Expertise : la recherche d’informations et de documents

Présentation au sujet: "Expertise : la recherche d’informations et de documents"— Transcription de la présentation:

1 Expertise : la recherche d’informations et de documents
ECOLE NATIONALE VETERINAIRE T O U L O U S E Expertise : la recherche d’informations et de documents PL Toutain UMR 181 Physiopathologie et Toxicologie Expérimentales INRA/ENVT Toulouse, le 28 septembre 2010

2 Qu’est-ce qu’un expert
au sens de la norme AFNOR, « personne dont la compétence, l'indépendance et la probité lui valent d'être formellement reconnue apte à effectuer des travaux d'expertise ». la compétence intègre des savoirs au sens large: savoir (connaissance) savoir-faire (expérience) savoir-être (dimension éthique)

3 Les 3 valences à réunir pour être un expert
Des connaissances validées: Données issues de la recherche et leurs niveaux de preuve Dogmatique Prise en compte de l’intérêt du bénéficiaire (patient, institution, société…) Valeurs, éthique, conflit d’intérêt… De l’expérience du domaine expert cynique Empirique

4 Objectifs de la présentation
Identifier les différents types de sources documentaires et d’informations : sources originales et sources secondaires Connaître les bases, plateformes et portails documentaires Savoir utiliser les outils de recherche documentaire (moteur de recherche pour l’exploration des bases) Dresser une liste de références correctement présentée et indexée Se tenir informé par les flux RSS

5 Comment se maintenir informé, Comment gérer le flot des informations
L’expert clinicien ne peut pas suivre de façon prospective toute la littérature primaire pertinente de son domaine. Il devra, pour l’essentiel, faire appel de façon rétrospective à des outils documentaires adaptés à son budget « temps »

6 Le vocabulaire normalisé en documentation

7 Masse de l’information biomédicale
Plusieurs centaines de milliers d’articles originaux publiés chaque année, dans plusieurs milliers de revues scientifiques et médicales, publiant de quelques dizaines à quelques milliers de pages

8 Une première idée : consulter les périodiques scientifiques

9 Combien de journaux «vétérinaires»?

10 Articles publiés dans l’ «American Journal of Physiology » en 2008:

11 Impossibilité de suivre sa bibliographie en feuilletant les revues et nécessité d’avoir recours à des bases de données et des outils (moteurs de recherche) pour les explorer

12 Base de données (database) définition européenne
Une base de données est « un recueil d'œuvres, de données ou d'autres éléments indépendants, disposés de manière systématique ou méthodique, et individuellement accessibles par des moyens électroniques ou par tout autre moyen » (Art. L al.2 du code de la propriété intellectuelle)

13 Pour s’y retrouver dans les bases de données

14 Les bases de données utiles pour la médecine vétérinaires

15 Les bases de données médicales

16 Les bases de données juridiques

17 Un premier exemple de recherche dans une base de données (Medline) avec PubMed comme outil de recherche

18 Nombre total de références dans PubMed avec « horse » comme mots clés
Beaucoup de ces références ne concernent pas directement le cheval comme animal

19 Nombre de références dans PubMed de «2008» à aujourd’hui avec «horse» comme mots clés

20 Nombre de références dans PubMed de «2008» à aujourd’hui avec «horse» comme mots clés et publiées dans l’ «American Journal of Veterinary Research»

21 Nombre de références dans PubMed de « 2008 » à aujourd’hui avec « horse » comme mot-clé et publiées dans l’ « American Journal of Veterinary Research » avec le mot « dexamethasone » dans le texte

22 Recherche dans les bases
Nécessité de poser les questions de façon appropriée pour ne pas être noyé par le nombre de références et savoir utiliser les filtres

23 Comment utiliser PubMed

24 Types de sources documentaires

25 Types de sources documentaires
Sources primaires (originales) Produites par les auteurs d’un travail de recherche Sources  secondaires  Type  Vulgarisation  d’informations originales Souvent synthèse et simplification, en fonction du lectorat visé (public large, étudiants, découverte du sujet…) Type Méta-analyses et revues systématiques Visant les professionnels , focalisées, informations opérationnelles

