Informatique parallèle hautes performances

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1 Informatique parallèle hautes performances
Présentation à l’université de Franche-Comté 19 novembre 2003

2 Plan de la présentation
Introduction Le matériel Programmation parallèle Expérience TOP500 L’architecture I-Cluster

3 Les segments de marché Conception mécanique Science des matériaux
Conception mécanique Science des matériaux Défense et sécurité Conception microélectronique Géo-sciences Sciences de la vie Visualisation

4 Besoins du calcul parallèle
Calcul hautes performances Trop gros En mémoire Sur disque Trop long Météo Mais de durée rarement infinie Les limites Les processeurs/mémoires sont limités Les objectifs Efficacité Optimisation du coût Matériel Héritage de vieux codes Les solutions Work Faster Matériel plus rapide Work Smarter Meilleur algorithme Work Harder Parallélisme

5 Différents domaines applicatifs
Algèbre linéaire Mécanique des fluides (Navier-Stockes) Manipulations spectrales Transformées de Fourier, DCT Simulations Monte-Carlo Extraction Repliement de protéines (recherche de sous-chaînes) Autres Le reste ne représente que 10 à 20% du marché

6 Plan de la présentation
Introduction Le matériel Programmation parallèle Expérience TOP500 L’architecture I-Cluster

7 Composants Matériel Temps d’accès différents Logiciel RAM CPU Cache IO
Matériel RAM CPU ALU Registres Pipeline, VLIW, out-of-order Cache IO Réseau Cartes faible latence Routage Stockage Temps d’accès différents registre << cache << ram << réseau << disque Coût inversement proportionnel au temps d’accès Logiciel Middleware Système d’exploitation Coordination Ordonnancement de travaux Librairies Passage de messages Algèbre linéaire Compilateurs Hints

8 Architectures Vectoriel SMP Cluster de calcul Constellation Grille
Vectoriel SMP Cluster de calcul Constellation Grille Métaordinateurs Retour vers le futur Les infrastructures du passé reviennent Ex.: Web, LDAP

9 Types d’architectures selon Flynn
Flot de données Unique Multiple Flot d’instructions SISD (Von Neumann) SIMD (Vectoriel) MISD (Systolic) MIMD Classification de Flynn Un peu désuète (sixties) Ne reflète pas l’architecture mémoire MIMD-SM (Shared Memory) MIMD-DM (Distributed Memory) SPMD (Single Program Multiple Data) est un cas courant (cf. MPI)

10 Symmetric Multiprocessing (SMP)
Cas le plus courant (bipros) Mémoire partagée Le cache est essentiel Assure la cohérence Relation « happens-before » Accès par lignes de cache 4096 bits par exemple 0x00cf2351 accède la ligne 0x00cf2000: 0x00cf2fff Une écriture rend la ligne invalide (dirty) Différentes politiques possibles Write-back Write-through Cache Mémoire CPU 1 CPU 2

11 SMP avec Crossbar p1 p2 p3 p4 m1 m2 m3 m4 p5 p6 p7 p8 m5 m6 m7 m8
Accès cohérent p processeurs n mémoires Chaque processeur peut être mis en relation avec chaque mémoire Exemple du réseau butterfly (où n=p) Composé de multiplexeurs 2x2 p1 p2 p3 p4 m1 m2 m3 m4 p5 p6 p7 p8 m5 m6 m7 m8

12 Cluster Définition : Mémoire distribuée Coût faible
Définition : Mémoire distribuée Coût faible Il faut gérer le passage de messages Cohérence Transmission des messages « lente » Code spécifique et complexe Réseau Proc 1 Proc 2 Proc 3 Mem. 1 Mem. 2 Mem. 3

13 Réseaux faible latence
Souvent présents dans les clusters de calcul Plusieurs implémentations disponibles SCI, Myrinet, Quadrics Débit élevé Latence en ns Routage à la source Chaque machine va router le message Les cartes réseau sont intelligentes Routage Wormhole Topologie virtuelle en tores 2D ou 3D Possibilités de remote DMA, Scatter/Gather Solutions très chères Exemple : Tore 2D Routage de [1,2] (en rouge) à [2,4] (orange) Sud, Est, Est est le chemin pré calculé 1 2 3 4 1 2 3 4

14 Technologies d’interconnexion
Technologie Débit [Mo/s] Latence [us] Remarques Gigabit Ethernet 125 60 à 90 Lenteur de la pile TCP-IP Myrinet 2000 250 3 à 10 PCI 64 bits 66 MHz SCI D330 666 1,5 Topologie en anneau

