VARIABILITE GENETIQUE

Présentation au sujet: "VARIABILITE GENETIQUE"— Transcription de la présentation:

1 VARIABILITE GENETIQUE

2 la variabilité intra-population
la variabilité inter-populations

3 VARIABILITE GENETIQUE INTRAPOPULATION

4 Paramètres d’étude de la variabilité intra population :
Richesse allèlique Fréquences allèliques Indices de diversité -Taux d’hétérozygotie observé -Taux d’hétérozygotie théorique  -Taux d’hétérozygotie non biaisé 

5 I- Richesse allélique Sensible à la taille de l’échantillon
Nombre d’allèles différents présents dans une population - Pour un locus donné : - Si plusieurs loci : Nombre moyen d’allèle par locus 1 locus ayant 4 formes alléliques Nombre individu=12 Sensible à la taille de l’échantillon Ne tient pas compte de l’abondance La richesse allélique est sensible à la taille de la population : si la population contient beaucoup d’allèles rares, il est nécessaire d’échantillonner un grand nombre d’individus. Il existe d’autres indices de diversité qui prennent en compte les fréquences alléliques. Un allèle rare a le même poids qu’un allèle commun A=4 A=4

6 Nombre total d’allèles
Tableau : Nombre d’allèles pour le microsatellite OarCP34 présents chez les 6 races ovines étudiées. Origine Races Nombre total d’allèles Algérie Hamra 4 Ouled Djellal 6 Taâdmit 5 Rembi Sidaoun D’men algérienne 3

7 II-Estimation des fréquences alléliques
les fréquences alléliques sont calculés à partir des génotypes des individus étudiés dans une population Les fréquences alléliques sont calculées par le logiciel GENETIX 4.03 (Belkhir et al. 2002) 2 x nbr d’animaux homoz pr l’allèle i + nbr d’animaux hétéroz pr l’allèle i Pi= 2N N : nombre total d’animaux typés au locus K

8 Exemple du groupe sanguin MN chez l'homme L’examen de 730 aborigènes australiens a donné les résultats suivants Groupe sanguin Génotype Nombre Fréquence [M] MM 22 0.03 [MN] MN 216 0.30 [N] NN 492 0.67

9 Les fréquences alléliques calculées sont les suivantes:

10 Fréquences alléliques en %
Tableau : Fréquences alléliques pour le microsatellite OarCP34 chez les 6 races ovines étudiées Fréquences alléliques en % Origine Races Allèles en pb 108 110 112 114 116 118 120 Algérie Hamra 12 36 2 50 Ouled Djellal 14.29 23.21 10.71 3.57 25 Taâdmit 15.91 38.64 4.55 36.36 Rembi 40 26 8 20 4 Sidaoun 26.92 30.77 38.46 3.85 D’men algérienne 30 65 5

11 Figure : Histogramme des fréquences alléliques pour le microsatellite OarCP34 dans les 13 races ovines étudiées.

12 III- Indices de diversité
Taux d’hétérozygotie observé Taux d’hétérozygotie théorique  Taux d’hétérozygotie non biaisé 

13 Taux d’hétérozygotie théorique
une valeur théorique qui correspond à l’hétérozygotie de la population, en la supposant à l’EHW. 1k Hth=1-∑ P2ikx i =1 PiKx  est la fréquence de l’allèle i au locus k dans la population x.

14 Taux d’hétérozygotie observé
le rapport du nombre d’animaux hétérozygotes sur le nombre total d’animaux typés pour un locus.

15 Taux d’hétérozygotie non biaisé
Utilisé lorsque le nombre d’animaux testés est faible. Formule logiciel GENETIX 4.03 (Belkhir et al. 2002).

16 Origine Races Nbr d’échantillons Hth Hobs Hnb Algérie Hamra 25 0.6056
En raison du faible nombre d’animaux typés, pour le microsatellite OarCP34 (13 à 30 ADN), nous tiendrons compte des valeurs des taux d’hétérozygotie non biaisés Origine Races Nbr d’échantillons Hth Hobs Hnb Algérie Hamra 25 0.6056 0.6000 0.6180 Ouled Djellal 28 0.7966 0.7857 0.8110 Taâdmit 0.7060 0.8571 0.7188 Rembi 26 0.7330 0.8462 0.7474 Sidaoun 27 0.6811 0.5556 0.6939 D’men algérienne 12 0.5174 0.3333 0.5399