Framework Avancement au 28-10-2008. Plan Principales avancées pour les parties Ligand, Sites Actifs et Docking Processus dinstallation de.

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1 Docking@GRID Framework Avancement au 28-10-2008

2 Plan Principales avancées pour les parties Ligand, Sites Actifs et Docking Processus dinstallation de la version 0.1 Quelques mots sur la Collaboration INRIA ADAMS/DOLPHIN

3 Docking@GRID - Ligand Rajout et intégration du logiciel Ligand-info pour la visualisation à grande échelle

4 Docking@GRID – Site actif Suppression du logiciel Vega Seul le format.car est accepté en entrée de lalgorithme Intégration imminente du script de J-C Boisson pour accepter plus dun format Perspective : validation biologique du script de J-C Boisson.

5 Docking@GRID – docking (1/4) Intégration de parallel-autodock de Alex Tantar

6 Docking@GRID – docking (2/4) Docking version avancée : Possibilité dutiliser la fonction dénergie dAutodock

7 Docking@GRID – docking (3/4) En cours : visualisation UCSF CHIMERA : Visualisation dans Chimera des meilleurs individus (couples protéine-ligand) toutes les dix générations. Téléchargement des résultats avec visualisation dynamique de lévolution des meilleurs individus (animation Chimera) En cours : rajout doutils pour la manipulation des molécules (RMSD…)

8 Docking@GRID – docking (4/4) Perspectives à court terme : Visualisation des résultats plus complète pour le docking (score…) Visualisation « en direct » et a posteriori des fronts Pareto lors de lexécution de Docking (fonction GnuPlot) Système de réservation pour le cluster puis pour la grille

9 Installation – enjeux et objectifs Docking@GRID est un logiciel open-source La fiche projet ANR prévoit la mise en ligne dune version de la plate-forme Licence CeCILL (~GNU/GPL INRIA) choisie Version 0.1 prête, finition des tutoriels avant sa mise en ligne prochainement

10 Installation – problèmes et solutions choisies Docking@GRID est une plateforme Web, cest-à-dire que pour une installation locale elle nécéssite : Un serveur Tomcat et un serveur Web Un serveur de base de données (mysql) Un ensemble de logiciels tel que openbabel, mpich2 Pour un utilisateur averti, si aucun des composants nest installés sur sa machine et en suivant le tutoriel, cest environ 2h de travail et beaucoup de difficultés rencontrées Solution : intégrer linstallation de docking@GRID dans un logiciel de déploiement -> FDF-Deployware

11 Installation – FDF-Deployware FDF-Deployware est un logiciel développé au sein de lINRIA et il est libre de droit http://fdf.gforge.inria.fr Il permet de déployer beaucoup dapplications, sous linux comme sous Windows (perspective pour le futur)

12 Installation – deployware / docking@GRID Workflow : Téléchargement et décompression de larchive Configuration grâce à un script shell qui génère le fichier de configuration de FDF spécifique à chaque utilisateur. Exécution de FDF-deployware

13 Installation – deployware / docking@GRID Installation et mise en route de chaque composant Accès à Docking@GRID par un simple clic!

14 Installation – deployware / docking@GRID Conclusion : Si tout se passe bien, le temps de compiler et dinstaller toutes les dépendances, environ 30 minutes

15 Installation – deployware / docking@GRID Packages Docking@GRID : Version deployware (une archive avec toutes les applications) Version alone (un fichier WAR seul) Sources (Paradiseo, PSP et Docking) Enregistrement et suivie des utilisateurs qui téléchargent (même principe que pour Paradiseo) http://dockinggrid.gforge.inria.fr/Download

16 Installation – tutoriels Tutoriels dinstallation (et utilisation basique): Pour le déployer (terminé) Sans le déployer (terminé) Tutoriels de développement Pour les développeurs (en cours) Tutoriels dutilisation (à faire)

17 Collaboration Dolphin/ADAMS Enjeux : SuperComputing, journées Grid –Aladdin : Démonstration du FDF-deployer sur GRID 5000 pour Super Computing et pour les journées Grid Aladdin Besoin de déploiement dune application visuelle, incluant des algorithmes parallélisables sur GRID Déploiement du framework Docking@GRID

18 Collaboration Dolphin/ADAMS Intérêts : Valorisation de la plate-forme et du projet Récupération de linstaller pour la version locale Déploiement sur grille de calcul