26 Sources secondaires de vulgarisation

27 Sources secondaires (vulgarisation)
Articles de formation continue professionnelle Périodiques spécialisés en formation continue Compendium on Continuing Education for the Practicing Veterinarian Veterinary Clinics of North America Encyclopédie médico-chirurgicale (EMC) vétérinaire

28 Sources secondaires: Wikipedia
Informations différentes selon les langues; non validées

29 Les ressources « sœurs » de Wikipedia

30 Le site web d'IVIS propose une large collection d'articles, de comptes rendus, de comptes rendus de conférences (proceedings) et de documents interactifs, ressources particulièrement précieuses pour des étudiants. La newsletter d'IVIS informe nos membres des nouveaux documents publiés sur le site (cliquez ici). Tous les mois nous publions de nouveaux chapitres dans notre bibliothèque qui embrassent une large variété de disciplines et d'espèces (voir " Recent Additions"). Nos publications les plus récentes concernent : - la médecine clinique aviaire - la dermatologie des petits animaux - l'anesthésie et l'analgésie des animaux de compagnie - les maladies des chèvres et - Maladies respiratoires equines Voici nos comptes rendus de conférence les plus récents, disponibles dans la section "Proceedings" : American Association of Equine Practitioners - AAEP American College of Veterinary Pathologists - ACVP American Academy of Veterinary Pharmacology and Therapeutics - AAVPT NAVC - North American Veterinary Conference Italian Association of Equine Veterinarians - SIVE World Buiatrics Congress - WBC Geneva Congress on Equine Surgery and Medicine World Equine Airways Symposium - WEAS European Society of Veterinary Orthopaedics and Traumatology - ESVOT European Association of Veterinary Diagnostic Imaging - EAVDI Canine Cancer Conference: Genes, Dogs, and Cancer Congress of the Italian Association of Companion Animal Veterinarians - SCIVAC WSAVA - World Small Animal Veterinary Association Annual Congress International Congress on Yak et beaucoup d'autres : cliquez ici pour voir la liste complète. Les autres domaines de la bibliothèque d'IVIS recouvrent l'anesthésiologie, la reproduction, la chirurgie, la parasitologie, les maladies infectieuses, l'immunologie, la neurologie, et la la gastroentérologie.

31 Moodle

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33 Sources secondaires: les cours en ligne de l’ENVT

34 Sources secondaires: les cours en ligne de l’ENVT

35 Enseignements et documents relatifs à la documentation et à la communication scientifiques et médicales, depuis l'initiation (A1) jusqu'à l'approfondissement (Internat)

36 Enseignements et documents relatifs à la documentation et à la communication scientifiques et médicales, depuis l'initiation (A1) jusqu'à l'approfondissement (Internat)

37 Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

38 Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

39 Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

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41 Les archives ouvertes de Toulouse

42 Les archives ouvertes de Toulouse

43 Les archives ouvertes Les références de l’Ecole le 22/09/2010 n=941

44 Flux RSS

45 Les thèses vétérinaires sont en libre accès (OATAO pour Toulouse)

46 Sources secondaires: la presse professionnelle
Hebdomadaire d’informations professionnelles vivant à plus de 90% des annonceurs Publicités Publicité rédactionnelle Un site internet associé : Planetevet (accès restreint)

47 Sources secondaires de méta-analyses

48 Sélection de ressources pour l’EBM

49 Revues méthodiques & méta-analyses
Essai 1 Essai 2 Méta-analyse Revue systématique Essai 3 Méta-analyses et revues méthodiques sont réalisées par des spécialistes de ce type de travail et selon une méthodologie formalisée La méta-analyse peut faire appel à des outils statistiques capables de créer de la nouvelle information à partir des documents primaires (ex: rendre significatif des résultats qui individuellement ne l’étaient pas) Essai 4

50 La bibliothèque Cochrane

51 La bibliothèque Cochrane
La Cochrane Library a pour objectif d'assurer la dissémination des résultats des essais cliniques et des méta-analyses par la création d'une base de données évaluant les interventions médicales, préventives et thérapeutiques ainsi que les performances des tests diagnostiques.

