Vecteur Site de clonage Taille de l’insert IA0AAA KB0AAA/D

Présentation au sujet: "Vecteur Site de clonage Taille de l’insert IA0AAA KB0AAA/D"— Transcription de la présentation:

1 SEQUENCAGE DES GENOMES DE Cenibacterium arsenoxidans (IA) ET Thiomonas spp. (KB)
Vecteur Site de clonage Taille de l’insert IA0AAA KB0AAA/D pNAV (dérivé du pcdna2.1) BstXI 3kb IA0AAB KB0AAB pCNS (dérivé du pSU18) 10kb IA0AAC KB0AAC pBBc pBeloBac11 BamH1 HindIII 25kb SEQUENCAGE DES DEUX EXTREMITES DE CHAQUE CLONE TRANSFERT DES DONNEES DANS LE PROJET

2 TRAITEMENTS DES SEQUENCES
Comparaison des séquences contre une banque d’ADN ribosomique (RI>80 & RL>100) Comparaison des séquences contre une banque d’IS (RI>80 & RL>100) LISTES DE SEQUENCES A ELIMINER DE L’ASSEMBLAGE ASSEMBLAGE SANS CES SEQUENCES RECHERCHE DE SEQUENCES REPETEES PAR NOSFERATU Constitution d’une banque de séquences répétées de plus de 500pb Comparaison des séquences contre cette banque de répétés (RI>80 & RL>100) LISTE DE SEQUENCES A ELIMINER DE L’ASSEMBLAGE

3 ASSEMBLAGE SANS LES SEQUENCES RIBO/IS/REPEATS
CONSTRUCTION DE LA MOLECULE SANS LES SEQUENCES RIBO/IS/REPEATS RAPATRIEMENT DES SEQUENCES DE MANIERE CIBLEE

4 1 5 3 2 4 ASSEMBLAGES INDIVIDUELS DES SEQUENCES RECUPEREES A B 1 5 3 2 4 CONCATENATION DES ASSEMBLAGES 1 6 7

5 Cenibacterium arsenoxidans
RESULTATS projet banque valides total % taille utile Cenibacterium arsenoxidans AA 50404 53355 94,5 965,4 761,5 AB 14740 16704 88,2 1002,4 785,4 AC 7393 7680 96,3 840,2 737,5 projet banque valides total % taille utile Thiomonas spp. AA 582 768 75,8 821,8 457,9 AB 14766 16128 91,6 1378,6 777,4 AC 6718 7680 87,5 1342,7 770,1 AD 44577 51846 86,0 1353,0 817,7

6 Résultats Assemblages Premier Assemblage (sans Ribo/IS/Repeats)
Après récupération des séquences Cenibacterium arsenoxidans 6 SC /40 contigs 5SC/38 contigs Thiomonas spp. 14 SC/234 contigs 14 SC/73 contigs Template mean min S.D. miN mean max S.D. max IL IL% TL IA0AAA 50305 99.736 50438 IA0AAB 15371 99.844 15395 IA0AAC 6522 97.957 6658 Template mean min S.D. min mean max S.D. max IL IL% TL KB0AAA 364 92.386 394 KB0AAB 8496 82.710 10272 KB0AAC 218 52.278 417 KB0AAD 32418 97.539 33236

7 Nb réactions seq finishing Cenibacterium arsenoxidans (IA)
BILAN DE FIN DE PROJET Nom projet Nb de seq production Taille estimée (Mb) Date 1er ass Résultats 1er ass Nb Oligos commandes Nb PCRs Nb TN Nb réactions seq finishing Taille réelle (Mb) Couverture Date sortie Cenibacterium arsenoxidans (IA) 72537 5 1er avril 04 40 contigs 290 79 8 732 3,4 15X 13 dec 04