Vue d’Enseble de PubMed

Présentation au sujet: "Vue d’Enseble de PubMed"— Transcription de la présentation:

1 Vue d’Enseble de PubMed
A partir de la page web de HINARI, vous pouvez accéder à PubMed en cliquant sur Chercher dans HINARI texte intégral à l’aide de PubMed plus d’information. Note: Si vous ne vous connectez pas correctement , vous n’aurez pas accès au texte intégral des articles à partir de la base de données de HINARI/PubMed. Dans cette section du Cours, la plus part des diapositives sont explicites. Les commentaires ajoutés en fin de diapositives vont souligner les points saillants.

2 En Octobre 2009, l’affichage de PubMed a été reconfiguré dans un format plus simple et plus intuitif. Souvenez–vous qu’il est nécessaire d’accéder à PubMed en passant par HINARI pour pouvoir accéder au texte intégral des articles dans PubMed. Le point saillant de cette diapositive est qu’il faut se connecter à HINARI/PubMed pour accéder au texte intégral des articles.

3 La bas de la page initiale de PubMed affichée ici contient des liens hypertextes vers de nombreuses bases de données et outils produits par U.S. National Center for Biotechnology Information (NCBI)- Centre National d' Information Biotechnologique des Etats-Unis. Noter que l’option Bookshelf donne accès au texte intégral de nombreux livres électroniques. Beaucoup d’utilisateurs de HINARI s’intéressent aux livres sur la clinique. Ceci est une des ressources de ce type de matériel.

4 La Case de recherche sur PubMed est active
La Case de recherche sur PubMed est active. Saisir vos termes de recherche dans cette case. Dans cet exemple, nous avons saisi le terme de recherche malaria infections AND Africa dans la case de Recherche. Pour lancer cette recherche, cliquez sur le bouton Search.

5 Les résultats de la recherche sont affichés sur le corps de cette page avec les options Format Summary, 20 références par Page et Triès par la date d'ajout la plus récente. Ces options de résultats constituent les options par défaut après chaque recherche. Noter les filtres additionnels pour les articles Free Full Text (Texte intégral gratuit) et HINARI. Cette option a été créée dans la recherche HINARI/PubMed sauvegardée dans My NCBI (voir module 4.5). Parmi les 4237 articles, 2030 sont disponibles via le filtre HINARI et 1717 via le filtre Free full text ( il y’a quelques chevauchements).

6 Nous avons affiché les résultats de la recherche en utilisant le format d’affichage Abstract (que nous allons décrire dans les diapositives suivantes). En cliquant sur l’icône HINARI pour le résultat numéro 2, nous pouvons accéder au texte intégral de l’article. Le concept clé ici est que pour accéder au texte intégral des articles, vous devez afficher le Format Abstract. Vous verrez des icones qui servent de liens vers l’article. Si vous avez des problèmes pour accéder au texte intégral d’un article, retournez à la section 3 pour revoir les différentes étapes de résolution de ce problème ou ouvrez le document ‘Problèmes d’Accès et Solutions (Access Problems et Solutions)’ dans la section ‘Additional Resources (Ressources Additionnelles’ de ce cours.

7 En Août 2010, PubMed a amélioré l’affichage de Abstract
En Août 2010, PubMed a amélioré l’affichage de Abstract . Pour ‘des abstracts structurés’, les en-têtes principaux (BACKGROUND, OBJECTIVE, METHODS, FINDINGS/RESULTS. CONCLUSIONS) apparaissent en début de chaque paragraphe. Notez également que les descripteurs MeSH sont en caractères gras. Approximativement 25% des références de PubMed utilisent ce format.

8 Notez aussi le lien hypertexte vers Free article et Free PMC Article
Notez aussi le lien hypertexte vers Free article et Free PMC Article. En cliquant sur ce lien, vous allez être redirigé vers le format Abstract et vous pourrez accéder au texte intégral.

9 Nous allons modifier le menu de Réglage d’affichage pour les options Format Abstract, 20 Résultats par Page et Affichage selon les dates d'ajout les plus récentes. Pour activer ces options, nous allons cliquer sur le bouton Appliquer.

10 Les options Format Abstract avec 20 résultats par page et Affichage selon les dates d'ajout les plus récentes sont affichées sur la ligne de Réglages d’Affichage au dessus de l’abstract. Noter les filtres Free Full Text et HINARI.

11 Au bas de chaque référence en format Abstract , des informations sur les Types de Publication, Descripteurs MeSH et les Financements peuvent être affichées. Cliquez sur le menu déroulant pour voir ces informations. Dans le mode d’affichage Abstract, vous voyez aussi l’icone pour l’accès au texte intégral de l’article. Dans cet exemple, il s’agit d’un Free Full Text (texte intégral gratuit).

