows par les utilisateurs. Partage des chaînes de traitements. Mode Hook Destiné aux développeurs. Exécution via une URL d’un web-service/workflow.

7 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr Apport d'un outil tel que Remora Pour les bio-informaticiens: 1. bénéficier de l'expertise d'autres centres de bio-informatique 2. bénéficier de leurs ressources 3. nous concentrer sur le développement des briques élémentaires 4. développer des workflows ré-utilisables 5. guider les biologistes dans leurs demandes Pour les biologistes: 1. gagner en autonomie 2. avoir un “cahier de manip” pour les analyses bio-informatiques 3. partager les chaînes d'analyses (les protocoles)‏ 4. s’affranchir des / faciliter les transformations de formats 5. rejouer facilement des scenarii 6. prospecter, découvrir de nouvelles analyses

8 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr Interface biologistes/informaticiens

9 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr Dans les faits 2006 ~ 100 workflows executes 2007 ~ 500 workflows executes 2008 ~ 2000 workflows executes  Execution en batch / Equipe Tournesol 2009 ~1000 workflows executes  via Portails (bacteria / LeGOO / Narcisse) / FAW 2010 1.5 mois ~120 workflows executes

10 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr Choix de conception ► ► BioMOBY ► ► Itérateur sur les collections ► ► Pas de structure de contrôle / breakpoints Les + ► Gestion des services asynchrones ► Nettoyage des repositories (cache + blacklist) ► FAW + HOOK Les - ► Description des Workflows maison (tentative -> SCUFL abandonnee) ► Pas de systeme de plugin pour rendering / edition ► Pas de systemes de controles / breakpoints / reprise sur erreur ► Pas aussi évident a utiliser que l’on pensait (liste de types …)

11 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr Workflow ML ► ► Coherence des enchainements (ontologie) ► ► Prise en compte des parametres secondaires ► ► Portable (Remora / Mobyle / Galaxy / Taverna) ► ► Compatible BioMOBY Moteur Workflow ► Gérer les collections  Aggregateur / Iterateur ► Execution parallele de branches indépendantes ► Breakpoints ► Executable en ligne de commande (utilisation externe a Mobyle/Remora etc …)

12 17 fevrier 2010 – MobyleNet – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.frMerci http://bioinfo.genotoul.fr/remora REMORA: a pilot in the ocean of BioMoby web-services. Bioinformatics. 2006 22(7):900-1. http://www.biomoby.org BioMOBY: an open-source biological web services proposal. Wilkinson, MD, Links, M. Briefings in Bioinformatics. 2002 3(4):331-341