Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud Plateforme Bioinformatique GenOuest GUGGO Le Groupe de travail des Utilisateurs de Galaxy dans le Grand Ouest.

Présentation au sujet: "Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud Plateforme Bioinformatique GenOuest GUGGO Le Groupe de travail des Utilisateurs de Galaxy dans le Grand Ouest."— Transcription de la présentation:

1 Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud Plateforme Bioinformatique GenOuest GUGGO Le Groupe de travail des Utilisateurs de Galaxy dans le Grand Ouest

2 LE GROUPE GUGGO Objectifs, historique, composition

3 Fédérer les activités galactiques dans le grand ouest Communiquer sur La mise en place des instances La tenue de formations Echanger avec des utilisateurs Réflexion sur les bonnes pratiques Périmètres des instances Administration système Développement Utilisation Faciliter le partage D’outils au sein des communautés Biogenouest (Bretagne / Pays de la Loire) D’expérience Administration système Développement Utilisation Accélérer les transfert Entre Bioinformatique recherche et service Entre développements et utilisation

4 Historique Pendant le projet fédérateur Biogenouest (2009-2012) Biologie intégrative Demande insistante des scientifiques D’instance de Galaxy De formations Réalisation Ajout du groupe GUGGO Echanger avec des utilisateurs Réflexion sur les bonnes pratiques Périmètres des instances Administration système Développement Utilisation Faciliter le partage D’outils au sein des communautés Biogenouest (Bretagne / Pays de la Loire) D’expérience Administration système Développement Utilisation Accélérer les transfert Entre Bioinformatique recherche et service Entre développements et utilisation

5 Composition GUGGO : Groupe de travail des Utilisateurs de Galaxy Grand Ouest 5 sites Plouzané : Equipe Bioinformatique Ifremer CAPArmor Roscoff : Plateforme IFB-GO ABiMS Rennes : Plateforme IFB-GO GenOuest + INRA BIPAA Nantes : Plateforme IFB-GO BIRD Angers : Equipe Bioinformatique IRHS

6 LE GROUPE GUGGO Actions

7 Une à deux réunions par an Un Tool Shed Plusieurs formations Plouzané : Equipe Ifremer CAPArmor Roscoff : Plateforme IFB-GO ABiMS Rennes : Plateforme IFB-GO GenOuest Rennes : Plateforme INRA BIPAA Nantes : Plateforme IFB-GO BIRD Angers : Equipe Bioinformatique IRHS Un espace d’échange sur eBGO

8 Le Tool Shed GUGGO Toolshed.genouest.org ~Appstore pour Galaxy Dépôt / téléchargement public Téléchargement & installation facilitée Intégration des dépendances, datatypes, workflows,… Transfert accéléré entre dév et utilisation! Mise à disposition Pour les intégrateurs d’outils / administrateurs d’instances Pour les testeurs / « reviewers » d’articles Quelques statistiques 160 outils validés 132 « repositories » 11 « datatypes » de type « custom »

9 Le Tool Shed GUGGO Exemples d’outils NGS : outils colib’read (discoSNP, Takeabreak, Kissplice, Commet, Gassst, Mapsembler, LoRDEC, Obitools, STACKS, …) Métagénomique : Mothur, ngsfilter, flexbar, usearch, … Génétique des populations : Carthagène, Bayescan, Instruct, … Biologie des systèmes : Meneco, Caspo, … Manipulation d’archives : patch archive.zip /.tar.gz requis! Phylogeny : phylipdnadist, phylipdrawtree, phylipprotdist,… Analyse de puce à ADN : boxplot, cluster3, heatmap_correlation, limma, … Quantitative genetics …

10 Les formations au sein de GUGGO

11

12

13 Merci de votre attention Groupe GUGGO sur le hub eBGO https://www.e-biogenouest.org/groups/guggohttps://www.e-biogenouest.org/groups/guggo Les formations https://www.e-biogenouest.org/einfrastructure/educationhttps://www.e-biogenouest.org/einfrastructure/education Prochaine réunion le 7 avril https://www.e-biogenouest.org/events/details/45https://www.e-biogenouest.org/events/details/45

14 Choisissez la suite Sondage www.e-biogenouest.org Sous Google : Taper « eBGO » OU