12 Nous revoyons le menu du Réglage d’Affichage et choisissons les options Format Medline, 20 résultats par Page et Affichage selon les plus récemment ajoutés. Pour afficher cliquez sur le bouton Appliquer

13 Noter l’affichage des descripteurs MESH (descripteur matière des spécialités médicales) dans l’option Medline. Ces descripteurs MeSH sont assignés par la National Library of Medicine (Bibliothèque Nationale de Médecine) pour l’indexation dans PubMed. Les termes peuvent être utilisés pour rendre la recherche plus large ou plus précise. Les chapitres MeSH sont aussi les variables utilisées pour les nombreuses options de limites discutées dans la section suivante de ce cours.

14 Nous allons voir le menu déroulant du Réglage d’Affichage pour choisir les options Format Summary, 200 résultats par Page et Selon les dates d'ajout les plus récentes. Pour activer, cliquer sur le bouton Apply.

15 Un nombre plus grand de références par page est utile pour les pays à faible bande passante.

16 Nous visualisons le menu déroulant du Réglage d’Affichage pour les options Format Abstract, 50 résultats par Page et Afficher dans l'ordre alphabétique des titres.

17 En utilisant l’option affichez selon l'option titre, on obtient d’abord les réfrences dont le titre commence par A.

18 A partir du menu déroulant de Envoyez à (Send To), nous pouvons choisir les options Fichier (File), Collections, Commander (Order), Casier (Clipboard), E- mail et Ma Bibliographie. Les options Collections et Ma Bibliographie font partie de MY NCBI.

19 Vous devez cocher les cases sur la gauche des références que vous souhaitez envoyer aux options Fichier, Collections, Commander, Casier, et Ma Bibliographie. Si vous ne cochez pas ces cases, la totalité des résultats va être envoyée aux options choisies. Noter comment PubMed précise le nombre de références cochées

20 A partir du menu déroulant de Envoyer à, nous choisissons File (Créer Fichier), avec les options Abstract (Résumé) et Pub Date (date de publication). Ce sera un document à télécharger à partir de votre navigateur.

21 PubMed affiche un fichier. txt au bas du navigateur
PubMed affiche un fichier .txt au bas du navigateur. Nous allons cliquer sur le Fichier et l’afficher en utilisant Notepad. Note: dans d’autres navigateurs, l’affichage se fait à des endroits différents. Au niveau des différents navigateurs, les fichiers sauvegardés peuvent être à des endroits différents.

22 Nous voyons ici le texte à partir du téléchargement du fichier
Nous voyons ici le texte à partir du téléchargement du fichier .txt en format Notepad. Vous pouvez sauvegarder ce fichier sur votre disque dur, sur une clé USB ou le graver sur un CD-Rom. Une fois sauvegardé, vous pouvez imprimer le document. Si vous êtes dans HINARI/PubMed mais ne disposez pas de temps pour lire le texte intégral des articles , vous pouvez sauvegarder la recherche, et revenir plus tard à HINARI. En utilisant les références de la recherche, vous pouvez chercher les articles à partir du titre des journaux et des numéros de parution.

23 A partir du menu déroulant de Envoyer à (Send To), nous avons choisi E- mail, avec les options Summary et les plus récemment ajoutés. Ce sera un document à envoyer à l’adresse du destinataire que vous aurez saisie.

24 Dans le message en vert, PubMed notifie qu’un a été envoyé à l’adresse du destinataire que vous avez saisie Nous avons discuté des options Envoyez aux Fichier et . D’autres options utiles incluent les options Casier dans lequel PubMed sauvegarde la recherche jusqu’à 8 heures et Collections qui permet de sauvegarder la recherche dans votre compte MY NCBI. MY NCBI sera abordé à la Section 7.

25 Faites les exercices 7-10 du cahier des exercices

26 PubMed Filters From the main HINARI webpage you can access PubMed from the “Find articles” link in the body of the webpage. Click on Search for articles through PubMed (Medline). We will examine the Limits options. From the initial (HINARI) PubMed page, we will run the HIV and pregnancy search and then apply various Limits. Noter aussi les hyperliens vers les options Advanced search (Recherche avancée) et Help (Aide). 26

27 After completion of a search, the default Limits filters are displayed in a left-column frame. We will apply different Filters to the results of the HIV and pregnancy search - a total of citations. We will discuss the Advanced Search tool at the end of the module.

28 Initially we will apply the Publication dates filter
Initially we will apply the Publication dates filter. We have clicked on the 5 years option. This limits the search results to Note the check mark next to Publication Dates section. Also note clear icon. There is a Clear all option at the bottom of the page. If you do not clear your options, they will be applied to future searches.

29 In the Specify Custom Date Range filter, we have entered a six month range (2011/12/15 to 2012/05/15) and clicked on the Apply icon.