52 La bibliothèque Cochrane

53 Caractéristiques de la bibliothèque Cochrane
Pertinente sur le plan clinique Indépendante Actualisée Systématique Revues systématiques et méta-analyse

54 La collaboration Cochrane
Préparer, tenir à jour, et diffuser les revues systématiques sur l'efficacité des thérapeutiques et des stratégies thérapeutiques

55 La collaboration Cochrane

56 L’exploration des bases de données

57 Les ressources du NCBI

58 Les outils d’exploration des bases de données accessibles gratuitement
PubMed Google scholar Scirus Agricola

59 Interface utilisée pour interroger la base Medline
PubMed Interface utilisée pour interroger la base Medline

60 PubMed: une vue générale

61 PubMed: le tutoriel

62 Limiter la recherche Les filtres permettent de limiter la recherche de documents sur certains critères comme les essais cliniques ne portant que sur l’homme ou au contraire des essais portant sur l’animal; pour l’homme on peut sortir les essais portant spécifiquement sur une tranche d’âge, sur des essais publiés entre deux dates etc. Pour appliquer ces limites, cliquez sur LIMITS

63 PubMed: les filtres

64 Pubmed: question sur un thème horse AND lameness

65 Pubmed: question pour un auteur Toutain PL AND antibiotics

66 Pubmed: question Quelles sont les publications de Cat (un auteur) sur les antibiotiques? Cat [AU] AND antibiotics

67 Je cherche un auteur dont le nom commence par Tout… et qui publie en pharmacologie: utilisation du Wildcard *

68 Je cherche un auteur dont le nom commence par Tout… et qui publie à Toulouse

69 PubMed: S’abonner à un flux RSS pour recevoir sur ma boite mail en temps réel les articles de PL Toutain sur les antibiotiques

70 PubMed: Abonnement à un flux RSS

71 Les autres bases de données gérées par PubMed

72 Les autres bases de données gérées par PubMed: les livres

73 Les autres bases de données gérées par PubMed: les substances chimiques

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75 PubMed :systematic review

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77 Google: recherche avancée

78 Google: question horse AND laminitis AND corticosteroids

79 Comment « préparer » une conférence Powerpoint sur le dopage du cheval en quelques minutes

80 Comment « préparer » une conférence Powerpoint sur le dopage du cheval en quelques minutes

81 Google: question & filtre PDF horse AND laminitis AND corticosteroids

82 Google: question & filtre PDF horse AND laminitis AND corticosteroids

83 Les outils Google Conseil: Installer la barre d’outil et visiter « à propos de Google » pour découvrir toutes les bases spécialisées dont « Google Scholar »

84 Google Scholar

85 Google Scholar: Martineau + Pig

86 Google Scholar: recherche avancée

87 Google Scholar: question horse AND laminitis AND corticosteroids & au moins triamcinolone acetonide

88 Scirus

89 HighWire

90 Agricola

91 Les bases et outils payants

92 Le Web Of Knowledge

93 Les bases de données de L’ISI Web Of Knowledge

94 Web Of Knowledge: question horse AND laminitis AND corticosteroids

95 Web Of Knowledge: les bases de données

96 Web Of Knowledge horse AND laminitis AND corticosteroids

97 Web Of Knowledge horse AND 31076 (code postal ENVT)

98 Web Of Knowledge horse AND 31076 (code postal ENVT)

99 Web Of Knowledge que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009 code postal:94700
Exclusion des articles de l’Afssa qui partage le même code postal

100 Web Of Knowledge que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009

101 Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009
Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009? et dans quels champs disciplinaires?

