La collecte des données.

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1 La collecte des données.
Pr Eric Chabriere

2 Une fois les cristaux obtenus, il faut les faire diffracter.
RX 180 images La diffraction d'un cristal (réseau 3D) est un réseau 3D. Le but de l'enregistrement est de mesurer l'intensité et le bruit de chaque taches qui correspond à chaque nœud du réseau (Ihkl)

3 Cartes de densité électronique
Rappel Ihkl=|Fhkl|2 Cartes de densité électronique Modules des facteurs de structures |Fhkl| + fhkl TF-1 Transformée de Fourier Phases calculées (remplacement moléculaire, MIR, MAD,…) Par conséquent, si on veut de belle cartes, il faut avoir le jeux de données le plus complet (+ résolution+ bien mesurée)

4 Le "radiation damage" On doit collecter un certain nombre d'images. Problème: Le cristal va subir des dommages a cause de rayons X. Dégâts primaires: des électrons sont éjecté de leurs orbites par les rayons X. Coupure liaison, formation de radicaux. Indépendant de la température. Dépendant du flux de rayons X. Dégâts secondaires: Les radicaux vont réagir. Coupure de liaison…. Dépendant de : Température, solvant, présence des ‘scavengers’, mobilité et réactivité des radicaux Dégâts tertiaires: Auto-effondrement du réseau cristallin (perte de diffraction) Dépendant de la stabilité du réseau (nombre et sorte des interactions cristallins)

5 Les acides aminées les plus sensibles
Les acides aminés contenant du souffre ou un groupe carboxylique (cys, met, asp, glu) sont les plus sensibles aux rayons X

6 Les rayons X détruisent le cristal

7 Solution. Cryodiffraction.
Durée de vie d'un cryo cristal Anode tournante => 5 ans Synchrotron (1990) => 24 heures Synchrotron (2000) => 1 jeux de données Optimiser la collecte pour diminuer la dose, viser un autre endroit du cristal (microfocus) Rajouter des antioxydants.

8 Montages des cristaux 2 techniques principales: -capillaire (température ambiante) -boucle de nylon (température cryogénique) Montage en capillaire Solution mère, pour que l'eau du cristal ne s'évapore pas Peu utilisé, sauf en cas de problème avec la cryogénie Radiation damage très important

9 Montage sur une boucle de nylon
On pêche le crystal avec une boucle de taille adaptée Le cristal est sous un flux d'azote 100K

10 Problèmes avec la cryogénie.
Il faut éviter la formation de glace. -Le cristal protéine peu se détruire (le volume de la glace augmente). -La glace cristalline diffuse Anneaux de diffusion (diffraction de poudre)

11 Flash cooling et solution cryo-protectante
But vitrifier rapidement le solvant de la boucle en la trempant dans l'azote liquide 80K. Si le refroidissement est suffisamment rapide, l'eau est vitrifiée (amorphe). Pour favoriser le processus on ajoute un ajout un cryoprotectant (glycérol, sucrose, PEG, ..) Ces produits perturbent le réseau de liaisons hydrogène de l'eau. Comment tester le cryoprotectant. Version lourde. Solution mère + cryo (20-30%), boucle, flash cooling test de diffusion Si il n'a y pas d'anneau de diffusion OK Version light Solution mère + cryo (20-30%), petit cône pipette, flash cooling. Si transparent (vitreux) OK SI blanc, la solution n'est pas cryogénique

12 Les cristaux congeler sont stockés dans l'azote liquide.
Réservoir pouvant rester froid pendant plus de 6 mois. Pour transporter on utilise un Dewar sec (sans azote liquide) Ils sont très performant et peuvent conserver le froid pendant plus d'un mois On peut les stocker "indéfiniment" même si on a piégé un état intermédiaire

