Conclusion La MHA permet de détecter une prévalence des doubles infections VIH-1 de 8 à 11% et 12.5% de recombinants avec plusieurs variants du VIH-1 circulant.

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1 Conclusion La MHA permet de détecter une prévalence des doubles infections VIH-1 de 8 à 11% et 12.5% de recombinants avec plusieurs variants du VIH-1 circulant chez les MSM au Sénégal. L’étude a aussi permis de montrer l’évolution de la diversité génétique du VIH dans cette population à risque Caractérisation de doubles infections VIH-1 avec des variants différents chez les MSM au Sénégal Leye. N 1, Ndiaye O. 1, Vidal. N 2, Diop-Ndiaye H. 1, Tchiakpè E. 1, Kébé K. 1, Thiam M. 1, Diouara AAM. 1, Sembène 4 M., Wade AS 3, Touré- Kane C 1, Peeters M 2 and Mboup S Problématique Les virus recombinants, résultant d’infections multiples ou de surinfections, jouent un rôle grandissant dans l’épidémie VIH/SIDA. Il est donc important d’étudier les prévalences et conséquences des doubles infections. Des infections multiples avec différents variants du VIH-1 ont été décrites dans plusieurs groupes à risque incluant les hommes ayant des rapports sexuels avec d’autres hommes (MSM). Les doubles infections peuvent avoir des conséquences importantes sur la virulence, les échecs thérapeuthiques et les résistances ainsi que sur la progression de la pandémie. Au Sénégal, les MSM constituent un groupe passerelle envers la population générale du fait que la plupart ont une vie sociale et conjugale classique. Notre étude vise à documenter pour la première fois la prévalence des doubles infections entre variants différents du VIH-1 dans cette population. Results -La phylogénie des séquences en VPU confirme la prédominance du sous-type C et la présence de nombreux autres variants. - En MHA-VPU, les sensibilités de détection sont 81.8% pour BD, 87% pour CRF02 et 94.1% pour C. Six doubles infections ont été identifiées: 3 BD+C et 3 CRF02+C, soit une prévalence de 8.2%. -La MHA-GAG révèle des différences de réponses avec 16 négatifs à toute sonde. Huit doubles infections ont été détectées: 2 CRF02+BD et 2 CRF02+C, et 1 de chaque A+C, F+G, A+G, CRF02+G, soit une prévalence de 11.1%. En accord avec les réponses aux sondes, on note chez les MSM, 12.5% de VIH recombinants entre les 2 régions: 1 vpuB-gagG, 1 vpuD-gagCRF09, 1 vpuD-gagC, 1 vpuD-gagF2, 1 vpuC- gagF2, 3 vpuCRF02-gagG, 1 vpuCRF02-gagCRF01, 1 vpuCRF09-gagC, 1 vpu CRF09- gagCRF01. Méthodologie - Extraction de l’ADN à partir des cellules lymphocytaires (PBMC) - PCR de premier round avec des amorces VIH-1 ciblant soit la région vpu, soit la région gag du virus -PCRs de second round en temps réel avec des amorces internes et une sonde doublement marquée spécifique pour un variant donné du VIH-1. On aura donc autant de PCRs que de sondes disponibles pour un même échantillon. - Les sondes permettent de détecter les variants A, BD, C, F, G, CRF01, CRF02 et CRF06 circulant en Afrique de l’Ouest. - Pour la PCR gag un agent intercalant (sybr green) permet de s’assurer du produit de PCR. Pour vpu on charge les PCRs sur gel d’agarose. Réponses obtenues sur l’appareil de PCR en temps réel (ABI 7000) MHA négatives MHA positives Les produits de PCR sont séquencés directement et mis à analyser sur AB1 3130XL. L’analyse phylogénétique est faite par la méthode du plus proche voisin: neighbor-joining. Séquenceur automatique Electrophorégramme Objectifs - Documenter la fréquence des doubles infections avec différents variants du VIH-1 chez les hommes ayant des rapports sexuels avec d’autres hommes au Sénégal. - Caractériser la diversité génétique du VIH-1 dans cette population à risque par rapport à la population générale. Remerciements Cooperation Française au Sénégal, IRD Montpellier/ France, Division SIDA Dakar/Sénégal 3 Contact : leyenafissatou@hotmail.com, ctourekane@.co.ukleyenafissatou@hotmail.comctourekane@.co.uk Retombées scientifiques Démontre les performances de la MHA dans la détection de variants de VIH minoritaires non détectés par séquençage UNIVERSITE CHEIKH ANTA DIOP ECOLE DOCTORALE SCIENCES DE LA VIE, DE LA SANTE ET DE L’ ENVIRONNEMENT Impacts socio-économiques Surveillance de l’émergence de virus particuliers qui peuvent augmenter les résistances freinant l’efficacité des programmes thérapeutiques disponibles dans les pays à ressources limitées. Principe des sondes Taqman Sondes doublement marquées: - FAM-AMRA en VPU - Yakima-Yellow en gag Reporter Quencher Amorce sonde (Tm >) Taq: 5’-3’ exonucléase R est séparé de Q Emission de fluorescence ++ 1: dénaturation de l’ADN 2: fixation de l’amorce 3: extension Dans le cas d’un échantillon positif à une sonde: Fam Tamra TAMRA FAM Sybr Green Yak Yellow Sybr Green - 1 Laboratoire Bactério-Virologie, HALD, Dakar, Sénégal - 2 UMR 145, IRD et Université Montpellier, France Génétique des populations BD:15% CRF09:4,1% CRF43 et G 1,4% Sondes gagCCRF02B-DAGF Réponses MHA28162541 Results Relations phylogénétiques entre les variants Chez les MSM et les références duVIH En rouge: séquences obtenues En noir: séquences de référence O_ 100 CPZ 64 58 53 J J 46 49 53 77 74 A1_ A1_U79 12 53 5 3 72 76 22 91 2 1 96 52 44 3 47 62 66 10 28 62 27 23 14 96 27 17 2 8 3 25 1 19 1 100 99 4 5 95 26 41 33 27 58 65 39 41 29 19 1 63 50 70 1 25 1 4 12 1 44 1 21 14 76 66 7 24 38 2 91 4 36 8 98 12 79 60 93 0.05 H C B-D F CRF09 G/CRF43 N O