Marqueurs moléculaires pour les études génétiques et taxonomiques

Présentation au sujet: "Marqueurs moléculaires pour les études génétiques et taxonomiques"— Transcription de la présentation:

1 Marqueurs moléculaires pour les études génétiques et taxonomiques
chez les végétaux

2 Spécificité des études génétiques chez les plantes
Hermaphrodisme (fréquent) Clonage possible (bouturage, greffage, in vitro, etc…) Croisements interspécifiques fréquents Systèmes d’auto-incompatibilité Dispersion du pollen, flux de gènes sauvage/cultivé Chez les plantes pérennes (arbre, vigne) Longueur des périodes juvéniles, des générations, des programmes d’hybridation

3 Identification variétale à l’aide de microsatellites chez
les pêchers et les cerisiers

4 Etude du polymorphisme et calcul du pouvoir discriminant
PD No. d’alleles BPPCT 001 BPPCT 002 BPPCT 004 BPPCT 005 BPPCT 006 BPPCT 007 BPPCT 008 BPPCT 009 BPPCT 010 BPPCT 011 BPPCT 012 BPPCT 013 BPPCT 014 BPPCT 015 BPPCT 016 BPPCT 017 BPPCT 018 BPPCT 019 BPPCT 020 BPPCT 021 BPPCT 022 BPPCT 023 BPPCT 024 BPPCT 025 BPPCT 026 BPPCT 027 BPPCT 028 8 5 3 1 6 4 m.p. 2 9 0.85 0.27 0.40 0.00 0.66 0.73 0.69 - 0.26 0.67 0.89 0.76 0.78 0.49 0.21 0.70 0.07 0.58 N 0.71 0.57 0.79 0.48 0.64 0.6 0.63 Pêcher Cerisier No. d’alleles PD No. d’alleles PD

5 BPPCT 028 Merisier Cerisier Pêcher 190 180 170 160 150 140
Amandier x pêcher Prunier Myrobolan Merisier Cerisier Pêcher

6 Cartographie des microsatellites
Carte de référence Prunus : Amandier ‘Texas ‘ x pêcher ‘Earlygold’ (UDP96015) (UDP96018) (UDP98415) (UDP98406) (UDP98416) (UDP98410) (UDP96010) (PS12e2) (UDP98022)

7 Résultats : Pêcher

8 Sélection des microsatellites pour le pêcher
chr PD Nbr d'allele UDP 98022 1 0.82 7 CPPCT 029 1 0.69 6 7 BPPCT 4 CPPCT 5 UDP BPPCT 001 2 0.85 9 UDP 98025 2 0.81 5 BPPCT 007 3 0.73 7 CPPCT 002 3 0.63 2 BPPCT 015 4 0.89 13 CPPCT 005 4 0.77 4 BPPCT 038 5 0.75 10 BPPCT 017 5 0.76 8 BPPCT 025 6 0.70 10 UDP 98407 6 0.82 6 CPPCT 017 7 0.69 6 UDP 98408 7 0.60 2 UDP 96015 8 0.82 8 BPPCT 006 8 0.66 8 Total 111

9 Résultats : Pêcher 283 variétés (12 variétés en commun : INRA, Ctifl, IRTA) - 4 variétés de référence ( Redhaven, Fantasia, Snow Queen,Julie) - 3 prélèvements sur le même arbre pour 3 variétés - 2 arbres différents pour 3 variétés Résultats sur 68 variétés analysées avec les 16 microsatellites (111 allèles) toutes distinguées avec seulement 6 microsatellites (46 allèles) BPPCT001, BPPCT015, BPPCT017, BPPCT025 UDP98025, UDP98407

10 Pêchers BPPCT025 BPPCT001

11 68 PECHERS 16 microsatellites 111 allèles Nei UPGMA Nectarine blanche
Pratt's Compact Redhaven Bradember Summergrand Zairupe Andrus Esja Fantasia Flavortop Ferjalou Fuzador Harko Valandine Clio Redhaven Snow Queen Anita Zainara Minastar Nectared 9 RoyalGold Julie Zaifer Babiole Fairhaven Michelini Summergold 783 Flavorcrest Ferradine Harbrite Harken Grabelle Redtop Maygold Sibelle Symphonie Sundance Desertgold Nectarine Cerise Semis de roussanne Millecoton de la toussaint Tardive du mont d‘or Klamt Merriam Baladin Madame Guilloux Sanguine vineuse Belle impériale Incomparable Guilloux Madame Gired Senateur Cazeneuve Charles Roux Madeleine Blanche Galande Belle de Montelimar Angevine rouge Royale de Barsac Tardive valla Colomba Robin Genadix 7 Amsden Meystar Esgin Sensation Granbo Babygold 5 Nemared Coefficient de similarité 0.03 0.30 0.56 0.83 1.09 68 PECHERS 16 microsatellites 111 allèles Nei UPGMA Nectarine blanche Nectarine jaune Brugnon jaune Pavie jaune Pêche blanche Pêche jaune Pêche rouge

12 obtenus à partir des 283 variétés, analysées avec les 6 microsatellites distinguant les 68 variétés : BPPCT-001, -015, -017, -025 ; UDP98-025, -407 Résultats ▶ Mêmes profils obtenus pour les 12 variétés analysées indépendamment à l’INRA et au Ctifl ▶ 268 (95%) sont distinguées les unes des autres Mutants distingués: Redhaven , Compact Redhaven et Clio ▶ 15 variétés non distinguées: •6 groupes de 2, 1 groupe de 3 et un groupe de 5 •Mutants non distingués: -Royal Gold, Springtime -Summer Lady, Mercil O. Henry, Snow Queen

13 ⇒Jusqu’à leur distinction
Résultats Mise en place d’une stratégie pour l’identification des variétés de Pêcher ▶ Analyse des 6 microsatellites sur l’ensemble des variétés ▶ Discrimination des variétés non distinguées par des microsatellites supplémentaires parmi les 10 microsatellites sélectionnés restant ⇒Jusqu’à leur distinction Microsatellite 1 Microsatellite n Variété 1 Taille allèle 1 Taille allèle 2 Taille allele1 Taille allele2 Variété 2 Variété n Taille allele 2 ▶ Base de données