Rappel des objectifs du WP10

Présentation au sujet: "Rappel des objectifs du WP10"— Transcription de la présentation:

1 Rappel des objectifs du WP10
Mois 6 : cahier des charges de la bioinformatique pour un environnement transparent de calcul largement distribué Mois 12 : cahier des charges pour un banc-test, sélection d’une application et document de planification Mois 24 : rapport sur la première version d’une application biologique sur le banc-test Mois 36 : rapport final incluant le compte-rendu de la deuxième version de l’application biologique sur le banc-test

2 Comparaison des besoins des biologistes et des physiciens
Biologistes/Médecins Physiciens Architecture Plate Hiérarchisée (CERN) Données Copies multiples Formats variables Découpage des bases de données Read/Write Peu de copies Peu de formats (4) Idem Read OU Write Calcul Mise à jour quotidienne Interactif -> Temps réel Parallélisé (BLAST) Pas de mise a jour Batch Pas de parallélisme

3 Evaluation des environnements existants
Calcul distribué : Tests de Globus (Exposé Y. Legré, R. Météry) Contacts avec le Laboratoire d’Informatique de Lille : FOCALE Plates-formes bioinfo : Tests d’Applab (EBI) Contacts avec INRIA Grenoble

4 Une alternative pour le calcul distribué : FOCALE (LIFL)
Fédération de serveurs distants Approche composants Echange de données entre composants sur un bus CORBA Interface graphique pour assembler les composants (pipelining)

5 Generic component description
Trader entry properties (name = value) “name”=“mycomp” Binary file path command line I/O streams spec. Type, location... Factory Trader entry Binary Properties File Input Output

6 Component producing data Component consuming data
Connector Any stream to any stream connectors File File Socket Socket Component producing data Component consuming data ConnectorOutput ConnectorInput CORBA Console Console Method Method

7 Un besoin à terme: la partition des bases de données
Objectif : accélérer tous les algorithmes de comparaison de séquences Exemple : BLAST, recherche d’homologie entre une séquence et celles déjà annotées (9GB) Limitation : accès disque Moyen : découper les bases de données biologiques sur plusieurs nœuds en local et sur la grille et paralléliser le BLAST Outils existants ? Apport de DataGRID ? Besoin commun de partition avec les physiciens Besoin spécifique de parallélisme

8 WP 10 : organisation Réunions bimensuelles Collaborations envisagées
Lyon, 10/1/01 : état de l’art en bioinformatique Prochaine réunion à Amsterdam le 7 Mars Collaborations envisagées Avec EBI Avec LIFL : FOCALE Draft d’un cahier des charges (N. Jacq)