13 Montage sur le diffractomètre
manuel Automatique synchrotron (gain de temps) Le cristal n'ai jamais décongelé

14 Point ou se coupent tous les axes du diffractomètre
Alignement du cristal sur le diffractomètre Tête goniométre Sphère de confusion Point ou se coupent tous les axes du diffractomètre Le point de confusion est représenté sur la lunette ou l'écran de réglage. On aligne le cristal. On fait tourné l'axe de 90° On réaligne. Si tout est bien réglé, il y une zone immobile du cristal qui ne bouge pas lors des rotations. Elle coïncide avec le faisceau de rayons X. Le cristal reste aligné pendant la collecte

15 La taille du faisceau de rayons X.
En général la taille du faisceau est d'environ 300mm Sur certaine ligne, le faisceau peu être beaucoup plus fin (microfocus). Utile pour les petit cristaux On peut choisir la zone à étudier On peut visualiser la forme du faisceau superposé à l'image de l'objet à diffracter grâce à une camera situé dans l'axe du faisceau et un écran de phosphore Le flux très intense dégrade les cristaux

16 (Sans diffuseur anomaux)
Loi de Friedel (Sans diffuseur anomaux) C'est la loi de Friedel Le réseau réciproque possède un centre de symétrie

17 Symétrie du réseau réciproque
Ex P2: positions équivalentes (x,y,z);(-x,y,-z) On a la symétrie d'ordre 2 dans le réseau réciproque Le réseau réciproque possède la symétrie du groupe ponctuel (symétries sans translation)

18 la symétrie du groupe ponctuel (général).
Le réseau réciproque (sans diffuseur anomaux) possède un centre de symétrie et la symétrie du groupe ponctuel (général). Ceci donne la symétrie de Patterson

19 extinctions Les operateurs de translation peuvent crée des extinctions systématiques Ex C. positions équivalentes (x,y,z);(x+1/2,y,z+1/2) Si h+l impair extinction

20 P21 :positions équivalentes (x,y,z);(-x,y+1/2,-z)
Il y a extinction pour les réflexions 0,k,0 K impair. Extinction sur l'axe b

21 Indiquée dans les tables
Ces extinctions caractérisent les éléments de translations

22 La collecte des données
2dh,kl,l sinq=l Plus la maille est grande (d), plus les taches de diffraction seront resserrées Plus l est grand, plus les taches de diffraction seront espacées Pour améliorer la résolution (augmenter q) au bord du détecteur, on approche le détecteur. On peut aussi décaler le détecteur (attention à la complétude) (éventuellement on diminue la longueur d'onde). En général, avec une petite longueur d'onde (1Å), la zone aveugle est faible. Une rotation de 180° selon F suffis pour avoir un jeux complet (180 images si oscillation de 1°). (faire TD nombre de réflexion, résolution max), différente maille

23 Support du beam stop mesure Anneau de diffusion (boucle, solvant,…) Beam stop bruit 180 images

24 Le signal ? Suite à une mesure, on peut obtenir de l’information. Obtenir la meilleure information à partir de ces mesures, c’est le traitement du signal. Mesure seule: longueur, potentiel, intensité ….. La mesure peut dépendre d’un autre paramètre : Potentiel en fonction du temps, vitesse de réaction en fonction de la concentration …. Absorption lumineuse en fonction la longueur d’onde. Parfois, c’est la variation de la mesure qui est le paramètre intéressant. Fréquence, longueur d’onde … RMN, Spectroscopie infrarouge … Comment mesurer la fréquence d’un signal périodique ?

25 Notion de signal Dans chaque mesure, il y a des erreurs ou des mesures non désirées : le bruit. Comment déterminer la pertinence d’un signal? Il faut que la mesure sorte du bruit. Bien que la mesure soit plus faible dans le deuxième cas, le signal est plus pertinent

26 Moyenne, écart type Plus une mesure se détache de la valeur moyenne du bruit, plus elle est significative. La moyenne : Variance : Moyenne des carrés moins le carré des moyennes Ecart type : L’écart type, montre la dispersion des données