15 Grilles (GRID) Vision : Disposer de puissance de calcul de la même manière que de puissance électrique Power outlet / Power grid Cluster = Machines homogènes locales Grille = Machines hétérogènes globales Fédération de ressources Répartition souvent mondiale Liaison entre plusieurs grappes par liens rapides Mais… Aspects humains (tu peux me donner ton mot de passe ?) Les administrateurs sont sur chacun des différents sites Passage à l’échelle difficile Copie d’un fichier vers 5000 machines = gros problèmes en vue… Problèmes algorithmiques Couplage de Composants

16 Stockage hautes performances
Problème : Accès simultané aux fichiers Nombreuses machines en parallèle Visibilité homogène des données Solutions Caches coopératifs NFS Réplication des données Pré chargement (prefetch) RAID logiciel et matériel Problème de cohérence PVFS NFSp

17 Parlons d’argent… La vitesse des processeurs dépend du carré de leur coût Speed = Cost2 L’accélération est généralement liée logarithmiquement au nombre de processeurs Speedup = log2(#processors) Le logiciel coûte très cher Il faut donc faire attention a ses choix d’infrastructure La tentation des clusters est grande Le choix n’est pas facile Mais La plupart des projets ont un budget militaire ou scientifique Ils sont riches A quoi bon changer de modèle et passer aux clusters ? Résultat : On en reste aux machines sur-performantes, par facilité

18 Plan de la présentation
Introduction Le matériel Programmation parallèle Expérience TOP500 L’architecture I-Cluster

19 Complexité Il faut caractériser les algorithmes Complexité
Il faut caractériser les algorithmes Complexité En nombre d’instructions En nombre d’emplacements mémoire En nombre de messages à échanger Ordre des algorithmes Fonctions O (coût réel), Ω (min), θ (max) Caractérise le coût relativement a une fonction simple Ex.: O(n3), O(n log2n) Un ordre non polynomial interdit le passage à l’échelle Un ordre (poly-)logarithmique est souhaitable

20 Taille de grain Tâche i-l Tâche i Tâche i+l + x Grain Gros Grain moyen
(niveau d’une tâche) Programme Grain moyen (niveau contrôle) Fonction Grain fin (niveau données) Boucle Grain très fin (multiples niveaux) Hardware Tâche i-l Tâche i Tâche i+l func1 ( ) { .... } func2 ( ) { .... } func3 ( ) { .... } a (0) = .. b (0) = .. a (1) = .. b (1) = .. a (2) = .. b (2) = .. + x Load

21 Exemple : Multiplication de matrices carrées (séquentielle)
Soient A=[aij], B=[bij], C=[cij] , 1≤i≤n, 1≤j≤n On veut calculer C = A x B cik=Σj=1..naij.bjk, 1≤i≤n, 1≤k≤n Complexité de calcul Ceci nécessite, pour chaque cik : n multiplications n additions n.n cik , donc n2 éléments, d’où 2n3 opérations L’ordre de la multiplication de matrices par un programme séquentiel est donc O(n3) Place mémoire 3 matrices de taille n2 Le besoin en mémoire est donc de O(n2)

22 Multiplication plus efficace
Si on a un cache trop petit, la performance s’écroule 3n2 valeurs ne tiennent plus en cache Le cache ne sert plus ! On va faire des calculs par blocs Même ordre, mais plus efficace (gains de 2000% en Pentium-class) Pour chaque sous-bloc : I bandes verticales J bandes horizontales Pour chaque sous-bloc Cmp de C cik=Σj=1..naij.bjk m≤i≤m+I, p≤k≤p+J Mémoire nécessaire par bloc : I.n + J.n + I.J Au lieu de 3.162=768, on a = 68 seulement Problème identique : Out of core B A C Ex.: n=16, I=J=2

23 Multiplication parallèle
p processeurs pour calculer Calcul par sous-blocs n/p sous-blocs calculés par processeur Mais : Chacun doit d’abord disposer des données de départ (Matrices A et B) Mémoire partagée (SMP) : gratuit Les données sont accessibles à chaque processeur Cluster : Envoi des 2n2 données (A et B) vers p processeurs, retour de n2 données (C) Donc coût de communication O(2p.n2) acceptable Question : Quel est le grain de calcul de matmut() ?

24 OpenMP Open Multi Processing Standard industriel de 1997
Open Multi Processing Standard industriel de 1997 Clauses de compilation explicites (hints) Modèle master-worker, fork & join Description des structures parallélisables Matrices décomposées en sous blocs Le code contient des hints de gestion des sous-blocs Le compilateur est intelligent Parallélise automatiquement le code Gère les communications inter-nœuds Parallélisme de données ou de processus

25 Le passage de messages MPI (Message Passing Interface)
MPI (Message Passing Interface) Abstraction de la topologie de proc/RAM Routines de communication MPI_Send(), MPI_Recv() Gestion par numéro de machine Primitives de groupes (communicators) Synchrones ou asynchrones Simple a appréhender Mais… mise au point douloureuse Portage pas si trivial que ça

