TP2. Devoir 1 Des questions?? Traduction Voir le site pour une petite astuce: Remarquez dans.

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1 TP2

2 Devoir 1 Des questions??

3 Traduction Voir le site pour une petite astuce: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi Remarquez dans quel ordre sont disposés les codons 1. Un nucléotide (ACGT) peut être associée à un chiffre. 2. On peut compter en base 4 de la même façon que l'on compte en base 10. 3. Un codon peut très bien être la représentation d'un nombre en base 4. Par exemple, si T=0, le codon TTT = 0*16+0*4+0*1 = 0

4 Format de sortie suggéré Frame+1 : MVRRPWRGEAPSPAPTRAPRPPGPTGHPQPSWPRTQTPPLTLLLPAGCSCPSPPPRPTSRTS Frame+3 : MAPSSQGRGSRGLREV Frame-2 : MSAARPGVPPRPKHKPWRARGPALFWSPQTQREPTMVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEG

5 Vérification: Emboss Getorf % getorf -minsize 100 Finds and extracts open reading frames (ORFs) Input sequence(s): SeqTest Output sequence [eclaci.orf]:

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7 TraiteFichier.java Traitement de fichier en bioinformatique Ouverture, Lecture, Écriture de fichiers Formule d’usage dans vos programmes (non obligatoire mais BONUS)

8 TP d’aujourdhui Problème 1: Programme qui prend en entrée un codon d’ARN et qui retourne l’acide aminé correspondant Problème 2 : Programme qui lit une séquence, l’inverse et retourne la séquence inversée dans un fichier

9 Remise Remise dbin1001 devoir1 devoir1.tar Le 9 février 2007 à 17h00 Remise du code et du fichier reponse.txt Commande tar: % tar -cvf devoir1.tar devoir1.java reponse.txt