27 C’est un processus itératif
Signal/bruit signal s Moyenne: 0.45 Ecart type : 0.29 Moyenne: 0.05 Ecart type : 0.03 Le signal: =1.85=6.4s Le signal: 1-0.05=0.95=31.7s Le signal devient pertinent au dessus de 2-3 s Attention il faut enlever "le signal" du bruit. pour le calcul de la moyenne et de l ’écart type. C’est un processus itératif

28 La Gaussienne Très souvent une distribution (histogramme) a la forme d’une Gaussienne. C’est un phénomène statistique (théorème centrale des limites) Car la mesure fluctue autour d’une moyenne avec un certain écart type à cause d’erreurs de mesures ou à cause de la dispersion naturelle de l’échantillon Exemple classique : mesure de la radioactivité

29 s définit la largeur de la fonction Sert à normaliser la fonction
La fonction de Gauss: s définit la largeur de la fonction Sert à normaliser la fonction Largeur à mi-hauteur C’est une fonction très répandue, C’est la distribution naturelle en statistique.

30 Pour 1 mesure, il n’y a pas d’écart type
Accumulation de mesure. Si je me déplace dans une dans une direction quelconque d’une distance l: Au bout de N pas je me serai éloigné d ’une distance (ref tintin au pays de l’or noir) L= Généralité. Si je répète N fois une mesure de moyenne m et d’écart type s J’aurai comme résultat: En toute rigueur. Pour 1 mesure, il n’y a pas d’écart type Conclusion. Je ramène le résultat à une mesure moyenne L’erreur En accumulant N mesures on fait baisser l’erreur ( ou le bruit) d’un facteur

31 Moyennation Initial Final Bruit: Moyenne: 0.45 Ecart type : 0.29
Ecart type sb: 0.29/4=0.072 16 mesures Le signal: =1.85=6.4sb R= 1.85±sb Le signal: S ± sn =1.85=6.4x4 sb=25 sb l’erreur a= R=1.85 ± (a+sb) Amélioration du signal en détection et en précision Evolue en racine du nombre de mesures

32 Les erreurs aléatoires sont réduites par la répétions de la mesure
Dispersion et erreur systématiques systématique aléatoire On a la même dispersion Le traitement statistique améliore la précision du résultat mais ne permet pas de détecter une erreur systématique. Les erreurs aléatoires sont réduites par la répétions de la mesure Les erreurs systématiques sont mises en évidence en changeant les conditions expérimentales

33 Sélections d'un cristal
-On fait un cliché. -On regarde la résolution maximale. -Les tâches doivent être fines et uniques Optimisation de la collecte -Si il y a des tâches au bord du détecteur, on rapproche ou on décale le détecteur. Plus on est éloigné du détecteur moins il a aura de bruit et plus les taches seront séparées). Néanmoins, la résolution est cruciale - Si on a une grande maille, et que les tâches se chevauchent, on diminue l'oscillation -On allonge le temps d'exposition pour essayer d'augmenter la résolution. (compromis entre résolution et radiation dommage). -On regarde la saturation. Il faut profiter au maximum de la dynamique du détecteur sans saturer Si il y a taches surexposées on diminue le temps d'exposition ou on attenue le faisceau Si les taches surexposées sont à basse résolution on fera une autre collecte pour la basse résolution avec moins d'exposition ou avec un faisceau atténué

34 Le traitement des données
Informations nécessaires -géométrie du diffractomètre -type de détecteur - centre du détecteurs -oscillation (en générale 1°) -longueur d'onde -distance du détecteurs

35 -Correction spatiale du détecteur (les détecteurs sont souvent plats)
(projection d'une grille) -détermination du bruit et des zones actives du détecteur (beam stop, ombres …) détecteur (dark current) et diffusion des rayons X -paramètres de la maille et orientation du cristal Mesure des intensités -Corrections des intensités

36 paramètres de la maille et orientation du cristal
On collecte sur une (ou plusieurs images) les taches les plus intenses. On les positionne sur la sphère d'Ewald. On a leurs postions dans l'espace réciproque. On regarde les vecteurs qui relient ces points de l'espace réciproque. Les plus petit paramètres correspondent à la maille primitive. En fonction de la géométrie de la maille on peut faire des suppositions sur le groupe d'espace. On peut calculer une pénalité qui tient compte de la déformation de la maille pour satisfaire la contrainte géométrique du groupe d'espace On choisit normalement le groupe d'espace avec la plus grande géométrie et une pénalité satisfaisante.

