Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. 30 oct 2008 Eduardo E. DAVILA S. Concours : 141 Laboratoire dintérêt.

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1 Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. 30 oct 2008 Eduardo E. DAVILA S. Concours : 141 Laboratoire dintérêt : CREATIS-LRMN Ville : Villeurbanne 1/18

2 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. 2/18 PLAN Expériences et compétences Vision du poste Conclusion

3 Formation Lycée bilingue en anglais / Bogota, Colombie Universidad de los Andes – Bogotá, Colombie. - 1999 : 2 Diplômes dingénieur - Génie Mécanique. - Génie Informatique. projet - 2002 : Master of Computer Science Générateur dapplications de présentations multimédia 3D INSA - Lyon, France. - 2002 : D.E.A. Images et Systèmes. Interface pour le traitement dimages médicales à distance publications: [ISPA'2003] [3DPVT'2002] Double culture ingénieur/recherche avec une vision internationale (français / anglais / espagnol) Concours: 141 Eduardo E. Davila S. 3/18 Expériences et compétences

4 Expériences en développement logiciel: ~8 ans (France / Colombie) En entreprise (Samira Software, Datanex, Theralys, …) ~4 ans multimédia, sites web, traitement dimages médicales Au sein du CHU de Lyon, (Hôpital Cardiologique) ~2 ans Développement de lenvironnement Maracas Laboratoire de recherche multidisciplinaire (CREATIS-LRMN) ~2 ans - Suite logicielle Creatools – BBTK - Co-développement International de logiciels Collaboration CREATIS-LRMN / UNIANDES Concours: 141 Eduardo E. Davila S. 4/18 Expériences et compétences

5 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Maracas 5/18 MA gnetic R esonance A ngiography C omputer A ssisted analysi S C++, gdcm, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux Logiciel daide à lanalyse dimages médicales 3D Logiciel interactif 3D pour la visualisation, lanalyse et la quantification de sténoses vasculaires - IHM conviviale et utilisable par des médecins - Manipulation et traitement dimages 3D - Visualisation de scènes 3D complexes multi objets Expériences et compétences

6 - Chef de projet - Élaboration du cahier des charges avec les médecins - Développement, maintenance et évolution du logiciel (2 ans) - Support pour une dizaine de stages, PFE, Master, thèse - Support à la recherche : 11 publications, 22 communications - Co-auteur d1 publication, 4 communications - Licences vendues à Hitachi (Japon) à travers Medasys (Paris) http://www.creatis.insa-lyon.fr/maracas [IJCARS2007] [INVEMAR2008] [CARS2007] [CARS2006] [CCR2006] Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Mes contributions à Maracas 6/18 Expériences et compétences

7 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. BBTK 7/18 B lack B ox T ool K it C++, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, XML, HTML, Latex, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux Environnement simple et flexible pour le design/prototypage de nouvelles chaînes de traitements dimages et de maillages - Capitalisation, pérennisation et auto-documentation dalgorithmes - Prototypage rapide : description de workflow par langage de script - Mécanisme de plug-in - Images multi-modalités et multi-dimensionnelles - Composants dinterface graphique et widgets évolués Expériences et compétences

8 - Développement collaboratif (3 développeurs), maintenance et évolution du logiciel (2 ans) - Élaboration du cahier des charges avec les chercheurs - Conception et développement de la couche basse de la librairie - Responsable du développement de modules de haut niveau - Support dune dizaine de stages, PFE, Master, thèse - Evaluation dans le cadre du REX Européen (Virtual Physiological Human) du programme TIC (FP7) http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/bbtk Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Mes contributions à BBTK 8/18 Expériences et compétences

9 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Communication de savoir faire 9/18 Coauteur de 7 publications/communications Enseignement ~100 heurs UNIANDES, atelier de programmation, algorithmique (35 étud.) INSA, TP et TD, UML, programmation orientée objet (60 étud.) Formation interne et documentation des outils développés par léquipe informatique. Suivi des étudiants Suivi informatique de thèses (8 étudiants) Suivi et formation des stages informatiques (12 étudiants) dont 7 par visioconférence UNIANDES / CREATIS-LRMN Expériences et compétences

10 CREATIS–LRMN Missions de lEquipe Informatique Concours: 141 Eduardo E. Davila S. 10/18 Vision du poste Définition dun cadre commun de développement logiciel en adéquation avec les besoins : prototypage, démonstration, évaluation, usage clinique Aide aux développements logiciels Support et formation aux outils de développement

11 CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale 180 personnes Acquisition dimages Traitement dimages Interprétation cliniques Concours: 141 Eduardo E. Davila S. 11/18 Vision du poste

12 Acquisition dimage Traitement dimage Interprétation clinique Chaîne de traitement Dev. logiciel Chaîne de traitement vs besoin de développement logiciel Concours: 141 Eduardo E. Davila S. 12/18 Vision du poste Développement dapplications

13 Acquisition dimage Traitement dimage Interprétation clinique Chaîne de traitement Dev. logiciel Chaîne de traitement vs besoin de développement logiciel Concours: 141 Eduardo E. Davila S. 13/18 Développement dapplications Développement de librairies Vision du poste BBTK Pérennisati on Mutualisatio n Factorisatio n