26 Recouvrement calcul-communication
Objectif : efficacité Lors d’une attente de communication, un processus va continuer à calculer Difficile à formaliser Très difficile à programmer Extrèmement difficile à débugger Décomposition des communications Emballage du message (par l’émetteur) Temps de transport Déballage (par le récepteur)

27 Problèmes liés au parallélisme
Horloges logiques Synchronisation Systèmes asynchrones : Comment alerter un processus distant ? Accès sérialisé aux ressources partagées Exclusion mutuelle False sharing Deadlocks Fautes – Terminaison Détection de fautes Tolérance Communication de groupe Élection d’un coordinateur (leader) Réplication Cohérence Mise au point répartie Bugs Performance Connaissance du métier de l’application

28 Précédence causale Relation happens-before (précède)
Relation happens-before (précède) Élément essentiel en informatique distribuée Asynchronisme du monde réel => race conditions Illustre bien qu’en informatique distribuée, les choses simples deviennent plus complexes… ei précède ej (ei < ej) ssi une de ces 3 conditions est vraie : ei et ej se produisent sur le même processus et ei se produit physiquement avant ej ei et ej se produisent sur deux processus distincts et ei est l’émission d’un message tandis que ej est la réception de ce même message Il existe k tel que ei < ek et ek < ej Exemples…

29 Horloges logiques Horloge logique : e < e’ => LC(e) < LC (e’) quels que soient e et e’ Horloge logique de Lamport Chaque nœud Pi détient un compteur Ti Lors d’un évènement local Ti est incrémenté Lors d’un envoi par Pi, Ti est incrémenté et transmis avec le message Lors d’une réception par Pj, Tj est mis à jour Tj = max(Tj, Ti ) + 1 Solution simple et élégante, très utilisée en pratique Une version vectorielle existe, qui vérifie aussi LC(e) < LC (e’) => e < e’ Exemple : 1 2 P1 1 3 4 P2 1 9 P3 1 2 3 4 5 6 7 8 P4

30 Ordonnancement Objectif : Optimisation des ressources
Objectif : Optimisation des ressources Lancer n tâches sur p processeurs Notion de graphe de flot d’exécution (ex.: POVray) Comment utiliser les processeurs inactifs ? Différentes politiques Temps global d’exécution (makespan) Charge de calcul Tâches prioritaires Allocation dynamique (online) ou statique (off-line) L’allocation statique nécessite un graphe de flot connu Problème NP-complet On a recours à des heuristiques Beaucoup de recherche

31 Plan de la présentation
Introduction Le matériel Programmation parallèle Expérience TOP500 L’architecture I-Cluster

32 Les 500 ordinateurs les plus puissants
Classement ouvert à tous Publication tous les 6 mois Objectif : le plus grand nombre possible d’instructions par seconde Inversion d’une matrice dense Calcul itératif par décomposition de Cholesky Une implémentation de base : HPL (Linpack) Notre objectif : entrer au TOP500 avec du matériel de grande consommation

33 Infrastructure d’évaluation
Partenariat HP Labs, IMAG-ID, INRIA 225 HP e-Vectra: Pentium® III 733 MHz 256 MB Standard Ethernet (100 MBps)

34 Mise en place du programme
Coordination entre 225 machines Pas facile Il ne faut pas ralentir par excès de communication Chaque élément n’est plus un réel On passe à des petites matrices (sous-blocs) Calcul de la taille de sous-bloc optimale Division en 15x15 machines Problématique du broadcast

35 Résultats Premier cluster de grande consommation au TOP500
Premier cluster de grande consommation au TOP500 385ème Superordinateur au monde, 15ème en France 81,6 Gflop/s en mai 2001

36 Leçons clés La latence réseau est critique Homogénéité des machines
La latence réseau est critique On attend autant qu’on calcule Homogénéité des machines Sinon l’algorithmique est trop difficile

37 Questions ?

38 Problème : Comment programmer le fonctionnement des pompiers ?
Exemple didactique Un incendie Un robinet Des robots-pompiers R[i], i = 1, 2, 3… Chacun possédant un seau et un seul Actions possibles : Remplir pour remplir le seau au robinet Echanger(j) pour échanger son seau avec R[j] Déverser pour verser le seau sur l’incendie Marcher pour aller au robinet ou au foyer Contraintes 1 seul robot peut remplir son seau à la fois Échange possible uniquement si les 2 robots sont prêts Pas de collisions pendant la marche, ni le déversage de seaux Problème : Comment programmer le fonctionnement des pompiers ?

39 Quel algorithme Solution 1 : Robots autonomes (SIMD)
Solution 1 : Robots autonomes (SIMD) Chacun va remplir son seau, le déverse etc… Solution 2 : La chaîne (pipeline) Un robot remplit les seaux, un autre les déverse et tous les autres échangent seaux vides contre seaux pleins Ces deux approches sont très différentes Goulot d’étranglements différents