102 Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009 Quels nombre de citations? Quels nombre d’autocitations? Quel H index?

103 Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009 Les publications les plus citées

104 Science Direct

105 Comment se procurer un article original
Quelques revues disponibles gratuitement sur Internet; Souvent mois après parution Sites de journaux accessibles gratuitement Ecrire à l’auteur et demander un tiré à part (adresse internet donnée) Acheter l’article (INIST)

106 Inist

107 Biomedexperts

108 Network pour PL Toutain

109 Network pour Horse

110 Find an expert

111

112 Trouver un expert pour la triamcinolone acetonide key words: chemical & drugs

113 Trouver un expert pour la triamcinolone acetonide

114 Trouver un expert pour la triamcinolone & triamcinolone acetonide

115 Biomedexpert possibilité d’y tenir à jour son CV

116 Préparer une liste de références
Doit comprendre : toutes les sources qui ont été utilisées seulement les sources qui ont été utilisées, c’est-à-dire appelées dans le texte Doit utiliser exclusivement des sources validées Doit être vérifiée avec les publications complètes (jamais à partir d’une autre liste de références, ni d’une base de données et/ou de résumés) Doit donner toutes les indications qui permettent de retrouver la source Doit être ordonnée selon les recommandations de la publication à laquelle elle est destinée

117 Préparer une liste de références
On ne saisit plus ses références (ce qui limite considérablement les erreurs) : on les récupère dans les bases et on les formate au style voulu avec un logiciel type EndNote

118 Votre recherche documentaire
La réponse aux questions fera appel à des sources documentaires de nature scientifique, réglementaire, à des sources grises, ... ainsi qu’à des jugements d’expert

119 Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire

120 Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire Le contexte: Les corticostéroïdes sont classiquement recommandés par voie intra-articulaire (IA) pour le traitement de l’arthrose ostéo-aticulaire (AOA) chez le cheval L’histoire: Un confrère traite depuis 3 mois un trotteur atteint d’AOA en administrant dans l’articulation fémorotibiale une dose de 100 mg de methylprédnisolone acetate (MPA) (Dépomedrol®) tous les 15 jours soit 6 administrations au total ; Le cheval est mis au repos pendant le premier mois du traitement puis reprend l’entraînement ; A la fin du traitement c’est-à-dire après la dernière administration, le confrère rédige une dernière ordonnance sur laquelle il précise que le temps de détection donné récemment par la Fédération Equestre Internationale (FEI) est de 14 jours pour la dose utilisée de MPA;

121 La liste des temps de détection de la FEI

122 Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire Le trotteur participe et gagne 16 jours après la dernière administration de MPA une course en France où il est contrôlé positif; il est condamné, déclassé et doit payer une amende de x € ; de plus il se remet à boiter de façon plus accentuée qu’avant le début du traitement. L’entraîneur se retourne contre son vétérinaire arguant du fait qu’il a bien observé le délai indiqué par le vétérinaire et qu’il a été néanmoins contrôlé positif. De plus il conteste le bien fondé du traitement rendant ce dernier responsable de la dégradation de l’état locomoteur de son cheval. Vous êtes nommé expert dans cette affaire par l’assureur de l’entraîneur.

123 Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire L’assureur de l’entraîneur veut prouver qu’il y a eu une série d’erreurs professionnelles de la part du vétérinaire traitant; il vous demande de donner votre avis sur les points suivants: Les corticostéroïdes ont-ils prouvé leur efficacité dans le traitement des AOA chez le cheval dans le cadre d’essais cliniques contrôlés de terrain? Parmi les corticoïdes utilisables chez le cheval, la MPA était-elle le bon choix, notamment par rapport à la triamcinolone acétonide qui est réputée mieux tolérée par l’articulation du cheval? Était-il possible d’utiliser la triamcinolone acétonide qui n’a pas d’AMM en France pour le cheval alors que le Dépomédrol en a une? En cas de réponse positive à la question précédente, eût-il plus conforme à la réglementation de prescrire du Canitédarol®, une spécialité vétérinaire contenant de la triamcinolone (sous forme de diacétate) et qui a une AMM IA pour chien et chat plutôt que la spécialité humaine de triamcinolone acétonide (Kénacort®) ?

