Solvent eXtraction Database (SXD):

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1 Solvent eXtraction Database (SXD):
Une base de données pour l’extraction liquide-liquide de métaux Vitaly Solov’ev Institut de Composés Physiologiquement Actifs, Ac. Sci. Russ. Nicolas Sieffert et Alexandre Varnek Laboratoire d’Infochimie, UMR 7551 CNRS, ULP, Strasbourg

2 SXD development Informational content Software Data

3 a Solvent Extraction Database ?
Why one needs a Solvent Extraction Database ? Collection of experimental data using an adequate presentation of extraction system (structures + numbers + tables + graphs + text); Validation of data; An adequate representation of data (IUPAC recommendations); Search and selection of data; Comparison of data; Knowledge acquisition leading to design of new extractants.

4 Sources of Extraction Data in the Literature
Scientific publications, industrial reports, … Handbooks on Solvent Extraction; Bibliographical Databases (Chemical Abstracts, Science Citation Index, Pascal, …)

5 Search with SciFinder Scholar (CAPLUS + CAREGISTRY+CASREACT)
extraction AND metal AND (solvent OR liquid) 9432 publications Number of publications per year The number of publications per language

6 Search with SciFinder Scholar (CAPLUS + CAREGISTRY+CASREACT)
Query 1: extraction AND metal AND (solvent OR liquid) Query 2: extraction AND M AND (solvent OR liquid) M U (UO22+) Am Eu Sr Cs Query 1 500 140 180 120 100 Query 2 1600 570 930 590 610 SEDATA 81 48 91 28 24

7 Databases on Solvent Extraction of Inorganic Compounds
SEPSYS (USA), bibliography only, about 4500 records, (W. J. McDowell, D. C. Michelson, B. A. Moyer and C. F. Coleman (1983), Solvent Extr. Ion Exchange, 1-4) SEDATA (Japan) about records for 82 metal ions, bibliography + SX data, no chemical structures, > 900 papers, – 2003 ( H. Watarai et al., (2000) Solv. Extr. Res. and Develop. Japan, v.7, SXD-Biblio (France, Strasbourg) > records, bibliography, 1946 – 2001 - Comprehensive Solvent eXtraction Database - SXD (France, Strasbourg), 5000 records

8 Handbooks on Solvent Extraction of Inorganic Compounds published in Russia

9 How many publications on extraction data are available ?
SEDATA  extr. equlibria from > 900 publications Our estimates: about documents on extraction chemistry (including Russian and Chinese bibliographic sources, industrial reports, etc.) describing – extraction systems have been published since 1970.

10 SXD « in house »: SXD INTERNET:
Solvent Extraction Database (SXD) tools SXD « in house »: - individual installation, - periodic upgrade (distribution on CD), - no data shared, - development of an individual database SXD INTERNET: - installation on the server, - no software requirements, - « permanent » upgrade, - multi-users functionality, - data are shared, - development of a corporative database

11 Comprehensive Solvent Extraction Database (SXD)
One record per extraction equilibrium (85 fields). It contains bibliography + system description + 2D and 3D structures of extractants + thermodynamic and kinetic data (in textual, numerical and graphical forms). Two of six informational pages of SXD

12 Solvent eXtraction Database (SXD)
Tools for searching and records preparation · Structure-Data-File Editor (2D structures + properties) · MOL Editor (2D structures) · Internal Text Editor · Digitazer (converts a graph represented as image into data table Y=F(X)) · Searching Options (textual and numerical fields) · (Sub) Structural Search (internal 2D editor + searching engine)

13 Solvent Extraction Database
PROJET PARIS 2003 Solvent Extraction Database Logiciels Données expérimentales Architecture « serveur – clients »: le logiciels est installé sur le serveur; les utilisateurs n’utilisent qu’un navigateur WEB on cherche une collaboration avec les PARISiens pour alimenter une base de donnée du GDR PARIS Partage de données parmi plusieurs utilisateurs

14 SXD INTERNET 1. Enregistrement de nouveaux données: 2. Consultation:
- alimentation de SXD en utilisant un formulaire électronique (90 champs) 2. Consultation: - recherche structurale, textuelle, numérique, - filtrage de données, - organisation et comparaison de données; - préparation de rapports, export vers format PDF 3. Administration: - gestion de comptes d’utilisateurs; - validation de données; - modification du contenu de la base.

15  Gestion des fichiers et des utilisateurs
Alimentation, Gestion et utilisation de la base SXD – INTERNET : Stockage des fichiers opérateurs        Opérateurs      Exportation des données sous forme de fichiers, correction si nécessaire. SXD-Internet Base de donnée MySQL SERVEUR Alimentation de la base par l’administrateur si les données sont correctes  Administrateur Vérification des données   Gestion des fichiers et des utilisateurs Version Finale: Alimentation, Gestion et utilisation de la base SXD-INTERNET: Niveau Opérateurs: - Exportation des données sous forme de fichiers, et correction si nécessaire. Niveau Administrateur: - Gestion des utilisateurs autorisés à importer leur données sur le serveur, - Gestion des fichiers, par un contrôle rigoureux des données importées sur le serveur, puis par l’alimentation de la base de donnée de type SQL. Niveau Utilisateurs: - Les Utilisateurs (autorisés à se connecter par l’administrateur) interrogent la base mise en place par un certain nombre de requêtes adaptées.      Utilisateurs       Interrogation de la base

16 SXD INTERNET http://infochimie.u-strasbg.fr/~sxd/pub/
~ 1000 enregistrements

17 Initial treatment of experimental data: from data production to database feeding
eXtended Markup Language / Chemical Markup Language XML / CML Word, Excel, ChemDraw, … Data Publication Records Preparation Verification DataBase

18 Future developments of SXD
Solvent extraction of organic compounds Synergistic extraction Extraction in supercritical CO2 Extraction in ionic liquids

19 Solvent eXtraction Database
Dr Vitaly SOLOVIEV bibliographical DB SXD « in house » Nicolas SIEFFERT Nicolas JOB SXD - INTERNET Olga KLYMCHUK Dr Natalia BUKAR Data collection GDR PARIS Région Alsace