30 By using a six month Specify Custom Date Range filter, we 217 citations for HIV AND pregnancy search. Below the results, there is the Filters activated line that includes the Clear all option. The specific Limits Activated is noted with a check mark. We will click on the Clear option to remove this Limit. You also can click on the specific filter.

31 We have cleared all the Limits and the results of the HIV and pregnancy search are the initial number of citations.

32 Displayed is the drop down menu for Languages filters
Displayed is the drop down menu for Languages filters. Note that English is the default language and more than one can be checked.

33 We now will investigate the Article types filters
We now will investigate the Article types filters. The default types are displayed. By clicking on more…, you can display other options.

34 We have clicked on the more… option for Article types and opened the drop down menu. We can add other Article types to use.

35 In the Article types, we have checked the Practice Guidelines and Review options. The results of the HIV and pregnancy search are 2124 citations.

36 We have clicked on Choose additional filters and the drop down menu has been displayed. We will add the Ages option by checking the box and clicking on Apply.

37 By clicking on more… in the Ages filters, all the options are displayed. For the HIV and pregnancy search, we will check the Adolescent: years and Young Adult:19-24 years boxes and click on Apply.

38 Note how the two Ages filters have the check mark and HIV and pregnancy search is reduced to citations. Below the results, there is the Filters activated line that includes the Clear all option.

39 We will view one final additional set of filters by clicking the Search fields box and Apply.

40 A new drop down menu is displayed
A new drop down menu is displayed. We will highlight the Affiliation option and click on Apply. After this filter is activated, we will type WHO in the PubMed search box and click on Search.

41 The results of the WHO affiliation search are 6176 citations
The results of the WHO affiliation search are 6176 citations. In the Abstracts display option, WHO can be located in publisher description.

42 We now will activate the journal Search field filter, enter emerging infectious diseases in the PubMed search box and click on Search.

43 The results of the emerging infectious diseases journal affiliation search are 5870 citations. This search lists the total number of articles from this journal in PubMed.

44 We now will activate the Author Search field filter, enter ribeiro in the PubMed search box and click on Search.

45 The results of the ribeiro author search are 8688 citations
The results of the ribeiro author search are 8688 citations. This search lists the total number of articles by all authors named ribeiro in PubMed.

46 The original HIV and pregnancy search has been displayed
The original HIV and pregnancy search has been displayed. We will discuss the Text availability filters.

47 In this example the Free full text available filter has been activated
In this example the Free full text available filter has been activated. The search results are 2714 citations. This lower number does not include any HINARI citations. Therefore, we recommend not using these filters.

48 Faire les exercices 11-14 du cahier des exercices.
Exercise 11-14 Faire les exercices du cahier des exercices.

49 Recherche Avancée Nous allons à présent utiliser l'option de recherche avancée (Advanced Search) qui permet d'utiliser la fonctionalité du Builder (matrice de recherche) . L' accès à Advanced Search se fait à partir de la première page de PubMed ou de la page des résultats (Search Results ). 49

50 Dans le Advanced Search Builder, nous avons ouvert le menu déroulant des champs ( Fields ). Noter Text Word (mot du texte) et différentes options pour utliser les descripteurs MeSH. Vous pouvez ajouter des termes dans tous les champs ou dans certains champs en les reliant avec les opérateurs Booléens AND, OR, NOT .

51 Nous avons saisi tuberculosis comme Text Words et drug resistance dans les cases recherche du Builder. Nous avons utlisé l'opérateur Booléen AND. Une fois saisi, ces termes apparaissent dans la case au-dessus du Builder.

52 Notez que vous pouvez afficher ou cacher l'index (Index list)
Notez que vous pouvez afficher ou cacher l'index (Index list). Nous avons affiché la liste initiale des termes de l'index pour tuberculosis. Vous pouvez sélectionner n'importe lequel de ces termes dans la case recherche.

53 Nous allons maintenant cliquer sur l'option des descripteurs MeSH (MeSH Terms) dans le Builder et saisir le descripteur developing countries dans la case recherche. Cliquons sur Search.

54 Il y a 132 résultats pour la recherche tuberculosis AND drug resistance AND developing countries . Pour retourner à l'écran de Advanced Search, cliquer sur le lien hypertexte sous la case de recherche de PubMed. Notez dans la boîte Filter your results, qu'il y a 33 artcles en texte intégral gratuit et 49 articles disponibles dans HINARI.

55 Nous sommes retournés sur la page Advanced Search Builder
Nous sommes retournés sur la page Advanced Search Builder. Notez que l'historique de la recherche (Search History) est activé et que notre dernière recherche porte le numéro 1 (#1). Vous pouvez retourner à l'affichage des résultats en cliquant sur le nombre sous Items Found. Dans le Module 4.4, nous discuteron de l'option historique de la recherche (Search History) et comment l'utiliser pour croiser les résultats.

56 Faire l’exercice 15 du cahier d’exercices.