14 CREATIS–LRMN Missions de lEquipe Informatique Concours: 141 Eduardo E. Davila S. 14/18 Vision du poste Définition dun cadre commun de développement logiciel en adéquation avec les besoins : prototypage, démonstration, évaluation, usage clinique Aide aux développements logiciels Support et formation aux outils de développement Simplification de la gestion de logiciels: Pérennisation Mutualisation Factorisation

15 Librairies de développement –Librairie IDO~1992 : Collection de fonctions de traitement –DaVaW~2001 : Collection de widgets sophistiqués Applications de traitement dimages –CreaTools Python ~2003 (DaVaW) - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - –BBTK ~2006 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - –Maracas ~2004 –CreaTools suite ~2008 (BBTK) Concours: 141 Eduardo E. Davila S. 15/18 Vision du poste Mon Savoir faire

16 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Conclusion 16/18 Conclusion Ma motivation : Apporter mon savoir faire à la recherche Utiliser linformatique et les mathématiques comme outils afin daider à résoudre de forts enjeux pour la société (médecine) Mes atouts pour accomplir avec succès les missions attribuées à ce poste Expérience & savoir faire technique Sens des relations et de lécoute Communication internationale et multidisciplinaire Goût pour la formation et la transmission de compétences Mon grand enthousiasme

17 Publications PUBLICATIONS DANS DES REVUES A COMITÉ DE LECTURE [IJCARS2007] Carrillo J.F., Hernández Hoyos M., Dávila E.E., Orkisz M. Recursive tracking of vascular tree axes in 3D medical images. Int J Comp Assisted Radiol Surg, 2007; 1(6): 331-339. COMUNICATIONS DANS DES COLLOQUES INTERNATIONAUX AVEC ACTES [INVEMAR2008] Ardila N, Hernández Hoyos M, Teillaud S, Orkisz M, Dávila E, Beuf O, Adrien J, Martínez F., Rey C, Sánchez JA. Estudio no destructivo de los canales internos de octocorales por medio del análisis de imágenes biológicas y médicas. Libro de resumenes del XII Seminario Nacional de Ciencia y Tecnología del Mar, v.1. p.155, Santa Marta, Colombia [CARS2007] Zuluaga M.A., Dávila E.E., Uriza L.F., Hernández Hoyos M. Carotid artery segmentation and characterization in 3D computed tomography (CT) images. Computer Assisted Radiology and Surgery (CARS), June 27 - 30 2007, Berlin, Germany. [CARS2006] Carrillo J.F., Hernández Hoyos M., Dávila E.E., Orkisz M. Vascular Tree Extraction from 3D Images. In: Computer Assisted Radiology and Surgery (CARS), June 28 - July 1, 2006, Osaka, Japan. [CCR2006] Carrillo J.F., Hernández Hoyos M., Dávila E.E., Orkisz M. Segmentación y visualización arterial en ARM y TAC 3D. In: XXXI Congreso Colombiano de Radiología, Octubre 12 – 15, 2006, Cartagena de Indias, Colombia. [ISPA'2003] J. Montagnat, Davila-Serrano E.E., and I.E. Magnin. Efficient visualization of 3D medical scenes for remote interactive applications. In: ISPA'03, Roma, Italy, 2003. [3DPVT'2002] J. Montagnat, Davila-Serrano E.E., and I.E. Magnin. 3D objects visualization for remote interactive medical applications. In: 3D Data Visualization, Processing, and Transmission (3DPVT'02), Padova, Italy, pages 75-48, 2002. Concours: 141 Eduardo E. Davila S. 17/18

18 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Merci pour votre attention … 18/18

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21 CREATIS-LRMN Acquisition dimages Imagerie Ultrasonore Imagerie et Méthodologie Exploratoires en RMN Imagerie RMN et Optique Imagerie Spectroscopique en RMN Traitement dimages Imagerie Dynamique Imagerie Volumique Interprétation clinique Imagerie Morphologique et Fonctionnelle ( Ischémie Myocardique, Lumière et Paroi Vasculaire, Ischémie Cérébrale, Réponse Pulmonaire à lAgression ) Microarchitecture et Tissus Osseux Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Vision du poste 8 équipes de recherche 180 personnes

22 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Vision du poste Problèmes: - Connexion entre les modules difficile - Maîtrise de linformatique nécessaire Avantages: - Capitalisation du travail du laboratoire - Génération des interfaces rapide & simple - Documentation automatique Problématique // Application with Ex. script définition Module A Module B Module C Module A Box A Box BBox C Application Ex. Maracas - Creatools Python BBTK Module B Avant Aujourd'hui

23 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Images Collaboration avec LECAM pour la visualisation en stéréo

24 Images img 2.3.A : Modèle 3D dune hanche pathologique. Le modèle a été repris pour un logiciel de CAO afin de produire une prothèse adaptée img 2.4.A : Segmentation dune dissection aortique img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail img 2.7.A : Image dun cheveu acquise avec un scanner de haute résolution Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Img 2.3.A img 2.6.C img 2.4.A img 2.7.A Images

25 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Images img 2.3.A : Modèle 3D dune hanche pathologique. Le modèle a été repris pour un logiciel de CAO afin de produire une prothèse adaptée

26 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Images img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail

27 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Images img 2.4.A : Segmentation dune dissection aortique

28 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Images img 2.7.A : Image dun cheveu acquise avec un scanner de haute résolution

29 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Images Maracas IRM Quantification

30 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Images

31 Concours: 141 Eduardo E. Davila S. Images BBTK