Décomposition de graphes pour la reconstruction de réseaux phylogénétiques V. Berry (MAB) et C. Paul (VAG, HdR) Candidat AMN : Philippe Gambette (LIAFA)

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1 Décomposition de graphes pour la reconstruction de réseaux phylogénétiques V. Berry (MAB) et C. Paul (VAG, HdR) Candidat AMN : Philippe Gambette (LIAFA)

2 Des arbres aux réseaux phylogénétiques Les réseaux phylogénétiques sont plus expressifs que les arbres en permettant la visualisation : –des transferts horizontaux de gènes, –des recombinaisons ou –des hybridations. De récents résultats utilisent des techniques issues des graphes. Nous étudierons en particulier les méthodes de décomposition.

3 Philippe Gambette: candidat AMN –Stage DEA sur les 2-intervalles avec Habib au LIAFA –Stage de recherche dans le groupe Algorithms for Bioinformatics à l’Université de Tübingen (5 mois) sur le logiciel Splitstree ( http://www.splitstree.org ) C. Paul et V. Berry ont déjà publié ensemble sur des problèmes algorithmiques liés à la phylogénie.

4 Publications récentes Multipolar consensus for phylogenetic trees, C. Bonnard, V. Berry, N. Lartillot, Systematic Biology, in press. Extending the maximum agreement subtree and maximum compatible tree problems to the supertree context. V.Berry, F.Nicolas, Journ. Discrete Algorithms, to appear. From constrained to unconstrained maximum agreement subtree in linear time.V.Berry, Z.S. Peng and H.F. Ting, Algorithmica, in press. Improved parametrized complexity of Maximum Agreement Subtree and Maximum Compatible Tree problems. V.Berry and F. Nicolas, IEEE/ACM Trans. on Comp. Biol. and Bioinf., 3(3), 2006. Fast Computation of Supertrees for Compatible Phylogenies with Nested Taxa. V. Berry, C. Semple, Systematic Biology, 55(2), U108-U126, Apr 2006. On the Approximation of Computing Evolutionary Trees. V.Berry, F.Nicolas, S.Guillemot and C.Paul, COCOON'05: 11th Annual International Conference on Computing and Combinatorics, LNCS 3595, pp. 115-125, 2005. Improved layout of phylogenetic networks. P.Gambette, D.Huson, to appear in TCBB.