37 Attention, la géométrie de la maille n'est pas suffisante pour déterminer le groupe ponctuelle, il faut aussi que les tâches de diffraction obéissent aux symétries

38 Mesure des intensités Chaque image doit être mise à l'échelle.
Le rayonnement du synchrotron baisse au cours du temps le volume du cristal baignant dans le faisceau n'est pas constant. On détermine un profil type à partir des taches les plus intenses (signal, bruit) Il y a 9 profils différents pour couvrir le détecteur. Ce sont des profils 3D (sur plusieurs images) car une tache peut diffracter sur plusieurs images La taille du profil est déterminé par la divergence du faisceau et par la mosaicité du cristal (tache sur plusieurs images) Le profil permet de mesurer l'intensité et le bruit (efficaces sur les faibles réflexions)

39 Mosaicité du cristal Divergence du faisceau

40 Corrections Des corrections sont appliquées aux intensités mesurées p
Correction de polarisation La contribution n'est pas la même selon l'angle d'incidence p Correction cinématique de Lorentz Les nœuds du réseau réciproque ne traversent pas la sphère d'Ewald à la même vitesse Autres corrections Absorption (affiné en comparant les réflexions équivalentes) Eliminations des "misfit" Réflexion qui diverge trop de la moyenne des réflexions équivalentes

41 Combinaison de plusieurs jeux de données
A partir d'un cristal on peut avoir plusieurs jeux de données (basse résolution, autre orientation, autre zone) Il faut mettre à l'échelle et combiner ces différents jeux de données. Attention il faut éviter de combiner les jeux de données provenant de plusieurs cristaux provenant de cristaux différent (problème d'isomorphisme)

42 Statistiques finales Donne la dispersion des taches équivalentes par symétrie Attention si il y a de la diffusion anomale, la loi de Friedel est brisée Le plus faible possible La complétude. Le jeux doit être complet I/s donne le rapport signal sur bruit. (baisse avec la résolution) La redondance: Nb-obs/Nb-unique. La redondance améliore la qualité des données.

43 A la fin On a un fichier avec pour chaque indice HKL
-une intensité ou une amplitude -une erreur H K L F sigF I sigI

44 confirmation du groupe d'espace
Le facteur Rsym permet de vérifier que le réseau réciproque possède la symétrie ponctuelle (+ centre d'inversion si il n'y a pas de diffuseurs anomaux). Rsym faible à basse résolution (ou tâches intenses) L'analyse des extinctions sur les axes permet de déterminer les axes hélicoïdaux.

45 Réflexion sur la qualité d'un jeu
Un jeu à haute résolution aura: -un fort I/s c (données précises) -un grand nombre de mesures (amélioration statistiques) - La haute résolution donne des cartes de densités plus fine Un bonne redondance peut compenser des mauvaises donnée. Ainsi, si il n'y pas de diffusion anomale (loi de Friedel centrosymétrique), on fait avec une collecte de 180° -on est sur d'avoir un jeu complet même en P1 - si le cristal a des symétries, on aura une bonne redondance On fait une stratégie de collecte pour optimiser les symétries si -Le cristal est sensible aux radiation damage -pb de temps

46 exemple

47 Le Wilson plot La pente (B/2) nous indique l'agitation du cristal
Ln(I) S2 Linéaire seulement à partir de 4Å

48 Les macles Parfois, le cristal est maclé: il y a plusieurs domaines avec des orientations différentes collés les un aux autres. L'image de la densité électronique est déformée si on ne fait pas attention Ceci se détecte par l'analyse des moments des intensités <I2>/<I>2 =2 normalement =1.5 si cristal maclé Réseau bizarre, symétrie improbable ….