124 Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire Y avait-il un risque de déclencher une fourbure en administrant 12 mg de triamcinolone acétonide dans une articulation chez le cheval tous les 15 jours pendant 3 mois? Le délai d’attente de 14 jours indiqué par le prescripteur sur son ordonnance était-il approprié? Si non, quel aurait dû être ce délai? Pour des questions d’efficacité du traitement, devait-on continuer d’entraîner le cheval ou eût-il été plus judicieux de le laisser au repos? Pouvait-on continuer d’entraîner ce cheval au regard du code des courses alors qu’il était traité par des corticoïdes? Qu’aurait pu faire le prescripteur pour s’assurer que le cheval serait négatif à un contrôle antidopage?

125 II: Les simulations par la méthode de Monte Carlo pour l’aide à la décision

126 Un exemple d’application de la méthode de Monte Carlo : Evaluation de l’efficacité des corticostéroïde en IA chez le cheval

127 Evaluation des CS en IA chez le cheval Question posée aux experts:
Quelle est votre opinion de professionnel sur l’efficacité des CS administrés par voie IA chez le cheval

128 Evaluation des CS en IA chez le cheval : la démarche globale
Sélection des arguments forgeant l’opinion des experts Définition d’un modèle pour pondérer les arguments Proposition par les experts de paramètres pour résoudre le modèle Simulations de MC du modèle avec les paramètres donnés par les experts. Analyse de sensibilité pour identifier les arguments les plus influents dans la construction de l’opinion.

129 Expérience personnelle Données de la littérature
Evaluation des CS en IA chez le cheval: Sélection des arguments forgeant l’opinion des experts Expérience personnelle Données de la littérature Données des firmes pharmaceutiques Opinion des confrères avec lesquels vous en avez discuté

130 La construction d’un modèle d’opinion
On va dire que ce modèle a été validé par les nombreuses recherches menées par GPM sur la construction d’un jugement d’expert; le fait que F3 soit multiplié par F4 traduit le fait que l’opinion de vos confrères est largement influencée par l’industrie pharmaceutique et qu’il y a un lien entre les 2 notes; pour le reste le modèle est additif. On remarquera que F1 est élevé au carré Preuve: plus la note est élevée, plus haut est le niveau de preuve (maximum:38.45) F1: note de certitude 0 à 5 pour votre expérience professionnelle F2: note de 0 à 4 pour la qualité des données de la littérature F3:note de 0 à 3 pour prendre en compte l’opinion de vos confrères F4: note de 0 à 6 pour la qualité des informations données par les firmes pharmaceutiques

131 Résolution du modèle pour calculer le niveau de certitude des experts
Avec des valeurs ponctuelles (moyennes, médiane,…) En considérant l’étendue des valeurs Typiquement pour obtenir 2 scenarii extrêmes (le pire et le meilleur ) Par la méthode de simulation de Monte Carlo Fondé sur des probabilité de distribution Donne la distribution des probabilités du résultat

132 Solutions données par le modèle: Approche déterministe avec des valeurs ponctuelles (moyennes, valeurs extrêmes….) 3 3 4 2 x 6 3 16 1.2599 25.779

133 Fondé sur des probabilité de distribution
Solutions données par le modèle par la méthode de simulation de Monte Carlo Fondé sur des probabilité de distribution Donne la distribution des probabilités du résultat

134 Qu’est ce qu’une simulation par la méthode de Monte Carlo (MCs)
On appelle méthode de simulation de Monte-Carlo toute méthode visant à calculer une valeur numérique, et utilisant des procédés aléatoires, c'est-à-dire des techniques probabilistes Elle permet d’avoir une approche stochastique (statistique) du risque dans une décision (toxicologique ou autre)

