17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/1 CSU MIGALE 22 janvier 2008 Mathématique, Informatique et Génome INRA – Jouy-en-Josas.

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1 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/1 CSU PL@ MIGALE 22 janvier 2008 Mathématique, Informatique et Génome INRA – Jouy-en-Josas

2 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/2 –Ressources –Savoir-faire Missions et Activités Mise à disposition de données Mise en ligne doutils Infrastructure de calcul scientifique Formation Conception et développement Assistance, conseil et expertise

3 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/3 Ressources de calcul Serveur principal : topaze –8 processeurs 3.4 ghz –32 Go RAM –4 To disque Cluster de calcul –80 processeurs –160 en février –240 au printemps Architecture INFINIBAND Optimisation des calculs //

4 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/4 Données Moteur de mise à jour –Projet BioMAJ –Collaboration Rennes/Toulouse/Jouy Modifications de larbre /db –http://migale.jouy.inra.fr/actualites/2007/changement-d-arborescence- des-banqueshttp://migale.jouy.inra.fr/actualites/2007/changement-d-arborescence- des-banques Quelles banques ? –http://genome.jouy.inra.fr/banques Politique de mises à jour –Suivre les mises à jour distantes –Sinon toutes les semaines –http://genome.jouy.inra.fr/biomajhttp://genome.jouy.inra.fr/biomaj SRS –Ok en ligne de commande –Problème avec linterface WEB

5 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/5 Outils Tutoriaux –InterproScan –DSEABlast Avenir GCG Koriblast ? Demande doutils // –Version MPI de clustalw : x4 si 4 CPUs Effort sur linterfacage WEB…

6 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/6 Conception et développement Mini-projets Ressources externes : CDD, stages encadrés Formalisation –Cahier des charges –Spécifications HuGut16S : LEPSD + stagiaire –Base de données –Outils –interface WEB PAPSS : BioBac / CDD 3 mois TrafficGPS : BDR / CDD 2 mois

7 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/7 Enquête Site WEB : 13% / 13% / 50 % / 20% Outils / besoins : 80% Banques / besoins : 87% Utilisation cluster : 46% Besoins formations : 86% –Développement & scripting (PERL), –R : manipulation de données… –Présentations des outils disponibles Développement dapplications : 33% Besoin Assistance, Conseil, Expertise : 66% –Aide au choix dun outil => problèmes –Annotation eucaryotes –Analyses de données De quoi avez-vous besoin : 60%

8 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/8 Questions Enquête Faut-il élargir lenquête ? –Liste des utilisateurs Développement de scripts –Aide ou formation ? Quelles sont les ressources disponibles –Comment améliorer la visibilité ?

9 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/9 Démarche qualité 2006 : Démarche qualité centre –Réseau de plateformes 2007 : –Atelier qualité ReNaBi à bordeaux 2007/2008 : –Coaching Ingénieur Mission Qualité –Interaction avec GenOuest, URGI –Juin 2008 : certification ISO9001

10 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/10 Bilan Equipement Lourd 2007 Demande en 2005 Arbitrée pour 2007 : 84 K –Sécurité incendie : 20.043 Système de protection : 14.200 Aménagement des locaux : 13.500 Contrôle daccès : 2.343 –Calcul et stockage: 53.956 Cluster : Blade de 80 CPUs : 28.900 Serveurs : 8700 Stockage : 14.000 + 2.356

11 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/11 Projet 2007/2008 Projet BioMAJ –Ajout de banques –Qualité ++ Projet BioWorkflow –Évaluation des outils et technologies –Test en grandeur réelle –12 mois de CDD ANR PTFV 2007 plateforme –24 mois CDD –Projets de recherche => Portage plateforme MOSAIC et PARIS autour de lannotation de génomes

12 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/12 TODO 2007 Le système SRS devra être fonctionnel pour 01/09/2007. Un message sera envoyé sur la liste user-migale@listes.inra.fr.user-migale@listes.inra.fr –Ligne de commande opérationnel –Utilisé par des utilisateurs –Diffusion non assurée –Problème interface WEB –Version 8.3 dici fin janvier Prévoir pour la prochaine réunion un bilan plus précis de lutilisation de la plateforme (Demande de V. Monnet dans le cadre de la gestion des outils communs sur le centre).

13 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/13 Quelques chiffres 2006/2007 257 utilisateurs identifiés –197 en 2007 Formations : 378 « équivalent » auditeurs 2,5 millions de jobs sur le cluster (3 ans) Budget annuel : de 30 à 150 k

14 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/14

15 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/15 Formations

16 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/16 Nouveaux modules Besoins exprimés –Développement Précisions –BioPerl en complément de PERL –R Aspect statistiques Aspect développement pur –=> 1 +1 jour ? –Présentation des outils/ ressources dispos Comment ?

17 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/17 GCG : Existant 18K euros Les commandes utilisées –Comparaison : clustalw, pileup+pretty, Alignement multiples : Pileup,bestfit, –Dotplot : dotplot –Reformatage –Assemblage : gel*, seqmerge –Recherche de motifs: findpatterns, MEME –Fasta + Blast –Recherche dans les banques : fetch, lookup –Utilitaires: Primer, Map, translate –SEQWEB –Système de liste Contact avec la DSI EMBOSS

18 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/18 GCG : Arrêt Planification –30/06/2008 : plus de support –Arrêt des indexations GCG BLAST et GCG –Licence perpétuelle sur topaze –Les commandes restent accessibles sans garantie de pérennité Accès aux banques –Juin 2008 : Arrêt des indexations GCG BLAST –Juin 2008 : Arrêt des indexations de GenBank et Uniprot sous GCG

19 17/02/2014http://migale.jouy.inra.fr/19 GCG : Perspectives EMBOSS –Tableau déquivalence –Déploiement dune interface WEB Problème de version KoriBlast pour laspect BLAST –Prise de contact –Licences serveurs –Enquête utilisateur ? –Soutien des unités pour orienter le budget GCG ? –Nouvelle démonstration ?