Service Commun en Biologie

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1 Service Commun en Biologie
Le SERCOBIO, dirigé par Fabrice Martin-Laurent, lie par une convention l ’INRA, l ’Université de Bourgogne, l’INSERM, le CNRS et l’ENSAD. Cette structure gère l ’investissement d’équipements lourds ainsi que leur mise en place et leur fonctionnement dans le cadre de services communs. Le SERCOBIO gère actuellement trois services commun : Centre de Microscopie : CMAB (Claude Imbert) SCME (Silvio Gianinazzi) Service Commun en Cytométrie de Flux (Anabelle Legrand) Service Commun de Séquençage et de Génotypage (Laurent Philippot)

2 Service de Séquençage et de Génotypage

3 Service de Séquençage et de Génotypage
Le SSG c ’est quoi? Dernier service commun du SERCOBIO (début de l’aventure décembre 2000) Le SSG sert à quoi? réalisation de séquences nucléotiques d ’ADN analyse de fragments d ’ADN pour le génotypage quantification de gènes (PCR quantitative) utilisation de filtres et puces à ADN (détection/transcription de gènes) développement de techniques nouvelles d ’études des acides nucléiques participation à l ’enseignement et à la formation permanente

4 Service de Séquençage et de Génotypage
Le SSG c ’est qui? Intervenants du Campus Universitaire Dijonnais  Laboratoire de Malherbologie, INRA Station de Génétique et d’Amélioration des Plantes, INRA UMR 692, INRA-UB, Laboratoire Phytopharmacie UMR BBCE-IPM, INRA-UB, UMR CNRS5561, CNRS-UB, Laboratoire d’Ecologie et d’Evolution UMR MGS, Laboratoire de Microbiologie et Géochimie des Sols  CESG Intervenants « extérieurs » CHU, Faculté de Médecine, Laboratoire de Génétique moléculaire Promogène (start up hébergée par l ’Unité INSERM dirigé par Mr Solari)

5 Service de Séquençage et de Génotypage
Le SSG c ’est quoi pour l ’instant? un séquenceur/génotypeur (Beckman, CEQ2000XL, 2000) deux séquenceurs/génotypeurs de type LICOR (2003, 2004) un lecteur de microarrays Affimetrix (juin 2002) une PCR quantitative ABI7900 Le SSG ce sera quoi à l ’avenir?  2005 un robot pipeteur  2006 un robot extracteur

6 Service de Séquençage et de Génotypage
Les techniques de génotypage  T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism)  Marqueurs micro-satellites (pool-plexage)  AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism Analysis)  A-RISA (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis)  Marqueur SNP (Single Nucleotide Polymorphism)  Tilling Les techniques quantitatives  PCR quantitative SYBRGreen et TaqMan  Lecture de puces à ADN

7 Service de Séquençage et de Génotypage
Comment ça marche ? réservation du séquenceur en ligne via le site web SERCOBIO mise en route, maintenance et gestion des appareils assurés par D BRU (AI MGS),  préparation des échantillons, lancement de l ’analyse, analyse et/ou transfert des données assurés par l ’utilisateur, Le coût du fonctionnement du séquenceur/génotypeurSSG ?  un abonnement de 250 € (HT)/an,  un coût de 2,30 € (HT) par séparation soit 18,40 € (HT) pour 8 échantillons, analyse LICOR coût fonction longueur du gel,

8 Service de Séquençage et de Génotypage
Quelle perspective pour le SSG ? vers une plateforme RIO: réponse appel offre Localisation dans le bâtiment CMSE