135 Qu’est ce qu’une simulation par la méthode de Monte Carlo (MCs)
Modèle Déterministe Modèle stochastique En ne considérant que des valeurs ponctuelles (moyennes) du volume applicable et de la concentration Donne une valeur possible En prenant en compte les distributions du volume applicable et de la concentration (donc de la variance des paramètres & les covariances entre paramètres) Donne la distribution des valeurs probables

136 Simulation de Monte Carlo: principe général
Modèle: X=F1*F2 PDF de F1 Génération aléatoire de valeurs pour F1 et F2 à partir de leur densité de probabilité (PDF) PDF de F2 Obtention d’un grand nombre de valeurs de X PDF du résultat Représentation graphique de la densité de probabilité (PDF) des résultats

137 Solutions données par le modèle par la méthode de simulation de Monte Carlo
Reprendre le modèle explicitant les différents facteurs-clés impliqués dans la construction de l’opinion Demander aux experts de donner les valeurs numériques (ponctuelles, distributions) correspondant facteur du modèle Simuler de façon répétitive le modèle à chaque simulation un tirage aléatoire des valeurs des paramètres est effectué dans la distribution qui a été sélectionnée obtention d’autant de valeurs possibles qui collectivement donnent la distribution des valeurs probables

138 Les paramètres du modèle selon les opinions des experts: Expert 1

139 Opinions des experts n 1 2 Experts distributions F1 normale
4 avec un CV=20% Vous êtes presque sûr de vous 5 vous êtes totalement sûr de vous F2 uniforme 0-4 Vous n’avez pas d’opinion sur la qualité des données de la littérature 1-3 Vous n’avez pas d’opinion précise sur la qualité des données de la littérature mais vous êtes sûr que ce n’est ni nul ni totalement sûr F3 triangulaire 0-3 avec max à 2 Vous ne savez pas de façon précise la valeur de l’opinion de vos confrères mais la valeur la plus probable est de 2 0-2 avec un max à 0.5 Vous ne savez pas de façon précise la valeur de l’opinion de vos confrères mais la valeur la plus probable est de 0.5 avec un max à 2 F4 Uniforme 2-5 Vous ne savez pas ce qu’est la valeur de cette info mais elle n’est ni totale ni nulle 0-0.2 vous êtes quasiment sûr de la non valeur de cette info

140 An add-in design to help Excel spreadsheet modelers perform Monte Carlo simulations
Others features Search optimal solution (e.g. dose) by finding the best combination of decision variables for the best possible results

141 Distribution des expositions prédites par simulation de Monte Carlo
Percentile 95% de la population VRT Facteur de sécurité Distribution des opinions

142 Comparaison des résultats selon l’approche
Niveau de la preuve Experts Estimateur ponctuel Quantile 95% Le pire des cas 1 2 n

143 Résultats de l’expertise collective
En violet, le résultat du groupe

144 Analyse de sensibilité
Analyse la contribution des différentes variables pour leur contribution finale à l’opinion Peut suggérer des priorités en matière de recherche de preuves

145 Analyse de sensibilité
Facteur 1 Facteur 2 Facteur 3 & 4

146 Méthode de Monte Carlo: avantages
Oblige les experts à expliciter leur « expertise » et à combler des lacunes Construction du modèle Valeurs de départ Facilite l’expertise collective Toutes les opinions seront prises en compte (évite les querelles d’ego) Permet d’explorer les scénarios de gestion Que se passe-t-il si ???

147 Un autre exemple d’analyse de Monte Carlo pour vous entraîner
Question: êtes-vous un meilleur conducteur d’automobile que les autres français??? Réponse jaculatoire : oui Réponse résultant d’une expertise collective Formalisation de la question Moi les autres ???

148 The one thing that unites all human beings, regardless of age, gender, religion, economic status or ethnic background, is that, deep down inside, we ALL believe that we are above average drivers. -Dave Barry